Protein–RNA interactions for Protein: Q5NCC9

Trim58, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM58, mousemouse

Predictions only

Length 485 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim58Q5NCC9 Tmem87b-201ENSMUST00000110325 4807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Tpm2-202ENSMUST00000107913 2098 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Csnk1g1-212ENSMUST00000206048 2073 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Scml4-203ENSMUST00000105495 1033 ntTSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Park7-203ENSMUST00000105674 937 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Gm11455-201ENSMUST00000149285 733 ntTSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 2010010A06Rik-202ENSMUST00000186356 694 ntTSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Tac4-201ENSMUST00000021242 1251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Gm40513-201ENSMUST00000217258 411 ntTSL 3 BASIC19.2■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Ly6k-201ENSMUST00000060301 791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Pkn2-201ENSMUST00000043812 6207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Scyl1-201ENSMUST00000025890 2637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Gm26534-201ENSMUST00000181687 1724 ntTSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Kdm3a-201ENSMUST00000065509 4816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Lhx5-201ENSMUST00000031591 2689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Nrxn1-204ENSMUST00000159778 3414 ntTSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Zfp142-201ENSMUST00000027315 6480 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Lrp6-201ENSMUST00000032322 9368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Csnk2a2-201ENSMUST00000056919 3773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Cyb5r3-201ENSMUST00000018186 2422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Gm11536-201ENSMUST00000130733 535 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Slc19a2-204ENSMUST00000169394 894 ntTSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Lrr1-203ENSMUST00000222520 767 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Sod1-201ENSMUST00000023707 646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Kcnk16-201ENSMUST00000024155 916 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Gnptg-201ENSMUST00000038973 1234 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Mtus2-201ENSMUST00000071878 1211 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Arhgap11a-204ENSMUST00000110949 4458 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 E530011L22Rik-201ENSMUST00000181325 5282 ntBASIC19.19■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Ehd4-201ENSMUST00000028755 3730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Elf3-202ENSMUST00000185752 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Elp6-205ENSMUST00000199592 1304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Pcdha9-201ENSMUST00000115659 5341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Usp4-201ENSMUST00000035237 3662 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Nptn-201ENSMUST00000085651 2024 ntTSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Etnk2-203ENSMUST00000135222 2297 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Gm26793-201ENSMUST00000180930 2732 ntTSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Gpam-201ENSMUST00000061856 3832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Mis12-201ENSMUST00000048807 3003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Tpt1-201ENSMUST00000110894 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Bex1-203ENSMUST00000113120 718 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.18■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Rasgrp2-205ENSMUST00000113471 535 ntTSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Gm11452-201ENSMUST00000122376 690 ntBASIC19.18■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Gm29103-201ENSMUST00000191034 598 ntTSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Isg15-201ENSMUST00000085425 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Gm29361-201ENSMUST00000183323 2000 ntBASIC19.18■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Klhl12-202ENSMUST00000112232 3220 ntTSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Agrn-206ENSMUST00000180572 6891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Slc22a18-202ENSMUST00000105917 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Ptpn2-201ENSMUST00000025420 1568 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Zhx1-201ENSMUST00000070143 4764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Poli-201ENSMUST00000043286 2591 ntTSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Ndst2-202ENSMUST00000223679 3907 ntAPPRIS P1 BASIC19.18■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Trp53i11-201ENSMUST00000090554 2654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Cux2-201ENSMUST00000086317 5113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Tpbg-201ENSMUST00000006559 3603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Hnrnpr-202ENSMUST00000105850 2683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Timm9-202ENSMUST00000166120 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 H2-Bl-201ENSMUST00000173080 1138 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 H2-Bl-204ENSMUST00000184502 862 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Gm10419-203ENSMUST00000197854 653 ntTSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Gm43767-201ENSMUST00000198933 381 ntBASIC19.17■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Timm9-207ENSMUST00000221559 718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Timm9-209ENSMUST00000221815 1193 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Gcnt4-201ENSMUST00000171324 5087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Nrxn1-216ENSMUST00000174331 6282 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Crtc3-201ENSMUST00000122255 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Mpp3-201ENSMUST00000062801 2848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Rad18-201ENSMUST00000068487 2577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Phospho2-201ENSMUST00000028494 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 N6amt1-202ENSMUST00000118115 1951 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Fdps-203ENSMUST00000196709 1382 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Fbxl5-207ENSMUST00000124610 2306 ntTSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Pqlc1-203ENSMUST00000123750 2004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Bin2-207ENSMUST00000183211 2036 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Irgc1-201ENSMUST00000080594 1737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Ric8b-201ENSMUST00000038523 3069 ntTSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Ccdc103-201ENSMUST00000021307 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Gtpbp3-201ENSMUST00000007754 2800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Cadps2-205ENSMUST00000115358 4848 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Pds5b-208ENSMUST00000202170 6598 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Gjd2-201ENSMUST00000090275 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Zmym3-204ENSMUST00000118092 1502 ntTSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Washc1-201ENSMUST00000072383 2904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Kif1c-201ENSMUST00000072187 5046 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Rbfox3-205ENSMUST00000117731 3084 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Il11ra2-201ENSMUST00000108006 1299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Gm12536-201ENSMUST00000129102 358 ntTSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Zfp125-202ENSMUST00000144811 704 ntTSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Smarca5-ps-202ENSMUST00000171805 1284 ntBASIC19.16■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 4930458A03Rik-201ENSMUST00000198197 961 ntTSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Zfp747-202ENSMUST00000205832 618 ntTSL 3 BASIC19.16■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Gm45167-201ENSMUST00000208007 322 ntBASIC19.16■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Gm20337-201ENSMUST00000219062 1118 ntTSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 AC161829.1-201ENSMUST00000220298 281 ntBASIC19.16■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Gm10313-201ENSMUST00000095320 1002 ntBASIC19.16■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Apol7d-201ENSMUST00000097699 826 ntTSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Rgs14-201ENSMUST00000063771 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Nlrx1-203ENSMUST00000169651 3621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
Trim58Q5NCC9 Lats1-202ENSMUST00000165952 7209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 25 ms