Protein–RNA interactions for Protein: Q9D1C8

Vps28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, mousemouse

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Vps28Q9D1C8 Cul3-201ENSMUST00000163119 4709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Lypd1-201ENSMUST00000027582 1447 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Gm29208-203ENSMUST00000213687 2219 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Lhx3-201ENSMUST00000028302 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Rabepk-202ENSMUST00000113086 1106 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Qdpr-204ENSMUST00000120867 1234 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Cdkn1a-203ENSMUST00000122348 857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Slc7a10-203ENSMUST00000135452 629 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Gm24513-201ENSMUST00000174964 138 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Dpf3-205ENSMUST00000177801 1092 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Rac3-201ENSMUST00000018156 1076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Gm27397-201ENSMUST00000184997 107 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Olfr541-201ENSMUST00000080681 1103 ntAPPRIS P1 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Esr1-202ENSMUST00000105588 2733 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Tbc1d2-202ENSMUST00000107750 1941 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Nelfa-201ENSMUST00000030993 2580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Poli-201ENSMUST00000043286 2591 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 AC025913.2-201ENSMUST00000220136 1766 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Rexo4-201ENSMUST00000064244 2281 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Foxl2-201ENSMUST00000051312 3256 ntAPPRIS P1 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Phldb1-211ENSMUST00000135436 2844 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Ntng2-203ENSMUST00000091153 1695 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Gm26702-201ENSMUST00000181730 4570 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Hsph1-209ENSMUST00000202089 3054 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Vps37c-201ENSMUST00000087951 2415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Runx2-213ENSMUST00000162878 2987 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Ocrl-201ENSMUST00000001202 5253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Fam53b-203ENSMUST00000097999 5465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Gm15939-201ENSMUST00000160756 2147 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Nrxn1-209ENSMUST00000161402 4953 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Ccr9-202ENSMUST00000163559 3004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Ndufab1-203ENSMUST00000123296 1416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Cobl-201ENSMUST00000046755 5615 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Gm14822-201ENSMUST00000122247 291 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Evx1-202ENSMUST00000129243 1034 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Fam241b-208ENSMUST00000142796 1135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Gm25911-201ENSMUST00000157621 56 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Hoxb8-203ENSMUST00000168043 1141 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Gm27702-201ENSMUST00000184512 56 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Thap2-203ENSMUST00000218989 527 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Ndufaf2-202ENSMUST00000223734 556 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 CT009510.1-201ENSMUST00000227972 270 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Tspo-201ENSMUST00000047419 837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 1500035N22Rik-201ENSMUST00000075081 865 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Tmem237-201ENSMUST00000087475 1823 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Tnfaip8l1-201ENSMUST00000077788 2379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Slc39a11-201ENSMUST00000042657 2781 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Cgn-203ENSMUST00000153263 2210 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Cd82-202ENSMUST00000099696 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Car10-205ENSMUST00000107861 2613 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 4833422C13Rik-201ENSMUST00000099331 2083 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 1700066M21Rik-201ENSMUST00000042734 3008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Rnase10-202ENSMUST00000164632 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Gm34419-201ENSMUST00000211383 1387 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Sirt5-203ENSMUST00000220576 1579 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Otol1-201ENSMUST00000053013 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Paqr9-201ENSMUST00000079597 8367 ntAPPRIS P1 BASIC15.36■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Flywch1-202ENSMUST00000086325 2443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Tmem116-204ENSMUST00000111795 2221 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Trip10-202ENSMUST00000224152 1812 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Ggnbp2-211ENSMUST00000168434 3056 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Nfkb1-201ENSMUST00000029812 4117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Gm5096-201ENSMUST00000091776 1858 ntAPPRIS P1 BASIC15.36■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Klk6-202ENSMUST00000107967 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Usf2-202ENSMUST00000108119 849 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 H2af-ps-201ENSMUST00000119066 295 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Gm15758-201ENSMUST00000161681 695 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Tmprss5-204ENSMUST00000167095 1146 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Gm5914-202ENSMUST00000182863 375 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Gm2756-201ENSMUST00000195851 400 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Gm15406-202ENSMUST00000202229 767 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Gm45231-201ENSMUST00000208629 1064 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Gnmt-201ENSMUST00000002846 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Spr-201ENSMUST00000045986 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Timm10b-201ENSMUST00000058333 694 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Klk15-201ENSMUST00000068625 845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Islr2-202ENSMUST00000163200 4123 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Gm5069-201ENSMUST00000050581 1328 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Pptc7-202ENSMUST00000119015 2233 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Lurap1-201ENSMUST00000030469 5742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Pdzrn3-201ENSMUST00000075994 4104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Dnajc1-202ENSMUST00000091418 5070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Ubtf-205ENSMUST00000107119 3013 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Enah-204ENSMUST00000111030 2844 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Nhlh2-202ENSMUST00000196324 2647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Rnf138-201ENSMUST00000052396 3110 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Safb-201ENSMUST00000095224 3106 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Cmtm1-202ENSMUST00000160596 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Slc35f4-205ENSMUST00000146164 2480 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Trim65-201ENSMUST00000067632 3048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Gjb1-202ENSMUST00000119080 1513 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.35■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Dlk2-203ENSMUST00000166617 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Gm6736-201ENSMUST00000166583 948 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Gm27301-201ENSMUST00000184012 127 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Gm45747-201ENSMUST00000212203 999 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Tnp2-201ENSMUST00000051297 549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Gata4-202ENSMUST00000118022 3374 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Stk40-201ENSMUST00000094761 3492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Ttc14-202ENSMUST00000108210 2684 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Ubn1-201ENSMUST00000052449 6455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 56.4 ms