Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

Predictions only

Length 1,001 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
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Rnf40Q3U319 Pde4dip-202ENSMUST00000090750 8376 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
Rnf40Q3U319 Wwox-202ENSMUST00000109107 2383 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
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Rnf40Q3U319 Clip2-201ENSMUST00000036999 4893 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
Rnf40Q3U319 Card9-202ENSMUST00000100303 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
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Rnf40Q3U319 Chst3-203ENSMUST00000167915 1672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
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Rnf40Q3U319 Prdm10-202ENSMUST00000117389 1952 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
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Rnf40Q3U319 Dhx34-203ENSMUST00000119102 4310 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.12
Rnf40Q3U319 Cdt1-201ENSMUST00000006760 2189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
Rnf40Q3U319 Gpr155-202ENSMUST00000076463 5061 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
Rnf40Q3U319 Sftpb-204ENSMUST00000183018 1490 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.12
Rnf40Q3U319 Rnf44-201ENSMUST00000037422 3734 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
Rnf40Q3U319 Skap1-203ENSMUST00000100521 1539 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
Rnf40Q3U319 Skap1-204ENSMUST00000103154 1507 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
Rnf40Q3U319 Cdk11b-203ENSMUST00000105600 3170 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.12
Rnf40Q3U319 Usp1-202ENSMUST00000091358 3527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
Rnf40Q3U319 Pcdh7-202ENSMUST00000094783 3752 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
Rnf40Q3U319 Mtrr-209ENSMUST00000223398 3861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
Rnf40Q3U319 Suv39h1-203ENSMUST00000115638 3116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
Rnf40Q3U319 Gtf2ird1-205ENSMUST00000100654 3156 ntTSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
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Rnf40Q3U319 Gpr137b-202ENSMUST00000220628 3634 ntTSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
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