Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Cnmd-201ENSMUST00000022603 1433 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Map6d1-201ENSMUST00000040880 3273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Pde8b-208ENSMUST00000162292 4235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Dnaja3-201ENSMUST00000060067 2648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Ahcyl2-202ENSMUST00000102995 5155 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Cmc4-203ENSMUST00000149863 507 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.49■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Tnnt1-208ENSMUST00000166161 750 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Rab10os-207ENSMUST00000179924 823 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Efcab10-201ENSMUST00000020878 673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Trib2-204ENSMUST00000221518 1192 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 CT030657.3-201ENSMUST00000222707 1200 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Rsph9-201ENSMUST00000024762 966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Rnf180-203ENSMUST00000224662 2734 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Gpsm1-202ENSMUST00000066936 3384 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Ocel1-203ENSMUST00000110052 5285 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Acap3-201ENSMUST00000079031 4301 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Cabp4-201ENSMUST00000025761 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 AC154412.1-201ENSMUST00000226540 2786 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Gm9913-201ENSMUST00000066157 2793 ntAPPRIS P1 BASIC23.49■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Ube2i-205ENSMUST00000172587 508 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Gm5354-201ENSMUST00000182417 973 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Gm37714-201ENSMUST00000194742 342 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp936-202ENSMUST00000200973 578 ntTSL 3 BASIC23.49■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Gm44608-201ENSMUST00000206827 855 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Aym1-201ENSMUST00000066573 528 ntAPPRIS P1 BASIC23.49■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Gm26847-201ENSMUST00000180407 2109 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Cfap99-201ENSMUST00000207754 2123 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Adipor1-202ENSMUST00000112237 3446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Pptc7-202ENSMUST00000119015 2233 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Cd300lf-203ENSMUST00000106562 1762 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Dsn1-202ENSMUST00000103130 2636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Efcab14-202ENSMUST00000106522 2636 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Neurod2-201ENSMUST00000041685 3142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Snrnp27-202ENSMUST00000113683 1005 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Ube2i-211ENSMUST00000173713 890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Rhox2e-201ENSMUST00000072167 799 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Gnpda2-201ENSMUST00000031117 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Ncf1-205ENSMUST00000144086 2882 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Lman2l-204ENSMUST00000125304 3378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Tnip2-201ENSMUST00000030991 2022 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Sgms1-201ENSMUST00000099514 3665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Strap-201ENSMUST00000064910 2650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Smox-208ENSMUST00000110188 1991 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Kbtbd2-201ENSMUST00000114321 3868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 March8-202ENSMUST00000101032 4611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Rpl36al-203ENSMUST00000110620 757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Gm15945-201ENSMUST00000146755 810 ntTSL 3 BASIC23.47■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Atp5j2-202ENSMUST00000161741 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Lrcol1-202ENSMUST00000185691 764 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Platr12-202ENSMUST00000189722 549 ntTSL 3 BASIC23.47■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Ighv5-13-201ENSMUST00000193550 290 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Gm42722-201ENSMUST00000198855 940 ntTSL 3 BASIC23.47■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Oxt-201ENSMUST00000028764 537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Car7-202ENSMUST00000159416 1943 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Rad18-201ENSMUST00000068487 2577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Dact1-201ENSMUST00000061273 3650 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Slc22a20-201ENSMUST00000041827 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Slc8b1-201ENSMUST00000068326 2898 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Aatk-203ENSMUST00000103020 5687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Gm13589-201ENSMUST00000146404 1675 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Lmnb1-201ENSMUST00000025486 2843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Nabp1-201ENSMUST00000027279 2838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Tmpo-201ENSMUST00000020123 3772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Tbx6-201ENSMUST00000094037 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 0610005C13Rik-207ENSMUST00000210866 2434 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 H2afb1-201ENSMUST00000122446 348 ntAPPRIS P1 BASIC23.46■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Gm12786-201ENSMUST00000129617 644 ntTSL 3 BASIC23.46■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 AC155286.1-201ENSMUST00000218632 448 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem139-201ENSMUST00000095987 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Mvk-202ENSMUST00000112239 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Nup62-205ENSMUST00000208626 2708 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Nup62-201ENSMUST00000057195 2722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Pccb-204ENSMUST00000149322 2188 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 B3gnt7-201ENSMUST00000113306 2582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Icmt-201ENSMUST00000048892 4919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
Ccdc88bQ4QRL3 Sox4-201ENSMUST00000067230 4795 ntAPPRIS P1 BASIC23.45■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Slc32a1-201ENSMUST00000045738 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Wdtc1-201ENSMUST00000043305 4191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Scrib-201ENSMUST00000002603 5599 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Nudt1-203ENSMUST00000110825 599 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Gm15853-201ENSMUST00000160268 556 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Gm6283-201ENSMUST00000182369 1000 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Gm11214-201ENSMUST00000184252 552 ntAPPRIS P1 BASIC23.45■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 1700029B24Rik-201ENSMUST00000194040 497 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Il31-203ENSMUST00000198901 984 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Gm19220-201ENSMUST00000222682 803 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Mfsd2a-201ENSMUST00000030408 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Chpf-202ENSMUST00000094818 3065 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Meis2-204ENSMUST00000110906 3229 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Nr1d1-201ENSMUST00000064941 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 A130048G24Rik-201ENSMUST00000193052 2750 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Slc8b1-203ENSMUST00000111889 1624 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Gm16425-201ENSMUST00000118143 3130 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Mboat7-201ENSMUST00000038608 2878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Zfyve9-202ENSMUST00000106657 6459 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Slc33a1-202ENSMUST00000160883 1978 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Gm13829-201ENSMUST00000119600 138 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Gm6460-202ENSMUST00000163787 821 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Gm8879-201ENSMUST00000170260 1125 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 4933402N22Rik-202ENSMUST00000170301 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 44.2 ms