Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

Predictions only

Length 1,001 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Prkcd-207ENSMUST00000112210 2777 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Ppp3cb-205ENSMUST00000161445 3298 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 St13-205ENSMUST00000172107 3346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Glud1-201ENSMUST00000022322 3390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Dgki-202ENSMUST00000090314 3784 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Clstn2-202ENSMUST00000162295 4174 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Rnf123-214ENSMUST00000162355 4727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Mapk7-202ENSMUST00000101085 3254 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Fndc11-202ENSMUST00000108835 1154 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 2310009B15Rik-201ENSMUST00000112025 565 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Gm715-201ENSMUST00000117865 831 ntBASIC15.3■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Pard3-222ENSMUST00000162536 5175 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Gm38392-202ENSMUST00000165196 1303 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Cuedc2-202ENSMUST00000167861 1941 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Gm6297-201ENSMUST00000181475 2146 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Gm26559-201ENSMUST00000181939 2481 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Mir1668-201ENSMUST00000184114 107 ntBASIC15.3■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Gm2274-201ENSMUST00000184539 609 ntBASIC15.3■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Exosc5-206ENSMUST00000206561 1680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Gm45148-201ENSMUST00000208578 513 ntTSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Gm45844-204ENSMUST00000209833 1524 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Gm45618-201ENSMUST00000209890 660 ntAPPRIS P1 BASIC15.3■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Rhebl1-201ENSMUST00000024518 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Traf2-201ENSMUST00000028311 3044 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Lat-201ENSMUST00000032997 1235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Pldi-201ENSMUST00000036304 853 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Mlkl-201ENSMUST00000056157 2003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Ankrd34a-201ENSMUST00000058943 2583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Lrrc56-202ENSMUST00000070458 2502 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Tubb3-201ENSMUST00000071134 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Rtl8a-201ENSMUST00000088779 1195 ntAPPRIS P1 BASIC15.3■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Gm10313-201ENSMUST00000095320 1002 ntBASIC15.3■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Tbc1d4-209ENSMUST00000161991 6483 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Lrp10-201ENSMUST00000022782 4228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Fbxo41-202ENSMUST00000161078 6562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Myt1l-204ENSMUST00000218198 2735 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Pcdhga12-201ENSMUST00000044851 5080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Map2k3-201ENSMUST00000019076 2198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Popdc2-201ENSMUST00000023494 2169 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Heg1-205ENSMUST00000152782 8161 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Rxra-203ENSMUST00000113934 1989 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Gck-202ENSMUST00000109822 1786 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Luc7l3-209ENSMUST00000166312 5244 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Pdia2-201ENSMUST00000039113 1721 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Itgb3-201ENSMUST00000021028 5784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Rps6ka5-209ENSMUST00000222731 5642 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Tcirg1-211ENSMUST00000145791 2729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Trappc3-201ENSMUST00000030660 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Gm20815-201ENSMUST00000115496 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Gm25406-201ENSMUST00000157599 105 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Apopt1-204ENSMUST00000163220 671 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Cdc34-202ENSMUST00000166603 1078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Gm7286-201ENSMUST00000182691 1007 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Gm21812-202ENSMUST00000188908 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Ube2a-208ENSMUST00000202812 719 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Gm45442-201ENSMUST00000210038 411 ntTSL 3 BASIC15.29■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Rln3-201ENSMUST00000061923 634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Gm9987-201ENSMUST00000069768 567 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Rgs16-201ENSMUST00000027748 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Znrf1-203ENSMUST00000168428 4451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Acat3-201ENSMUST00000043923 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Zfp146-201ENSMUST00000062181 2029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Lrrc57-202ENSMUST00000102497 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 A530083I20Rik-203ENSMUST00000214426 1855 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Gm38577-201ENSMUST00000221531 4545 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Fh1-201ENSMUST00000027810 2636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Ap2a1-203ENSMUST00000166972 3449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Ankrd6-202ENSMUST00000084748 4354 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Gtf3a-201ENSMUST00000132102 1426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Robo4-205ENSMUST00000214185 4952 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Erg-203ENSMUST00000113848 2139 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Ero1lb-202ENSMUST00000220811 3341 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Gm10518-201ENSMUST00000097454 1301 ntAPPRIS P1 BASIC15.28■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Cd34-202ENSMUST00000110815 2554 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Gm19461-205ENSMUST00000191207 2566 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Slc35c2-203ENSMUST00000109299 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Icam2-201ENSMUST00000001055 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Atp5c1-203ENSMUST00000114897 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Ndufa5-202ENSMUST00000118558 315 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Tpt1-ps6-201ENSMUST00000121768 523 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Gm12962-202ENSMUST00000144212 691 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Gm15545-203ENSMUST00000150613 1059 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 AC135963.1-201ENSMUST00000211640 717 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Prm2-201ENSMUST00000037996 621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Zfp365-201ENSMUST00000064656 4259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Nid2-201ENSMUST00000022340 4876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Nr2f2-201ENSMUST00000032768 4222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Il17re-202ENSMUST00000058548 2940 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 5730409E04Rik-201ENSMUST00000097886 2886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Aldh1b1-201ENSMUST00000044384 2298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Cad-206ENSMUST00000201838 3153 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Nat8f6-202ENSMUST00000174143 1571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Gm38346-201ENSMUST00000192379 2639 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Tepsin-203ENSMUST00000106225 2566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Gm14963-201ENSMUST00000146751 2558 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Ovol2-202ENSMUST00000103171 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Zfp853-201ENSMUST00000180336 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Emp2-201ENSMUST00000078357 3440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Pcdha6-202ENSMUST00000193777 5367 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Rnf40Q3U319 Ascc3-201ENSMUST00000035606 7760 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 23.4 ms