Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Fbln1-202ENSMUST00000109432 2273 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Mtmr7-202ENSMUST00000048898 2488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp707-202ENSMUST00000109967 1703 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Kctd15-203ENSMUST00000108070 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Cyp2t4-201ENSMUST00000108385 1599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 Ghdc-201ENSMUST00000017891 2462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 Nsg2-201ENSMUST00000020537 2239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 AC159621.2-201ENSMUST00000223519 1326 ntBASIC24.64■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 Coro2a-202ENSMUST00000107756 4154 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 Pus1-207ENSMUST00000170468 1510 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 Spire2-202ENSMUST00000212404 2158 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 Gm12264-201ENSMUST00000123949 500 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 Cd209f-202ENSMUST00000138439 1165 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 Cd209f-203ENSMUST00000145007 1186 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 Gm4691-201ENSMUST00000182339 1000 ntBASIC24.64■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 Gm2451-201ENSMUST00000199447 999 ntBASIC24.64■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 Gm10290-201ENSMUST00000200451 999 ntBASIC24.64■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 Gm18049-201ENSMUST00000208909 581 ntBASIC24.64■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 Spsb2-201ENSMUST00000047760 1213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 Ust-201ENSMUST00000061601 4228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 Zscan12-202ENSMUST00000099720 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 Sec24a-202ENSMUST00000064297 2104 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem248-202ENSMUST00000111298 3570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 Phtf1-202ENSMUST00000063717 3327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 G2e3-202ENSMUST00000119211 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 Cryba4-202ENSMUST00000112383 754 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 BC023719-201ENSMUST00000174728 978 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 Prok2-204ENSMUST00000203738 695 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 Gm32351-201ENSMUST00000220503 438 ntTSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 Gm10313-201ENSMUST00000095320 1002 ntBASIC24.63■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 Serpina16-201ENSMUST00000095451 1257 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 Gabbr1-201ENSMUST00000025338 5248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 Upk1a-201ENSMUST00000006476 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 Sergef-201ENSMUST00000033127 1465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 2010015M23Rik-201ENSMUST00000181900 1199 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 Cmtm5-201ENSMUST00000037814 1095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 AC133083.1-201ENSMUST00000221736 2209 ntBASIC24.62■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 Nfkbid-201ENSMUST00000046177 2039 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 Lrrc45-201ENSMUST00000026139 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 Elmo2-202ENSMUST00000074046 3502 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 N4bp1-201ENSMUST00000034074 6469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 Mief2-201ENSMUST00000018743 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 Trmt2a-203ENSMUST00000115640 2367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 Plxdc2-203ENSMUST00000114703 2061 ntTSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 Plekhb1-207ENSMUST00000116287 1911 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC24.61■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 Rev1-201ENSMUST00000027251 4262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 Gas2l2-201ENSMUST00000052521 2610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 Gm44616-201ENSMUST00000206417 1732 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 Gm11724-201ENSMUST00000125577 472 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 Gm14493-201ENSMUST00000141174 543 ntTSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 H2-Pa-201ENSMUST00000182803 626 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 Gm27680-201ENSMUST00000184192 160 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 Gm6888-201ENSMUST00000221983 706 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 Wdyhv1-203ENSMUST00000226889 394 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 Cav3-201ENSMUST00000075477 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 Med8-203ENSMUST00000084319 1134 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 Rsrc1-205ENSMUST00000161726 3213 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 Snx1-201ENSMUST00000034946 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 Ddc-202ENSMUST00000109659 1954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 Klf15-204ENSMUST00000203607 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 Fmnl2-201ENSMUST00000049483 5461 ntTSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 Palm3-201ENSMUST00000055077 2452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 Elf3-201ENSMUST00000003135 2095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 Gm13383-201ENSMUST00000131190 1171 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 Ppt2-202ENSMUST00000166040 1139 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.6■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 Gm8239-201ENSMUST00000204094 444 ntTSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 AC158529.1-201ENSMUST00000223618 239 ntBASIC24.6■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 Apobec2-201ENSMUST00000046549 1218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 A430035B10Rik-204ENSMUST00000148063 2010 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 Ntf3-202ENSMUST00000112244 1399 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC24.6■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 Lrig1-202ENSMUST00000101126 4951 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 Zpr1-206ENSMUST00000156440 2984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 Naa35-201ENSMUST00000022038 3793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 Slc7a5-201ENSMUST00000045557 3517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 Rnf14-203ENSMUST00000171461 3351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 Gm42466-201ENSMUST00000202099 1301 ntBASIC24.6■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 Slc6a8-204ENSMUST00000114467 2509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 Cdan1-201ENSMUST00000110700 5996 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 Brpf1-204ENSMUST00000113122 4773 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 Hist1h2ac-201ENSMUST00000171127 2482 ntAPPRIS P1 BASIC24.59■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 Zfyve19-202ENSMUST00000102519 1505 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 Fbxw8-201ENSMUST00000049474 5000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 Alkbh2-202ENSMUST00000112279 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 Vdac2-209ENSMUST00000173456 956 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 Rpl32-202ENSMUST00000203816 906 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 AC125206.2-201ENSMUST00000217454 574 ntBASIC24.59■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 Sema6d-204ENSMUST00000078621 6372 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 Med20-201ENSMUST00000024778 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 Cxcr3-201ENSMUST00000056614 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 Gm27528-202ENSMUST00000222916 2012 ntBASIC24.59■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 Capn1-202ENSMUST00000164843 3048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 Nprl3-201ENSMUST00000020530 2865 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 Galt-202ENSMUST00000108038 1859 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 Mfng-201ENSMUST00000018313 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 Nap1l1-208ENSMUST00000219961 1512 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 Ube4b-202ENSMUST00000103212 5626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 Cyp4f18-201ENSMUST00000003574 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 Sync-201ENSMUST00000102599 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 Gm14127-201ENSMUST00000117906 678 ntBASIC24.58■■□□□ 1.53
Ccdc88bQ4QRL3 Gm5479-201ENSMUST00000160578 435 ntBASIC24.58■■□□□ 1.53
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 54.7 ms