Protein–RNA interactions for Protein: Q5NCC9

Trim58, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM58, mousemouse

Predictions only

Length 485 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim58Q5NCC9 Actg1-204ENSMUST00000106215 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
Trim58Q5NCC9 Arl4a-201ENSMUST00000101472 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
Trim58Q5NCC9 Slc31a2-203ENSMUST00000107468 743 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.03■□□□□ 0.64
Trim58Q5NCC9 Tpt1-ps6-201ENSMUST00000121768 523 ntBASIC19.03■□□□□ 0.64
Trim58Q5NCC9 Sec22b-202ENSMUST00000122288 1177 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
Trim58Q5NCC9 Spr-ps1-202ENSMUST00000186281 706 ntTSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
Trim58Q5NCC9 Tmem270-202ENSMUST00000201316 847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
Trim58Q5NCC9 Izumo1r-201ENSMUST00000034409 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
Trim58Q5NCC9 Bhlha9-201ENSMUST00000056184 1207 ntAPPRIS P1 BASIC19.03■□□□□ 0.64
Trim58Q5NCC9 Psma5-201ENSMUST00000090569 1239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
Trim58Q5NCC9 Acss3-201ENSMUST00000044668 2494 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
Trim58Q5NCC9 Rab23-201ENSMUST00000088287 4322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
Trim58Q5NCC9 Glis1-202ENSMUST00000106738 2744 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.03■□□□□ 0.64
Trim58Q5NCC9 Prnp-201ENSMUST00000091288 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
Trim58Q5NCC9 Top3b-201ENSMUST00000023465 3073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
Trim58Q5NCC9 Zfp868-202ENSMUST00000121886 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
Trim58Q5NCC9 Pcdha7-201ENSMUST00000192631 5337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
Trim58Q5NCC9 Tspan32-204ENSMUST00000105923 1499 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
Trim58Q5NCC9 Gtf2b-201ENSMUST00000029938 1455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
Trim58Q5NCC9 Dsn1-202ENSMUST00000103130 2636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
Trim58Q5NCC9 Slc33a1-202ENSMUST00000160883 1978 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.02■□□□□ 0.64
Trim58Q5NCC9 Tmem143-203ENSMUST00000209350 2466 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
Trim58Q5NCC9 Fam109b-201ENSMUST00000050349 2745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
Trim58Q5NCC9 Wnk1-202ENSMUST00000060043 10575 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
Trim58Q5NCC9 Gm12522-201ENSMUST00000142833 2439 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
Trim58Q5NCC9 A230072C01Rik-202ENSMUST00000136447 1412 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
Trim58Q5NCC9 Zdhhc18-201ENSMUST00000084238 4580 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.64
Trim58Q5NCC9 Kdm8-201ENSMUST00000033010 2389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
Trim58Q5NCC9 Lyrm1-203ENSMUST00000106517 1279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
Trim58Q5NCC9 H2-Q6-201ENSMUST00000113879 981 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.64
Trim58Q5NCC9 AC164629.2-201ENSMUST00000217916 270 ntBASIC19.02■□□□□ 0.64
Trim58Q5NCC9 Ube2f-201ENSMUST00000059743 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
Trim58Q5NCC9 Chaf1b-202ENSMUST00000117099 1894 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.02■□□□□ 0.64
Trim58Q5NCC9 Psmd13-201ENSMUST00000026560 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
Trim58Q5NCC9 Txnrd1-206ENSMUST00000219442 3531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.02■□□□□ 0.64
Trim58Q5NCC9 Fam228b-201ENSMUST00000053458 2851 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.63
Trim58Q5NCC9 Fbxl12-205ENSMUST00000140702 1555 ntBASIC19.02■□□□□ 0.63
Trim58Q5NCC9 Lap3-201ENSMUST00000046122 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.63
Trim58Q5NCC9 Bsx-201ENSMUST00000067375 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.63
Trim58Q5NCC9 Btbd3-202ENSMUST00000091556 4657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
Trim58Q5NCC9 Dnajc27-202ENSMUST00000049584 2934 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.01■□□□□ 0.63
Trim58Q5NCC9 Snph-204ENSMUST00000109877 3367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
Trim58Q5NCC9 Ptpn6-203ENSMUST00000171549 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
Trim58Q5NCC9 Cct6b-202ENSMUST00000100722 1871 ntTSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
Trim58Q5NCC9 Gm5096-201ENSMUST00000091776 1858 ntAPPRIS P1 BASIC19.01■□□□□ 0.63
Trim58Q5NCC9 Col16a1-201ENSMUST00000044565 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
Trim58Q5NCC9 Socs4-201ENSMUST00000065562 6877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
Trim58Q5NCC9 Sik1-201ENSMUST00000024839 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
