Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Whrn-201ENSMUST00000063650 4016 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
Ccdc88bQ4QRL3 Rnf138-202ENSMUST00000072847 3002 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
Ccdc88bQ4QRL3 Skor1-203ENSMUST00000119146 3610 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
Ccdc88bQ4QRL3 Ttll11-202ENSMUST00000112976 3077 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
Ccdc88bQ4QRL3 Kri1-201ENSMUST00000038671 2598 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
Ccdc88bQ4QRL3 Dlg3-204ENSMUST00000113736 4940 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
Ccdc88bQ4QRL3 4930481A15Rik-201ENSMUST00000128542 2106 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
Ccdc88bQ4QRL3 Aifm3-202ENSMUST00000115685 2357 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
Ccdc88bQ4QRL3 Mpl-203ENSMUST00000106375 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
Ccdc88bQ4QRL3 Krt2-201ENSMUST00000023712 2613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
Ccdc88bQ4QRL3 Mettl3-201ENSMUST00000022767 2025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
Ccdc88bQ4QRL3 Snrpn-202ENSMUST00000098402 2076 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
Ccdc88bQ4QRL3 Brpf1-203ENSMUST00000113121 4603 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
Ccdc88bQ4QRL3 Mbd3-202ENSMUST00000105347 914 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
Ccdc88bQ4QRL3 Gm43630-201ENSMUST00000201550 776 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
Ccdc88bQ4QRL3 Gstm1-201ENSMUST00000004140 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
Ccdc88bQ4QRL3 Phospho2-202ENSMUST00000112266 2194 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.6■■□□□ 1.37
Ccdc88bQ4QRL3 Tubgcp4-203ENSMUST00000110658 4250 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp683-201ENSMUST00000105884 1471 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
Ccdc88bQ4QRL3 Espn-212ENSMUST00000105658 2815 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
Ccdc88bQ4QRL3 Ggnbp2-213ENSMUST00000172405 2950 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Ccdc88bQ4QRL3 Bclaf3-202ENSMUST00000112464 3366 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Ccdc88bQ4QRL3 Tars2-204ENSMUST00000163530 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Ccdc88bQ4QRL3 Gnb4-201ENSMUST00000108234 2510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Ccdc88bQ4QRL3 Mri1-203ENSMUST00000126435 2819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Ccdc88bQ4QRL3 Nepro-201ENSMUST00000048788 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Ccdc88bQ4QRL3 Myrip-201ENSMUST00000048121 4906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Ccdc88bQ4QRL3 Ttll3-202ENSMUST00000038889 3114 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
Ccdc88bQ4QRL3 Ppp6r2-208ENSMUST00000228284 3297 ntAPPRIS P1 BASIC23.59■■□□□ 1.37
Ccdc88bQ4QRL3 Lrrn2-201ENSMUST00000027706 3428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Ccdc88bQ4QRL3 Prcd-202ENSMUST00000116318 799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Ccdc88bQ4QRL3 Rapgef3os2-201ENSMUST00000124374 920 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Ccdc88bQ4QRL3 Ins2-209ENSMUST00000210288 918 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
Ccdc88bQ4QRL3 Sftpa1-201ENSMUST00000022314 851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Ccdc88bQ4QRL3 Tmco5b-201ENSMUST00000040856 1237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Ccdc88bQ4QRL3 Gm29374-201ENSMUST00000187198 1340 ntTSL 3 BASIC23.59■■□□□ 1.37
Ccdc88bQ4QRL3 Garem1-201ENSMUST00000049260 4923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Ccdc88bQ4QRL3 Dlk1-205ENSMUST00000109844 1703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Ccdc88bQ4QRL3 Hdac10-202ENSMUST00000109347 1824 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
Ccdc88bQ4QRL3 Fech-201ENSMUST00000025484 2901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Ccdc88bQ4QRL3 Pds5a-209ENSMUST00000201948 8934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
Ccdc88bQ4QRL3 Rcc2-201ENSMUST00000038893 3767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
Ccdc88bQ4QRL3 Dtx4-201ENSMUST00000045521 5765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
Ccdc88bQ4QRL3 Tm7sf2-203ENSMUST00000159084 1351 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem80-205ENSMUST00000132061 667 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.58■■□□□ 1.37
Ccdc88bQ4QRL3 Stk19-ps1-201ENSMUST00000174597 517 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
Ccdc88bQ4QRL3 Il13-201ENSMUST00000020650 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
