Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Pigyl-201ENSMUST00000123680 695 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Coa6-202ENSMUST00000211868 564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Bccip-201ENSMUST00000033282 1244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Gm20445-201ENSMUST00000061905 565 ntBASIC23.94■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Tyw1-203ENSMUST00000100662 1867 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Igsf21-201ENSMUST00000039331 1979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Fam131b-203ENSMUST00000143278 4104 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Rwdd2a-201ENSMUST00000034988 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Tubgcp4-215ENSMUST00000186659 2915 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Mars-201ENSMUST00000037290 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Acrbp-205ENSMUST00000112414 1498 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp740-202ENSMUST00000119168 3932 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 P2ry6-201ENSMUST00000060174 1946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Crk-203ENSMUST00000108425 4290 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Loxl4-203ENSMUST00000164786 2617 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Gm26560-201ENSMUST00000181240 2619 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Aldh3a1-201ENSMUST00000019246 1729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 1700121C08Rik-201ENSMUST00000137546 677 ntTSL 3 BASIC23.93■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Gm38293-201ENSMUST00000193209 600 ntTSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 AA619741-201ENSMUST00000195095 646 ntBASIC23.93■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 AC159619.3-201ENSMUST00000222694 473 ntTSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Cited1-201ENSMUST00000050551 901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Kcnip2-203ENSMUST00000086993 1005 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Zbtb7a-201ENSMUST00000048128 5938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Tox3-201ENSMUST00000109621 3356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Gm26840-201ENSMUST00000180784 2980 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Fmnl2-203ENSMUST00000090952 5414 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Baiap2-204ENSMUST00000106231 4005 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Grik2-210ENSMUST00000220263 2085 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Cmss1-201ENSMUST00000114371 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem219-204ENSMUST00000121532 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Gm38319-201ENSMUST00000194537 1266 ntBASIC23.92■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Gm6916-202ENSMUST00000205523 195 ntBASIC23.92■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Fthl17c-201ENSMUST00000075792 850 ntAPPRIS P1 BASIC23.92■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Carlr-201ENSMUST00000181515 2574 ntBASIC23.92■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Rnaseh2a-203ENSMUST00000109738 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Acadm-201ENSMUST00000072697 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Lenep-201ENSMUST00000057431 1806 ntAPPRIS P1 BASIC23.91■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Prss41-204ENSMUST00000151797 1743 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Hpcal4-202ENSMUST00000106246 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Prelid1-201ENSMUST00000021942 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Snap91-202ENSMUST00000074468 4336 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Gfpt1-203ENSMUST00000113657 1200 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem128-202ENSMUST00000119047 726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Gm21887-201ENSMUST00000178789 441 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Gm29542-201ENSMUST00000186876 704 ntTSL 3 BASIC23.91■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 B9d2-202ENSMUST00000205325 593 ntTSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Slc10a7-204ENSMUST00000209992 939 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Cd5l-201ENSMUST00000015998 2036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Ube2d-ps-205ENSMUST00000142942 1840 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Gm9252-201ENSMUST00000172364 1602 ntBASIC23.91■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Gm26793-201ENSMUST00000180930 2732 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Mios-201ENSMUST00000040017 3710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Asic3-201ENSMUST00000049346 1853 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Adra2c-201ENSMUST00000049545 3445 ntAPPRIS P1 BASIC23.91■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Arhgap40-203ENSMUST00000165398 2028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Pdlim3-203ENSMUST00000210422 1479 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 D130052B06Rik-201ENSMUST00000101371 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Tpi-rs2-201ENSMUST00000182471 756 ntBASIC23.9■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Gm29585-201ENSMUST00000185270 514 ntTSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Cxcl17-202ENSMUST00000200880 760 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Gm45552-201ENSMUST00000209340 778 ntTSL 3 BASIC23.9■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Mpc1-201ENSMUST00000046754 920 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Cxcl17-201ENSMUST00000074040 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Slc25a22-201ENSMUST00000019226 2811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Rell1-204ENSMUST00000154169 3241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Nfkbia-201ENSMUST00000021413 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Crmp1-202ENSMUST00000114158 3051 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 3830417A13Rik-201ENSMUST00000033522 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Rusc2-201ENSMUST00000035645 5300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Gm833-201ENSMUST00000143133 884 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Pax8-208ENSMUST00000153601 1226 ntTSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Mobp-207ENSMUST00000215512 498 ntTSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 CR974585.1-201ENSMUST00000221790 1263 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Tmc8-203ENSMUST00000117781 2344 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Scrib-202ENSMUST00000063747 5440 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Cuedc1-201ENSMUST00000018522 3180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Gata6-201ENSMUST00000047762 3194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Npffr1-201ENSMUST00000020287 3479 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Bhlhb9-201ENSMUST00000068755 2823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Wt1-202ENSMUST00000111099 2441 ntTSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Slc39a10-201ENSMUST00000027131 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Smarcd1-201ENSMUST00000023759 3153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Etfrf1-206ENSMUST00000111725 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Gm14928-201ENSMUST00000120198 477 ntBASIC23.88■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Flt3l-201ENSMUST00000146760 1075 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 D630044L22Rik-201ENSMUST00000181174 2964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Cnpy2-201ENSMUST00000026446 763 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Msgn1-201ENSMUST00000049877 613 ntAPPRIS P1 BASIC23.88■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Ttc13-203ENSMUST00000118134 3277 ntTSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Fkbp10-201ENSMUST00000001595 2584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Hnrnpa3-202ENSMUST00000111961 1734 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Gm16201-202ENSMUST00000139218 2330 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Man1c1-202ENSMUST00000054096 4715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Stpg1-201ENSMUST00000063707 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Cspp1-205ENSMUST00000122156 2535 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Gga2-201ENSMUST00000033160 4915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Tjp3-201ENSMUST00000045744 3024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Gpank1-202ENSMUST00000165306 1518 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
Ccdc88bQ4QRL3 Magi2-206ENSMUST00000197443 6578 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 30.1 ms