Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Mtmr1-202ENSMUST00000114601 4640 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Fam117b-201ENSMUST00000036540 5532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Gm30934-201ENSMUST00000215803 815 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Taf11-201ENSMUST00000025057 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Foxo3-201ENSMUST00000056974 2889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Plscr3-201ENSMUST00000019605 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Fbxo34-201ENSMUST00000043112 2937 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Samhd1-202ENSMUST00000088523 1996 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Tssk4-202ENSMUST00000164809 1686 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Mtus2-204ENSMUST00000110514 1532 ntTSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Gm29154-231ENSMUST00000215120 1367 ntTSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Ccnh-204ENSMUST00000164127 1718 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Sesn3-207ENSMUST00000209187 1700 ntTSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Elavl1-201ENSMUST00000098950 5743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Arid5a-201ENSMUST00000097778 2270 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Foxp4-201ENSMUST00000097311 3197 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Hars-201ENSMUST00000001416 1987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Rdm1-201ENSMUST00000010506 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Lyzl6-201ENSMUST00000021328 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Gm6180-201ENSMUST00000065243 498 ntBASIC23.87■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Nptxr-203ENSMUST00000175858 4948 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Mvp-202ENSMUST00000165096 2837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Tmprss12-201ENSMUST00000096200 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Fam3a-205ENSMUST00000114142 1586 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Gm42632-201ENSMUST00000201707 2411 ntBASIC23.86■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Cgn-203ENSMUST00000153263 2210 ntTSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Pde7a-202ENSMUST00000099195 6298 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Arf1-201ENSMUST00000061242 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Ahcy-201ENSMUST00000054607 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem121b-201ENSMUST00000178687 4869 ntAPPRIS P1 BASIC23.86■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Gm12138-201ENSMUST00000122180 951 ntBASIC23.86■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Mrps24-205ENSMUST00000154330 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Gm10766-202ENSMUST00000194123 606 ntBASIC23.86■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Gm6007-201ENSMUST00000208170 823 ntBASIC23.86■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem219-201ENSMUST00000032926 941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Srd5a2-201ENSMUST00000043458 854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Phgr1-201ENSMUST00000061360 538 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Tgif2-ps2-201ENSMUST00000061746 711 ntBASIC23.86■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Mrps21-202ENSMUST00000072587 405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Disp3-201ENSMUST00000047720 5282 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Panx1-202ENSMUST00000164273 5732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 4930423C22Rik-201ENSMUST00000193863 1311 ntBASIC23.86■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Arf3-201ENSMUST00000053183 3579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Apba3-211ENSMUST00000220297 2268 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Sema6b-201ENSMUST00000001256 3736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Rgs6-216ENSMUST00000200911 2626 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Ptpn6-203ENSMUST00000171549 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Kcnn1-208ENSMUST00000212611 2528 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Ubxn11-201ENSMUST00000070246 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Hadh-201ENSMUST00000029610 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 4932443L11Rik-201ENSMUST00000148353 414 ntTSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Gm15494-202ENSMUST00000171665 451 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Gm36979-201ENSMUST00000193616 539 ntTSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 2610528J11Rik-201ENSMUST00000030261 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Tlcd2-201ENSMUST00000043598 1153 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Podn-203ENSMUST00000106709 3170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Steap2-202ENSMUST00000115424 3285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Gm21983-201ENSMUST00000154724 1690 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Tcf25-205ENSMUST00000212470 2572 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Gm16754-201ENSMUST00000181222 2077 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Ccdc169-203ENSMUST00000118963 740 ntTSL 3 BASIC23.84■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Atcayos-202ENSMUST00000129950 1117 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Gm12212-201ENSMUST00000141032 378 ntTSL 3 BASIC23.84■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Tex30-211ENSMUST00000150911 960 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Six3os1-205ENSMUST00000175913 791 ntTSL 3 BASIC23.84■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Ccdc169-202ENSMUST00000061099 887 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Tpd52-201ENSMUST00000063496 697 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Prtn3-201ENSMUST00000006679 1025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Dcaf17-201ENSMUST00000064141 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Nelfa-201ENSMUST00000030993 2580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Arpp19-201ENSMUST00000007800 4046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Fubp1-205ENSMUST00000196695 2374 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Mmp28-203ENSMUST00000108137 2451 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Ccser1-203ENSMUST00000126214 5657 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Gm17619-201ENSMUST00000180625 1449 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Islr2-204ENSMUST00000165276 3989 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Gpr137-205ENSMUST00000166115 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Trim67-201ENSMUST00000041106 5694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Rfc5-201ENSMUST00000086461 2796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Ppp1r3f-205ENSMUST00000150787 4760 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Ptbp3-205ENSMUST00000148331 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Etfrf1-205ENSMUST00000111724 1618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Rhcg-201ENSMUST00000032766 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Efs-202ENSMUST00000227037 2540 ntBASIC23.83■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Gm12446-202ENSMUST00000152069 713 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Coq7-205ENSMUST00000209146 799 ntTSL 3 BASIC23.83■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Gm40193-201ENSMUST00000209971 237 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Gm9899-201ENSMUST00000065519 555 ntBASIC23.83■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Itm2b-201ENSMUST00000022704 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Sobp-201ENSMUST00000040275 4980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Patz1-202ENSMUST00000093402 3173 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Ube2d3-210ENSMUST00000197539 2515 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
Ccdc88bQ4QRL3 Fastk-203ENSMUST00000115043 3056 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
Ccdc88bQ4QRL3 Repin1-202ENSMUST00000118229 3138 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
Ccdc88bQ4QRL3 C330018A13Rik-201ENSMUST00000127792 1599 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
Ccdc88bQ4QRL3 Ren1-201ENSMUST00000094556 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
Ccdc88bQ4QRL3 Acadvl-202ENSMUST00000102574 2168 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
Ccdc88bQ4QRL3 Ercc2-203ENSMUST00000108461 2799 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
Ccdc88bQ4QRL3 Hs3st5-201ENSMUST00000058738 3078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
Ccdc88bQ4QRL3 Mrpl40-202ENSMUST00000119273 778 ntTSL 3 BASIC23.82■■□□□ 1.4
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 53.9 ms