Protein–RNA interactions for Protein: Q3UDK1

Trafd1, TRAF-type zinc finger domain-containing protein 1, mousemouse

Predictions only

Length 580 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trafd1Q3UDK1 Dtx3-201ENSMUST00000038217 1944 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Trafd1Q3UDK1 Dek-201ENSMUST00000021807 2556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Trafd1Q3UDK1 A830012C17Rik-201ENSMUST00000131498 1665 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Trafd1Q3UDK1 4930474N05Rik-203ENSMUST00000226305 2313 ntAPPRIS P1 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Trafd1Q3UDK1 Cbln3-202ENSMUST00000172378 1438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Trafd1Q3UDK1 Mus81-202ENSMUST00000124334 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
Trafd1Q3UDK1 Cdkl3-201ENSMUST00000063303 2765 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
Trafd1Q3UDK1 Sox17-201ENSMUST00000027035 3127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
Trafd1Q3UDK1 Zfp36-202ENSMUST00000209061 2465 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.08■□□□□ 0.01
Trafd1Q3UDK1 Nyap1-204ENSMUST00000212152 2499 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
Trafd1Q3UDK1 Sox5-202ENSMUST00000077160 2526 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
Trafd1Q3UDK1 Cdcp1-201ENSMUST00000039229 5310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Trafd1Q3UDK1 9130024F11Rik-202ENSMUST00000185204 2628 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Trafd1Q3UDK1 Adprh-201ENSMUST00000002923 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Trafd1Q3UDK1 Mcrs1-201ENSMUST00000041190 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Trafd1Q3UDK1 Tbc1d20-201ENSMUST00000028963 3386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Trafd1Q3UDK1 Lhpp-201ENSMUST00000033241 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Trafd1Q3UDK1 Mansc4-201ENSMUST00000100780 1125 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Trafd1Q3UDK1 Speg-202ENSMUST00000113587 1254 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
Trafd1Q3UDK1 Uqcc2-203ENSMUST00000119227 452 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
Trafd1Q3UDK1 Gm13962-201ENSMUST00000131512 611 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
Trafd1Q3UDK1 Edf1-201ENSMUST00000015236 722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Trafd1Q3UDK1 Tecr-201ENSMUST00000019382 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Trafd1Q3UDK1 Gm42456-201ENSMUST00000196840 387 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
Trafd1Q3UDK1 Mrpl54-201ENSMUST00000046114 604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Trafd1Q3UDK1 Dgcr6-202ENSMUST00000076757 894 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
Trafd1Q3UDK1 Fen1-204ENSMUST00000156291 2373 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
Trafd1Q3UDK1 Mcidas-201ENSMUST00000092089 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Trafd1Q3UDK1 Gnb1-201ENSMUST00000030940 3131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Trafd1Q3UDK1 Mettl27-202ENSMUST00000068617 1685 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Trafd1Q3UDK1 Camta1-202ENSMUST00000097774 8533 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
Trafd1Q3UDK1 Gm17108-201ENSMUST00000168625 2877 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Trafd1Q3UDK1 Cfap69-205ENSMUST00000135252 2188 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Trafd1Q3UDK1 Tlr2-201ENSMUST00000029623 3014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Trafd1Q3UDK1 Mxra8-201ENSMUST00000030947 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Trafd1Q3UDK1 Necab3-201ENSMUST00000000895 1829 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Trafd1Q3UDK1 Mtfp1-201ENSMUST00000004868 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Trafd1Q3UDK1 Clgn-202ENSMUST00000109831 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Trafd1Q3UDK1 Nop56-202ENSMUST00000103198 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Trafd1Q3UDK1 AC122301.2-201ENSMUST00000219020 1474 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
Trafd1Q3UDK1 Gm12620-201ENSMUST00000119791 1986 ntBASIC15.07■□□□□ 0
Trafd1Q3UDK1 Gm12612-201ENSMUST00000140182 1986 ntBASIC15.07■□□□□ 0
Trafd1Q3UDK1 Atp6v1c2-201ENSMUST00000020884 1569 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Trafd1Q3UDK1 Ss18-203ENSMUST00000092041 2997 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Trafd1Q3UDK1 Zfp90-203ENSMUST00000212606 2685 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Trafd1Q3UDK1 Syne4-208ENSMUST00000176304 1006 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
Trafd1Q3UDK1 Syce1l-204ENSMUST00000212269 753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Trafd1Q3UDK1 AC153556.1-201ENSMUST00000215135 794 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
Trafd1Q3UDK1 AC122024.2-201ENSMUST00000220086 871 ntBASIC15.07■□□□□ 0
