Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Ndufc2-201ENSMUST00000032882 683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Calml4-201ENSMUST00000034777 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Mturn-203ENSMUST00000190641 5303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Med15-202ENSMUST00000080936 3263 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 2210011K15Rik-201ENSMUST00000190690 1741 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Ptpa-201ENSMUST00000042055 2586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Ccdc43-205ENSMUST00000164506 2316 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Card10-202ENSMUST00000164826 4726 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Dnajc2-203ENSMUST00000115193 2416 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Gm10406-202ENSMUST00000170738 1955 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Cd63-ps-201ENSMUST00000145417 875 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Baiap2l2-205ENSMUST00000170955 1058 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Gm9726-201ENSMUST00000180321 678 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Prr29-203ENSMUST00000185986 983 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Armc12-201ENSMUST00000025060 1083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Sft2d2-201ENSMUST00000043338 5535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Chp2-201ENSMUST00000033152 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem183a-201ENSMUST00000049470 3149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Tnfaip2-202ENSMUST00000109792 3284 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Apol8-201ENSMUST00000070911 1838 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Esrrb-201ENSMUST00000021680 2136 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 St3gal3-202ENSMUST00000097912 2143 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Ccdc115-201ENSMUST00000042493 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Ccr9-202ENSMUST00000163559 3004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Arf2-201ENSMUST00000057921 2242 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Dusp14-203ENSMUST00000108101 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Tubgcp4-202ENSMUST00000110657 1992 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Slc35c1-202ENSMUST00000125276 2668 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Gas2l3-207ENSMUST00000220128 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Ldha-202ENSMUST00000048209 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Slc17a9-201ENSMUST00000094218 2275 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Foxl2-201ENSMUST00000051312 3256 ntAPPRIS P1 BASIC24.18■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Jpt1-201ENSMUST00000021083 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Map3k10-202ENSMUST00000108341 3403 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 A630072M18Rik-201ENSMUST00000190567 5410 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Pex12-205ENSMUST00000175741 2337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Arhgef9-219ENSMUST00000199920 1976 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Rpl17-ps10-201ENSMUST00000119383 555 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Rpl17-ps9-201ENSMUST00000119541 555 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Rpl17-ps4-201ENSMUST00000120241 555 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Gm15747-202ENSMUST00000151096 524 ntTSL 3 BASIC24.18■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Gm46209-201ENSMUST00000217912 553 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Mt1-201ENSMUST00000034215 549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Mettl2-201ENSMUST00000021030 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Rcn2-201ENSMUST00000114276 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Gm16565-201ENSMUST00000159138 2181 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Dtx2-204ENSMUST00000111145 2493 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem200c-201ENSMUST00000178545 3213 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Disp2-202ENSMUST00000063975 1505 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp57-202ENSMUST00000089968 1991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Hacd3-201ENSMUST00000036615 2709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Gldc-201ENSMUST00000025778 3754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Gm3365-201ENSMUST00000216296 1480 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Stra8-202ENSMUST00000114997 1207 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Chst10-206ENSMUST00000194361 2996 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Fbxl18-201ENSMUST00000035985 2831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Ttc14-202ENSMUST00000108210 2684 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Ap4b1-207ENSMUST00000200377 1823 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Kpna4-203ENSMUST00000194558 3726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Il18r1-203ENSMUST00000167723 1919 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Mllt1-201ENSMUST00000025053 3608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Rmi2-201ENSMUST00000037913 3742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Gtf2h4-207ENSMUST00000160734 1569 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Gm20743-201ENSMUST00000191735 1576 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Asic1-205ENSMUST00000228185 1818 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Pigb-207ENSMUST00000184389 2079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Mfsd12-201ENSMUST00000044844 3971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Myl4-203ENSMUST00000106957 943 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.16■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Oprl1-203ENSMUST00000108766 1241 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 4930527A07Rik-201ENSMUST00000130677 559 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Mir124-2hg-206ENSMUST00000189754 525 ntTSL 3 BASIC24.16■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 9230114J08Rik-201ENSMUST00000200375 350 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Mpv17-203ENSMUST00000200833 1171 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Grk5-201ENSMUST00000003313 3165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Cyp2a5-201ENSMUST00000005685 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 2810006K23Rik-202ENSMUST00000111477 1637 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Ceacam16-201ENSMUST00000014830 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Psmc3-202ENSMUST00000067663 1636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 2610028D06Rik-201ENSMUST00000215216 1713 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 B3gnt8-201ENSMUST00000076034 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Med25-210ENSMUST00000208253 3693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Krt20-201ENSMUST00000017743 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Safb-207ENSMUST00000182533 3122 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Ybx1-201ENSMUST00000079644 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Ccdc69-202ENSMUST00000108880 1020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Ilkap-208ENSMUST00000187306 377 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 CT030161.3-201ENSMUST00000218235 367 ntTSL 3 BASIC24.15■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Ndufa8-201ENSMUST00000070112 861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Slc46a3-202ENSMUST00000118527 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Mmp11-202ENSMUST00000120281 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Sirt5-207ENSMUST00000221515 1793 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Sema3b-202ENSMUST00000102529 2875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Nubpl-201ENSMUST00000040090 2987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Kdf1-203ENSMUST00000121797 2256 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Arl4c-202ENSMUST00000159814 3997 ntAPPRIS P1 BASIC24.14■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Rimklb-201ENSMUST00000068242 4725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Nfkbid-202ENSMUST00000108175 2000 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 CN725425-202ENSMUST00000190436 2041 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Crybb3-204ENSMUST00000119627 828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Dancr-202ENSMUST00000120364 575 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 54.1 ms