Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Mdm1-202ENSMUST00000163238 2461 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 AC159196.2-201ENSMUST00000224082 1622 ntBASIC23.39■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Large2-202ENSMUST00000090582 2291 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Kcng1-201ENSMUST00000099069 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Gprc5c-208ENSMUST00000177952 1809 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Stard7-202ENSMUST00000110375 3116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Gm42471-201ENSMUST00000201457 1865 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Ints8-202ENSMUST00000108318 3169 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Defb30-203ENSMUST00000111208 503 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Defb30-204ENSMUST00000111209 721 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Gm15821-201ENSMUST00000121995 1210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Cpne8-201ENSMUST00000014777 697 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Gm2495-201ENSMUST00000191160 466 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Tssc1-207ENSMUST00000222407 489 ntTSL 3 BASIC23.38■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Tnfrsf19-205ENSMUST00000225730 744 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 AC115735.4-201ENSMUST00000227460 1944 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Chst4-202ENSMUST00000211894 2146 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Gm36065-202ENSMUST00000219654 1424 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Lgi3-201ENSMUST00000047331 3174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Neu2-203ENSMUST00000164128 1733 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Egfem1-201ENSMUST00000118531 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Git2-215ENSMUST00000178440 4944 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Git2-201ENSMUST00000043283 4938 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Prn-201ENSMUST00000124100 2132 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Tcf4-248ENSMUST00000202354 2120 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Tcf4-257ENSMUST00000202772 2125 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Nlrx1-203ENSMUST00000169651 3621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Crk-201ENSMUST00000017920 3642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Fubp3-201ENSMUST00000055244 3648 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Gm15376-201ENSMUST00000122258 783 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 1700001C02Rik-203ENSMUST00000127815 660 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Gm16175-201ENSMUST00000128181 248 ntTSL 3 BASIC23.37■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Gm9109-201ENSMUST00000120254 1405 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Mtfr2-201ENSMUST00000169712 1991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Dnajb2-210ENSMUST00000188931 3066 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Ins2-205ENSMUST00000105933 552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Ins2-206ENSMUST00000105934 480 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.36■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 1700012B07Rik-202ENSMUST00000106674 2035 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Snap47-202ENSMUST00000120940 1192 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Rhobtb1-210ENSMUST00000167384 2331 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Gm34086-201ENSMUST00000196486 743 ntTSL 3 BASIC23.36■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Gm8131-201ENSMUST00000213783 1570 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Gm11427-203ENSMUST00000215482 1203 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Pycr1-201ENSMUST00000026133 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Pcna-201ENSMUST00000028817 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Tarsl2-201ENSMUST00000032728 3192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Inha-201ENSMUST00000037330 1475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Wdr74-201ENSMUST00000049424 1204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Fkbp2-201ENSMUST00000070878 642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Fignl2-201ENSMUST00000178140 4206 ntAPPRIS P1 BASIC23.36■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Tyro3-201ENSMUST00000028763 3989 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Fzd10-201ENSMUST00000117102 3250 ntAPPRIS P1 BASIC23.36■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 AC140354.1-201ENSMUST00000219499 2425 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Csrnp1-203ENSMUST00000214058 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Men1-207ENSMUST00000113503 1851 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Ptx4-201ENSMUST00000054930 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Sgce-202ENSMUST00000090686 1547 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Paxbp1-202ENSMUST00000118522 3973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Selenoh-202ENSMUST00000102647 654 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Eogt-202ENSMUST00000113387 701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Ercc1-203ENSMUST00000160369 1175 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Arf5-202ENSMUST00000169841 768 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Hdhd3-201ENSMUST00000037820 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Mir497b-201ENSMUST00000093601 125 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Kcnj8-202ENSMUST00000203945 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Slc22a23-201ENSMUST00000040336 6251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Nup54-201ENSMUST00000038514 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Sarm1-202ENSMUST00000108287 4868 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Arntl-201ENSMUST00000047321 2908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Gm9768-201ENSMUST00000206007 2861 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Gatd1-201ENSMUST00000106008 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Fh1-201ENSMUST00000027810 2636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Gm29676-201ENSMUST00000222396 1689 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Spryd3-203ENSMUST00000154032 2456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Art3-208ENSMUST00000121096 1600 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 B3galt4-201ENSMUST00000087543 1569 ntAPPRIS P1 BASIC23.35■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Insc-201ENSMUST00000117543 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 9130008F23Rik-201ENSMUST00000068258 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Alox5-201ENSMUST00000026795 2821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Ppp2r5b-201ENSMUST00000025695 2742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Gm13066-201ENSMUST00000145263 884 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 AY702102-202ENSMUST00000194651 1173 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Gm42921-201ENSMUST00000196670 655 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Lcmt1-204ENSMUST00000206574 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem179-202ENSMUST00000222836 521 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 AC154687.2-201ENSMUST00000223853 640 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 AC121801.1-201ENSMUST00000225363 1899 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Vps51-204ENSMUST00000159832 3048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Abr-202ENSMUST00000072740 5394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Gm2762-202ENSMUST00000201517 2339 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Dag1-203ENSMUST00000171412 4415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Slc35g3-201ENSMUST00000102586 1618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Slc25a19-212ENSMUST00000178003 2614 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Fam46a-202ENSMUST00000187711 5648 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Exoc3l-201ENSMUST00000057855 2497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Map4k5-210ENSMUST00000171211 4334 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Fmnl3-201ENSMUST00000081224 4137 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Dgkz-201ENSMUST00000028667 3584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Rbm42-201ENSMUST00000042726 1784 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Dgkz-202ENSMUST00000099709 3512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 27.3 ms