Trim58Q5NCC9 Diaph2-201ENSMUST00000037854 3742 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
Trim58Q5NCC9 Wdr61-203ENSMUST00000121204 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
Trim58Q5NCC9 Ctcflos-201ENSMUST00000142165 469 ntTSL 3 BASIC19.01■□□□□ 0.63
Trim58Q5NCC9 Grtp1-201ENSMUST00000165605 1271 ntTSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
Trim58Q5NCC9 Gm42670-201ENSMUST00000201816 1292 ntBASIC19.01■□□□□ 0.63
Trim58Q5NCC9 Pih1d1-206ENSMUST00000210139 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
Trim58Q5NCC9 Cdc37l1-204ENSMUST00000224511 2944 ntAPPRIS ALT2 BASIC19.01■□□□□ 0.63
Trim58Q5NCC9 Ddx20-201ENSMUST00000090680 2905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
Trim58Q5NCC9 Ankrd27-202ENSMUST00000186245 1926 ntTSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
Trim58Q5NCC9 Arf3-201ENSMUST00000053183 3579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
Trim58Q5NCC9 Carlr-201ENSMUST00000181515 2574 ntBASIC19.01■□□□□ 0.63
Trim58Q5NCC9 Fbxo27-202ENSMUST00000108280 2031 ntTSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
Trim58Q5NCC9 Spns1-202ENSMUST00000119754 2001 ntTSL 5 BASIC19.01■□□□□ 0.63
Trim58Q5NCC9 Gm45504-201ENSMUST00000211407 2107 ntBASIC19.01■□□□□ 0.63
Trim58Q5NCC9 Casp8ap2-201ENSMUST00000029950 6799 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
Trim58Q5NCC9 Mn1-201ENSMUST00000094463 6860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.01■□□□□ 0.63
Trim58Q5NCC9 Syndig1-201ENSMUST00000109934 2081 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.01■□□□□ 0.63
Trim58Q5NCC9 Scaf4-201ENSMUST00000039280 4165 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
Trim58Q5NCC9 Adgrd2-ps-201ENSMUST00000118797 2662 ntBASIC19■□□□□ 0.63
Trim58Q5NCC9 Dnm1l-201ENSMUST00000023477 4017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
Trim58Q5NCC9 Chmp1a-201ENSMUST00000000759 2140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
Trim58Q5NCC9 Daxx-208ENSMUST00000174541 2325 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19■□□□□ 0.63
Trim58Q5NCC9 Wdr31-203ENSMUST00000120095 2549 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
Trim58Q5NCC9 Micall2-201ENSMUST00000044642 3346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
Trim58Q5NCC9 Gm17112-201ENSMUST00000163194 432 ntTSL 3 BASIC19■□□□□ 0.63
Trim58Q5NCC9 Mir5131-201ENSMUST00000175426 93 ntBASIC19■□□□□ 0.63
Trim58Q5NCC9 Mir5126-201ENSMUST00000175513 77 ntBASIC19■□□□□ 0.63
Trim58Q5NCC9 CT010506.4-201ENSMUST00000225457 351 ntBASIC19■□□□□ 0.63
Trim58Q5NCC9 Zpbp2-204ENSMUST00000107511 1395 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
Trim58Q5NCC9 Grm6-204ENSMUST00000171427 4330 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19■□□□□ 0.63
Trim58Q5NCC9 Fen1-204ENSMUST00000156291 2373 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19■□□□□ 0.63
Trim58Q5NCC9 Sp8-201ENSMUST00000063918 4478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
Trim58Q5NCC9 4933421O10Rik-201ENSMUST00000155691 3847 ntTSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
Trim58Q5NCC9 Ttc13-210ENSMUST00000214828 3301 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19■□□□□ 0.63
Trim58Q5NCC9 1700022A21Rik-202ENSMUST00000182910 1448 ntTSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
Trim58Q5NCC9 Gm37305-201ENSMUST00000195714 4279 ntBASIC19■□□□□ 0.63
Trim58Q5NCC9 Mtg2-201ENSMUST00000087563 1346 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19■□□□□ 0.63
Trim58Q5NCC9 Scara3-201ENSMUST00000042046 3597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
Trim58Q5NCC9 Map6d1-201ENSMUST00000040880 3273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
Trim58Q5NCC9 Gm10605-202ENSMUST00000183019 3198 ntBASIC18.99■□□□□ 0.63
Trim58Q5NCC9 Tmem241-202ENSMUST00000055447 2597 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
Trim58Q5NCC9 Nipal3-201ENSMUST00000102549 5153 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
Trim58Q5NCC9 Gm8237-201ENSMUST00000164484 2051 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC18.99■□□□□ 0.63
Trim58Q5NCC9 AC025913.2-201ENSMUST00000220136 1766 ntBASIC18.99■□□□□ 0.63
Trim58Q5NCC9 Add1-203ENSMUST00000114335 4547 ntTSL 5 BASIC18.99■□□□□ 0.63
Trim58Q5NCC9 Lancl1-203ENSMUST00000119559 1385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
Trim58Q5NCC9 Ftl2-ps-201ENSMUST00000118517 552 ntBASIC18.99■□□□□ 0.63
Trim58Q5NCC9 Psma6-204ENSMUST00000163070 787 ntTSL 5 BASIC18.99■□□□□ 0.63
Trim58Q5NCC9 1500015A07Rik-203ENSMUST00000184678 890 ntTSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
Trim58Q5NCC9 Gm27628-201ENSMUST00000184911 107 ntBASIC18.99■□□□□ 0.63
Trim58Q5NCC9 Bag2-203ENSMUST00000187602 378 ntTSL 2 BASIC18.99■□□□□ 0.63
Trim58Q5NCC9 Cela3a-201ENSMUST00000024200 958 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.99■□□□□ 0.63
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 20.6 ms