Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Taf1d-201ENSMUST00000034415 1148 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Gjb3-202ENSMUST00000106091 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Enah-205ENSMUST00000177811 4231 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Pttg1ip-201ENSMUST00000009435 2294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Ina-201ENSMUST00000037636 3240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Ripk1-201ENSMUST00000021844 3266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Plin5-201ENSMUST00000019808 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Wipi1-201ENSMUST00000047186 3338 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Rffl-202ENSMUST00000071152 3633 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 U2af1l4-216ENSMUST00000166510 835 ntTSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Gm3436-201ENSMUST00000179930 840 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 2900022M07Rik-201ENSMUST00000193912 1017 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Gm43433-201ENSMUST00000196573 481 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Wdr45-225ENSMUST00000208443 1172 ntTSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Ppcdc-205ENSMUST00000214144 724 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 AC151828.1-201ENSMUST00000219552 661 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 AC155729.1-201ENSMUST00000227758 544 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Cela1-201ENSMUST00000023775 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Olfr750-201ENSMUST00000048478 1132 ntAPPRIS P1 BASIC24.08■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Mir125a-201ENSMUST00000083545 68 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Nrg3-201ENSMUST00000166968 4011 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 G3bp2-209ENSMUST00000202258 1884 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Cant1-202ENSMUST00000092378 2995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Abcf2-201ENSMUST00000030795 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Art3-205ENSMUST00000120193 1371 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Cdca5-201ENSMUST00000025704 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp362-201ENSMUST00000071108 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Arhgef7-205ENSMUST00000110909 4926 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Zbtb5-204ENSMUST00000180217 4708 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 5730559C18Rik-201ENSMUST00000120339 2988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Wdr73-201ENSMUST00000026816 2114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Zbtb4-201ENSMUST00000108638 2552 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Ppia-206ENSMUST00000213200 1450 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Strn4-202ENSMUST00000108495 3082 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Ighv5-17-201ENSMUST00000103459 405 ntAPPRIS P1 BASIC24.07■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 1700042O10Rik-201ENSMUST00000151032 1075 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 5430427M07Rik-202ENSMUST00000221524 1023 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Adk-207ENSMUST00000224069 1818 ntAPPRIS ALT1 BASIC24.07■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Ccdc158-204ENSMUST00000151180 3352 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Gm6297-201ENSMUST00000181475 2146 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Gm10110-201ENSMUST00000081204 1891 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Rab6a-202ENSMUST00000098252 3110 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Necap2-201ENSMUST00000030760 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Sh3bp2-203ENSMUST00000118545 3034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Spdef-202ENSMUST00000114870 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Kcnip4-201ENSMUST00000087395 2366 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Bola2-202ENSMUST00000106369 642 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Gm6912-201ENSMUST00000117218 544 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Agrp-202ENSMUST00000194091 734 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 AC132467.2-202ENSMUST00000227726 559 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Ufsp1-201ENSMUST00000052825 1037 ntAPPRIS P1 BASIC24.07■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Gm4559-201ENSMUST00000080669 600 ntAPPRIS P1 BASIC24.07■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Ccdc58-201ENSMUST00000099937 747 ntTSL 3 BASIC24.07■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp647-201ENSMUST00000048854 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 P3h1-204ENSMUST00000121111 3188 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Dtd2-201ENSMUST00000021339 2564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Chmp1a-201ENSMUST00000000759 2140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Dffa-202ENSMUST00000103216 1835 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Lpcat2-201ENSMUST00000046290 2811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Gm13034-201ENSMUST00000121342 3177 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Abcb10-201ENSMUST00000075578 4306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Palb2-201ENSMUST00000063587 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 D17Wsu92e-203ENSMUST00000114863 3828 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 A530058N18Rik-202ENSMUST00000134129 411 ntTSL 3 BASIC24.06■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Tm2d3-207ENSMUST00000206517 905 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 1700028J19Rik-203ENSMUST00000206686 1166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 0610005C13Rik-201ENSMUST00000209416 856 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 H2bfm-201ENSMUST00000059808 1052 ntAPPRIS P1 BASIC24.06■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Rhoj-202ENSMUST00000118602 2396 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Erf-201ENSMUST00000045847 3505 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 4930429P21Rik-202ENSMUST00000194547 2061 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Mrpl58-203ENSMUST00000106539 2522 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Ppp1r9b-201ENSMUST00000038696 4508 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Gxylt1-201ENSMUST00000049484 6611 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Ggnbp2-211ENSMUST00000168434 3056 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Rps3-201ENSMUST00000032998 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Enah-204ENSMUST00000111030 2844 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Enah-212ENSMUST00000195059 2832 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Chpf-201ENSMUST00000079205 2892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Srpr-201ENSMUST00000034541 2993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Pkp4-210ENSMUST00000168631 4484 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Lhx3-201ENSMUST00000028302 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Utp4-201ENSMUST00000047629 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Gm14042-201ENSMUST00000120139 833 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 1700055C04Rik-201ENSMUST00000176450 355 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Gm18187-201ENSMUST00000196476 984 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Hsd17b14-205ENSMUST00000210300 797 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Letm2-213ENSMUST00000211422 738 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 AC123645.1-201ENSMUST00000228469 605 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Golt1b-201ENSMUST00000032372 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Zdhhc23-201ENSMUST00000036321 1380 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Fahd1-201ENSMUST00000049642 1407 ntAPPRIS P1 BASIC24.05■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Fbxo27-202ENSMUST00000108280 2031 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Akap1-201ENSMUST00000018572 3758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Tmf1-201ENSMUST00000095664 5732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Gm26774-201ENSMUST00000181534 2401 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Zbed5-201ENSMUST00000041466 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Aldh16a1-201ENSMUST00000107815 2685 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Vav2-201ENSMUST00000056176 5221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
Ccdc88bQ4QRL3 Gm7820-201ENSMUST00000121012 1052 ntBASIC24.04■■□□□ 1.44
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 29.9 ms