Ccdc88bQ4QRL3 AC149294.4-201ENSMUST00000227870 882 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
Ccdc88bQ4QRL3 Krtap6-5-201ENSMUST00000074637 600 ntAPPRIS P1 BASIC23.58■■□□□ 1.37
Ccdc88bQ4QRL3 Camkv-201ENSMUST00000035700 3277 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
Ccdc88bQ4QRL3 Rnf114-202ENSMUST00000109214 3001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
Ccdc88bQ4QRL3 Wbp4-201ENSMUST00000022601 3704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Tex13b-201ENSMUST00000044179 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Gm10561-201ENSMUST00000181563 1943 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Psrc1-202ENSMUST00000102629 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Dmrtc2-201ENSMUST00000011493 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Ttll5-204ENSMUST00000110220 2655 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp296-201ENSMUST00000108453 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Traf3ip1-201ENSMUST00000047242 3474 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Svip-201ENSMUST00000098414 3053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Hoxd8-203ENSMUST00000151380 557 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Gm17409-201ENSMUST00000167423 962 ntAPPRIS P1 BASIC23.57■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Commd6-203ENSMUST00000168587 519 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Tac2-202ENSMUST00000179960 852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 AC165157.4-201ENSMUST00000220587 139 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Tac2-201ENSMUST00000026466 678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Pkp4-202ENSMUST00000102754 4614 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Grhl2-203ENSMUST00000161405 1996 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Dnm2-211ENSMUST00000173397 3510 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Cobll1-205ENSMUST00000112431 5024 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Nrsn1-204ENSMUST00000167305 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Cdadc1-204ENSMUST00000171683 1892 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Sbno2-204ENSMUST00000217972 2462 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Efnb3-201ENSMUST00000004036 3183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Tomm34-202ENSMUST00000109384 1923 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Tbk1-201ENSMUST00000020316 3024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Epha1-203ENSMUST00000204357 2948 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Gm15240-201ENSMUST00000118156 720 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Antxr1-205ENSMUST00000205033 3160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 1700066M21Rik-201ENSMUST00000042734 3008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Bmp4-201ENSMUST00000074077 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Thop1-201ENSMUST00000005057 2832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Pnma1-201ENSMUST00000061425 2359 ntAPPRIS P1 BASIC23.56■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Cadps2-202ENSMUST00000069074 3935 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Rnf146-202ENSMUST00000160144 4323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Gm42690-201ENSMUST00000197921 1836 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Gdap1l1-201ENSMUST00000018087 2220 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Adgra3-201ENSMUST00000030971 4480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp879-203ENSMUST00000109134 2414 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Spaca3-202ENSMUST00000103223 947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Pla2g2e-203ENSMUST00000105804 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Gm11574-201ENSMUST00000139752 946 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Krtap16-3-201ENSMUST00000179707 601 ntAPPRIS P1 BASIC23.56■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Gm26600-201ENSMUST00000181637 1256 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Gm37748-201ENSMUST00000194379 1140 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Pla2g2e-201ENSMUST00000030531 854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Sh3bgrl3-201ENSMUST00000030651 743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Slc27a4-201ENSMUST00000080065 4054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 B130055M24Rik-201ENSMUST00000144796 1778 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
Ccdc88bQ4QRL3 Skor1-201ENSMUST00000055281 3657 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 45.1 ms