Trafd1Q3UDK1 Vamp8-201ENSMUST00000059983 820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Trafd1Q3UDK1 Ubn1-201ENSMUST00000052449 6455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Trafd1Q3UDK1 Spsb3-201ENSMUST00000024976 1947 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Trafd1Q3UDK1 Igdcc4-202ENSMUST00000077696 6361 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
Trafd1Q3UDK1 Tssc4-201ENSMUST00000060433 1519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Trafd1Q3UDK1 Lhx3-202ENSMUST00000054099 2184 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Trafd1Q3UDK1 Gm7901-201ENSMUST00000120430 1597 ntBASIC15.07■□□□□ 0
Trafd1Q3UDK1 Slc24a3-201ENSMUST00000081121 1788 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
Trafd1Q3UDK1 Micall2-201ENSMUST00000044642 3346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Trafd1Q3UDK1 Cct6b-202ENSMUST00000100722 1871 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Trafd1Q3UDK1 Runx2-203ENSMUST00000113572 6463 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Trafd1Q3UDK1 Foxp1-208ENSMUST00000113329 1926 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Trafd1Q3UDK1 Anxa4-201ENSMUST00000001187 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Trafd1Q3UDK1 Platr15-201ENSMUST00000147128 768 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
Trafd1Q3UDK1 Fhad1os2-201ENSMUST00000152351 945 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Trafd1Q3UDK1 Mir8098-201ENSMUST00000184011 137 ntBASIC15.06■□□□□ 0
Trafd1Q3UDK1 Hs3st2-202ENSMUST00000206880 1149 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Trafd1Q3UDK1 Ydjc-201ENSMUST00000069064 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Trafd1Q3UDK1 Pygo2-201ENSMUST00000060061 3198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Trafd1Q3UDK1 Dap3-202ENSMUST00000107491 1375 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Trafd1Q3UDK1 Kdm8-201ENSMUST00000033010 2389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Trafd1Q3UDK1 Tmco1-204ENSMUST00000195015 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Trafd1Q3UDK1 Fdft1-204ENSMUST00000224625 3698 ntAPPRIS P1 BASIC15.06■□□□□ 0
Trafd1Q3UDK1 Slc44a3-201ENSMUST00000039197 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Trafd1Q3UDK1 Arl6-202ENSMUST00000099646 1554 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Trafd1Q3UDK1 Disc1-207ENSMUST00000121953 2676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Trafd1Q3UDK1 Cyp11b2-201ENSMUST00000167634 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Trafd1Q3UDK1 Ambra1-205ENSMUST00000111317 4929 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
Trafd1Q3UDK1 Pcyt1a-202ENSMUST00000104893 4951 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
Trafd1Q3UDK1 Fam169b-206ENSMUST00000210558 2815 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
Trafd1Q3UDK1 Usp35-201ENSMUST00000139582 4262 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
Trafd1Q3UDK1 Dmkn-203ENSMUST00000085688 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
Trafd1Q3UDK1 Map7d1-203ENSMUST00000122129 3249 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ 0
Trafd1Q3UDK1 N6amt1-202ENSMUST00000118115 1951 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
Trafd1Q3UDK1 Zfp865-201ENSMUST00000076251 7503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
Trafd1Q3UDK1 Xylt2-201ENSMUST00000116349 3442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
Trafd1Q3UDK1 Lamp2-203ENSMUST00000074913 2184 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
Trafd1Q3UDK1 Sptlc2-201ENSMUST00000021424 6710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
Trafd1Q3UDK1 Irf8-205ENSMUST00000162001 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
Trafd1Q3UDK1 Wdr45b-201ENSMUST00000026173 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
Trafd1Q3UDK1 Hnrnpm-201ENSMUST00000087582 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
Trafd1Q3UDK1 Las1l-201ENSMUST00000079987 2530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
Trafd1Q3UDK1 Pcolce2-201ENSMUST00000015498 4438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
Trafd1Q3UDK1 4930513N10Rik-203ENSMUST00000145562 2803 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
Trafd1Q3UDK1 Pank3-201ENSMUST00000018990 7376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Trafd1Q3UDK1 Scara3-201ENSMUST00000042046 3597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Trafd1Q3UDK1 St6gal2-201ENSMUST00000025000 6066 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
Trafd1Q3UDK1 1700008O03Rik-201ENSMUST00000107933 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Trafd1Q3UDK1 Hnrnpa1l2-ps-201ENSMUST00000129154 964 ntBASIC15.05■□□□□ -0
Trafd1Q3UDK1 Prr3-202ENSMUST00000165613 767 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Trafd1Q3UDK1 Gm3336-201ENSMUST00000179347 1149 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 43.1 ms