Protein–RNA interactions for Protein: Q9D5Y1

Ccdc39, Coiled-coil domain-containing protein 39, mousemouse

Predictions only

Length 937 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc39Q9D5Y1 Mxra8-201ENSMUST00000030947 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Fkbp4-201ENSMUST00000032508 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Gm15559-201ENSMUST00000132267 2260 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Zmynd11-204ENSMUST00000110635 3881 ntTSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Comtd1-202ENSMUST00000124549 2314 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Cyp2t4-201ENSMUST00000108385 1599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Dlgap4-204ENSMUST00000109566 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Mtmr7-202ENSMUST00000048898 2488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Cyp4f18-201ENSMUST00000003574 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Il9r-202ENSMUST00000128311 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Actn3-201ENSMUST00000006626 2880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Cspg5-201ENSMUST00000035058 3870 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Zfp612-202ENSMUST00000212754 4863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 5730559C18Rik-201ENSMUST00000120339 2988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Atl1-201ENSMUST00000021466 5150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Zfp13-201ENSMUST00000057029 2139 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Ptpn6-202ENSMUST00000112484 2219 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Zfp36l2-201ENSMUST00000060366 3530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Nup88-202ENSMUST00000108530 2389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Adamts20-201ENSMUST00000035342 6027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Sept1-201ENSMUST00000106313 1285 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Adprm-201ENSMUST00000116363 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 1700021F05Rik-202ENSMUST00000147196 860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Gm5479-201ENSMUST00000160578 435 ntBASIC17.35■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Styxl1-207ENSMUST00000177559 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Ccdc13-202ENSMUST00000135986 2640 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Slc24a3-202ENSMUST00000110007 4048 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Acp5-201ENSMUST00000069330 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Mark2-209ENSMUST00000165965 2874 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Erf-201ENSMUST00000045847 3505 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Aen-201ENSMUST00000107421 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Arhgap44-201ENSMUST00000047463 4074 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Morc4-201ENSMUST00000033811 4412 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Cdc42ep1-201ENSMUST00000059619 2542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Nkd2-202ENSMUST00000118096 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Spred1-201ENSMUST00000028829 6016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Cep170b-211ENSMUST00000222711 6566 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Ighv4-1-201ENSMUST00000103464 414 ntAPPRIS P1 BASIC17.34■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Mmp28-203ENSMUST00000108137 2451 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Ninj2-202ENSMUST00000112711 853 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Trav13-3-201ENSMUST00000117226 336 ntBASIC17.34■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Gm6415-201ENSMUST00000118488 348 ntBASIC17.34■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Pogk-204ENSMUST00000135673 2433 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Lrrc3c-201ENSMUST00000142268 902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.34■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Khdc3-202ENSMUST00000167514 1251 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Ascl5-201ENSMUST00000180436 567 ntAPPRIS P1 BASIC17.34■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Gm26771-201ENSMUST00000180472 1082 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Gm6756-201ENSMUST00000180647 1620 ntBASIC17.34■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Prss47-201ENSMUST00000182457 828 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Gm8116-201ENSMUST00000182917 1201 ntBASIC17.34■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Cacng2-201ENSMUST00000019290 5510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Pecr-201ENSMUST00000027381 1186 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Prg3-201ENSMUST00000028466 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Arl5b-202ENSMUST00000069870 6981 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Tmem26-201ENSMUST00000080995 5048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Rbfox3-205ENSMUST00000117731 3084 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 AC174678.1-201ENSMUST00000228007 2749 ntBASIC17.34■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Rad18-202ENSMUST00000077088 2577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Muc3a-201ENSMUST00000179412 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Zbtb14-201ENSMUST00000062369 3625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Gm13034-201ENSMUST00000121342 3177 ntBASIC17.33■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Clcn2-201ENSMUST00000007207 3128 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Gm42893-201ENSMUST00000198035 1502 ntTSL 3 BASIC17.33■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Cldn14-204ENSMUST00000169391 1456 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Dsel-201ENSMUST00000035462 5759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Gpr146-201ENSMUST00000051293 4157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 H60b-201ENSMUST00000105522 1029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Metrnl-202ENSMUST00000106089 1101 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Ppil3-203ENSMUST00000114348 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Gm15458-201ENSMUST00000156950 709 ntTSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Senp1-204ENSMUST00000180657 3806 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Gm4691-201ENSMUST00000182339 1000 ntBASIC17.33■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Gm2451-201ENSMUST00000199447 999 ntBASIC17.33■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Gm10290-201ENSMUST00000200451 999 ntBASIC17.33■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Gm42854-201ENSMUST00000201262 722 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Gm18049-201ENSMUST00000208909 581 ntBASIC17.33■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Tpi-rs5-201ENSMUST00000216947 774 ntBASIC17.33■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Gm32351-201ENSMUST00000220503 438 ntTSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 AC158982.1-201ENSMUST00000228377 901 ntBASIC17.33■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Cep57-201ENSMUST00000034398 2523 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Usp4-201ENSMUST00000035237 3662 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Ccdc43-205ENSMUST00000164506 2316 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Ldlrap1-201ENSMUST00000037828 6549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Nxpe3-201ENSMUST00000099705 6430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Frmd5-207ENSMUST00000138157 4230 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Rnf38-202ENSMUST00000098098 5061 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Sync-201ENSMUST00000102599 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Mfng-201ENSMUST00000018313 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Ano8-201ENSMUST00000093450 3653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 4930459C07Rik-202ENSMUST00000219638 1805 ntTSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Pde4d-204ENSMUST00000117879 1724 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Cdcp2-202ENSMUST00000221740 1623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Ddi2-201ENSMUST00000102484 9553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Dpysl3-204ENSMUST00000121805 5484 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Eif4a3-201ENSMUST00000026667 1509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Gpr37l1-201ENSMUST00000027682 2269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Aatk-202ENSMUST00000103019 5177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Bmp8b-201ENSMUST00000002457 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Phyhip-201ENSMUST00000003561 2838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Ccdc39Q9D5Y1 Plxdc2-203ENSMUST00000114703 2061 ntTSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 27.2 ms