Protein–RNA interactions for Protein: O35988

Sdc4, Syndecan-4, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 198 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Sdc4O35988 Abraxas1-202ENSMUST00000055245 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Sdc4O35988 Mapk8ip3-207ENSMUST00000121723 5410 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 March4-201ENSMUST00000047786 4553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Ppp6r2-208ENSMUST00000228284 3297 ntAPPRIS P1 BASIC15.27■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Uros-203ENSMUST00000106145 1644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Myh14-204ENSMUST00000207775 6499 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Wdr90-201ENSMUST00000079461 5991 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Grm6-204ENSMUST00000171427 4330 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Slc4a5-202ENSMUST00000113899 5039 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Ppef2-201ENSMUST00000031359 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Zyx-207ENSMUST00000203652 2605 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Fam219a-201ENSMUST00000108049 3296 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Ahctf1-201ENSMUST00000027768 8506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Ocrl-201ENSMUST00000001202 5253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Kmt5c-202ENSMUST00000108582 2774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Pola2-201ENSMUST00000025752 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Sp8-201ENSMUST00000063918 4478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Ppp1r8-201ENSMUST00000030702 2037 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Nptn-201ENSMUST00000085651 2024 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Prss22-201ENSMUST00000041649 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Gm11839-201ENSMUST00000120647 1953 ntBASIC15.26■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Gm20482-201ENSMUST00000172746 1644 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Smarca5-201ENSMUST00000043359 6113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Ppil3-203ENSMUST00000114348 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Abhd11os-201ENSMUST00000136022 604 ntTSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Gm16163-201ENSMUST00000161868 1119 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Snu13-203ENSMUST00000166578 1061 ntTSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Gm20509-201ENSMUST00000174203 1016 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Arf5-201ENSMUST00000020717 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Treml1-204ENSMUST00000224001 1220 ntAPPRIS P2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Klk1-201ENSMUST00000075162 954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Rnf207-201ENSMUST00000076183 2466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Notch3-201ENSMUST00000087723 8044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Fyn-202ENSMUST00000099967 3528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Fbxo34-201ENSMUST00000043112 2937 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Atl1-201ENSMUST00000021466 5150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Mageh1-201ENSMUST00000051484 1410 ntAPPRIS P1 BASIC15.26■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Arhgef40-220ENSMUST00000182909 5108 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Tcf3-204ENSMUST00000105340 2826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Tcf3-202ENSMUST00000020379 2829 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Arhgef9-219ENSMUST00000199920 1976 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Id2-202ENSMUST00000221761 1969 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Usp1-201ENSMUST00000030289 3577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Trappc2-203ENSMUST00000116495 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Arsi-201ENSMUST00000040359 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Endou-202ENSMUST00000100249 2405 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Kctd20-208ENSMUST00000168507 2400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Cyb5r1-201ENSMUST00000027726 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Fastk-203ENSMUST00000115043 3056 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Mrpl55-204ENSMUST00000108786 757 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Apip-201ENSMUST00000011055 919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Mtif3-203ENSMUST00000110564 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Mtif3-204ENSMUST00000110566 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Gzma-201ENSMUST00000023897 878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Gm5771-201ENSMUST00000049079 798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Rtl8c-201ENSMUST00000063384 401 ntAPPRIS P1 BASIC15.25■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Gm10313-201ENSMUST00000095320 1002 ntBASIC15.25■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Loxl2-201ENSMUST00000022660 5316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Ier5-201ENSMUST00000055322 3276 ntAPPRIS P1 BASIC15.25■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Tacstd2-201ENSMUST00000058178 1735 ntAPPRIS P1 BASIC15.25■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Fam78b-206ENSMUST00000190081 4666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Ttll5-204ENSMUST00000110220 2655 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Slc39a11-202ENSMUST00000071539 2664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Large2-203ENSMUST00000111284 2449 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Tmem266-201ENSMUST00000034862 2408 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Ubn1-201ENSMUST00000052449 6455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Lurap1-201ENSMUST00000030469 5742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Pgm1-201ENSMUST00000087324 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Pcolce-201ENSMUST00000031731 1626 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 BC026585-201ENSMUST00000046743 1618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Snai3-201ENSMUST00000006762 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Dsn1-201ENSMUST00000103129 2080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Trip10-202ENSMUST00000224152 1812 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Pltp-201ENSMUST00000059954 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Kcnn1-201ENSMUST00000110078 4047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Kcnn1-202ENSMUST00000110081 4045 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Ppp1r1a-201ENSMUST00000023133 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Ankrd13a-201ENSMUST00000102578 3717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Lpgat1-201ENSMUST00000110855 7233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Klhl26-204ENSMUST00000209567 2615 ntTSL 3 BASIC15.24■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Hps1-201ENSMUST00000026194 2647 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Dusp13-201ENSMUST00000075040 1745 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Hist1h3e-201ENSMUST00000105107 836 ntAPPRIS P1 BASIC15.24■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Tcf3-209ENSMUST00000105345 2950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Cops9-202ENSMUST00000112999 653 ntTSL 3 BASIC15.24■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 2810408I11Rik-202ENSMUST00000150749 711 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Gm26517-201ENSMUST00000181279 1172 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Klk2-ps-201ENSMUST00000205342 571 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Mcee-203ENSMUST00000206194 532 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 5830408C22Rik-201ENSMUST00000210072 1115 ntTSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Gm5779-201ENSMUST00000218467 910 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Sftpb-204ENSMUST00000183018 1490 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Ldlrap1-201ENSMUST00000037828 6549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Foxc2-201ENSMUST00000054691 2725 ntAPPRIS P1 BASIC15.24■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Cask-204ENSMUST00000115438 8366 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Tmem82-201ENSMUST00000053263 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Pkp2-201ENSMUST00000039408 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Slc2a6-202ENSMUST00000102890 1887 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Rdx-201ENSMUST00000000590 4380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Sdc4O35988 Siglece-201ENSMUST00000032667 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 24.7 ms