Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Arhgef10l-203ENSMUST00000097820 4382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
Ccdc88bQ4QRL3 Pdpn-201ENSMUST00000030317 1817 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
Ccdc88bQ4QRL3 Fgfr1-214ENSMUST00000178276 4741 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
Ccdc88bQ4QRL3 Tppp3-203ENSMUST00000177126 1396 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.28■■□□□ 1.32
Ccdc88bQ4QRL3 Amigo1-202ENSMUST00000106656 5482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Ccdc88bQ4QRL3 Gm9856-201ENSMUST00000217077 2578 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
Ccdc88bQ4QRL3 P3h1-203ENSMUST00000102662 2977 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
Ccdc88bQ4QRL3 Rpl5-201ENSMUST00000082223 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Ccdc88bQ4QRL3 Cyp2ab1-205ENSMUST00000182741 1497 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
Ccdc88bQ4QRL3 Gm15512-201ENSMUST00000137359 2257 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Ccdc88bQ4QRL3 Ank1-208ENSMUST00000121075 1740 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Ccdc88bQ4QRL3 Pde4d-203ENSMUST00000117420 1955 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Ccdc88bQ4QRL3 Spo11-202ENSMUST00000109125 1591 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Ccdc88bQ4QRL3 Tmbim6-201ENSMUST00000023749 2452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Ccdc88bQ4QRL3 Foxc2-201ENSMUST00000054691 2725 ntAPPRIS P1 BASIC23.28■■□□□ 1.32
Ccdc88bQ4QRL3 Gm13385-201ENSMUST00000121089 220 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
Ccdc88bQ4QRL3 Gm17150-201ENSMUST00000165577 381 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
Ccdc88bQ4QRL3 Gnb2-215ENSMUST00000170293 993 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
Ccdc88bQ4QRL3 Gm20036-201ENSMUST00000177547 844 ntTSL 3 BASIC23.28■■□□□ 1.32
Ccdc88bQ4QRL3 Obp2a-201ENSMUST00000077667 744 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Ccdc88bQ4QRL3 Tada3-203ENSMUST00000099118 1282 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Ccdc88bQ4QRL3 CT010478.1-201ENSMUST00000220747 2787 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
Ccdc88bQ4QRL3 Tspan5-201ENSMUST00000029800 6653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Ccdc88bQ4QRL3 Gm39027-201ENSMUST00000208560 2942 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
Ccdc88bQ4QRL3 Ctage5-213ENSMUST00000176464 4434 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
Ccdc88bQ4QRL3 Mrps9-201ENSMUST00000057208 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem53-202ENSMUST00000106433 913 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
Ccdc88bQ4QRL3 Gm26464-201ENSMUST00000157094 305 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
Ccdc88bQ4QRL3 Gm19078-201ENSMUST00000206311 727 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
Ccdc88bQ4QRL3 Dpm3-201ENSMUST00000040824 404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
Ccdc88bQ4QRL3 Lrp12-202ENSMUST00000110305 4244 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
Ccdc88bQ4QRL3 Arhgap8-205ENSMUST00000168811 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
Ccdc88bQ4QRL3 Gm20465-201ENSMUST00000174768 1932 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
Ccdc88bQ4QRL3 Cpeb3-208ENSMUST00000132580 3148 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
Ccdc88bQ4QRL3 Itga6-201ENSMUST00000028522 4310 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Rrp8-201ENSMUST00000033179 3053 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Serpine3-201ENSMUST00000171692 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Gm16796-201ENSMUST00000126086 3172 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Hhat-201ENSMUST00000044190 2839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Fbln7-201ENSMUST00000028864 2905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Cd3d-201ENSMUST00000034602 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Lcn5-203ENSMUST00000100313 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Shf-202ENSMUST00000110530 910 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Vps29-204ENSMUST00000118830 1014 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Sec11a-203ENSMUST00000119980 903 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Gm15806-201ENSMUST00000120696 955 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Klk11-202ENSMUST00000171458 1260 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Spata33-205ENSMUST00000212523 486 ntTSL 3 BASIC23.26■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Ccdc154-201ENSMUST00000073277 2417 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Gapvd1-201ENSMUST00000028224 5695 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Anks1b-213ENSMUST00000182284 2607 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Trappc12-203ENSMUST00000170994 2818 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Eml1-203ENSMUST00000109860 4160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Abhd3-202ENSMUST00000117726 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Tfeb-201ENSMUST00000024786 2296 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Rexo4-201ENSMUST00000064244 2281 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Iqce-202ENSMUST00000077890 2494 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Snrpa-202ENSMUST00000122202 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Tex19.2-201ENSMUST00000039146 2046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Ube2k-201ENSMUST00000142407 4893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Fam189b-202ENSMUST00000117278 2593 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 1500015A07Rik-201ENSMUST00000184181 1865 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 C430049B03Rik-201ENSMUST00000129764 868 ntTSL 3 BASIC23.25■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Gm11723-201ENSMUST00000155505 466 ntTSL 3 BASIC23.25■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Gm7067-201ENSMUST00000207698 1249 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Gm45331-201ENSMUST00000209868 554 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Gm7446-201ENSMUST00000221035 1240 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 AC156560.2-201ENSMUST00000221232 264 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Hadhb-201ENSMUST00000026841 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Keap1-205ENSMUST00000194542 3151 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Grin1os-201ENSMUST00000129723 2891 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Abhd14b-201ENSMUST00000048527 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Celf4-203ENSMUST00000223704 2492 ntAPPRIS ALT1 BASIC23.25■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Bdh1-202ENSMUST00000115226 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Trmt1-201ENSMUST00000001974 2567 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Nupl2-201ENSMUST00000049887 2914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Gnb5-202ENSMUST00000213990 1803 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Gm5303-201ENSMUST00000117943 1252 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Zdhhc4-208ENSMUST00000161915 1216 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Gm18905-201ENSMUST00000205454 928 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Mapt-203ENSMUST00000106989 2250 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Gm45212-201ENSMUST00000205831 3403 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Retreg1-202ENSMUST00000110438 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Eci2-211ENSMUST00000171229 1426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Nfe2-207ENSMUST00000134554 1761 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Mbtd1-201ENSMUST00000063645 2138 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 1110028F18Rik-201ENSMUST00000183365 1341 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Hnrnpd-211ENSMUST00000172361 6811 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Gm45470-202ENSMUST00000210817 2192 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Dhx16-201ENSMUST00000025292 3351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Ncbp2-201ENSMUST00000023460 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 App-203ENSMUST00000226801 3299 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Rps6ka2-201ENSMUST00000024575 5404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Tcf4-253ENSMUST00000202610 1959 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Htr7-205ENSMUST00000166074 3079 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 L2hgdh-201ENSMUST00000021370 3340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Gm15755-201ENSMUST00000133698 659 ntTSL 3 BASIC23.24■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Gm9932-201ENSMUST00000194154 2116 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Gm43755-201ENSMUST00000200001 408 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
Ccdc88bQ4QRL3 Gm45892-201ENSMUST00000212627 273 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 26 ms