Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Kcmf1-201ENSMUST00000068697 3251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 Dusp13-201ENSMUST00000075040 1745 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 Eps8-203ENSMUST00000111878 3560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 Nipsnap1-201ENSMUST00000038570 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 Haus3-201ENSMUST00000060049 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 B4galt5-201ENSMUST00000109221 4210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 Rps6kl1-201ENSMUST00000019379 2304 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 Rap1gap-202ENSMUST00000097837 3168 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 Fads3-201ENSMUST00000115995 3269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 Mir449b-201ENSMUST00000104833 80 ntBASIC25.13■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 Fbxo44-202ENSMUST00000105705 1034 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 Mrpl55-204ENSMUST00000108786 757 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 Mdk-204ENSMUST00000111309 771 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 1700022A21Rik-202ENSMUST00000182910 1448 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 Gm40123-201ENSMUST00000198175 1027 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 AC164567.1-201ENSMUST00000219185 960 ntBASIC25.13■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 App-207ENSMUST00000227737 2827 ntBASIC25.13■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 Otub1-201ENSMUST00000025679 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 Khk-201ENSMUST00000031053 1257 ntTSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 Osbpl10-201ENSMUST00000046627 1872 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 Mtfp1-201ENSMUST00000004868 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 Chrna4-202ENSMUST00000108851 2071 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 Ckap4-201ENSMUST00000053871 3089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 Hmgb3-201ENSMUST00000015361 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 Lad1-201ENSMUST00000038760 2993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 Trnt1-203ENSMUST00000113248 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 Cyhr1-201ENSMUST00000066677 1163 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 Rnf103-201ENSMUST00000064637 3264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 Klhl34-201ENSMUST00000087157 1935 ntAPPRIS P1 BASIC25.12■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 Rab27b-202ENSMUST00000117692 2842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 Ttc39b-202ENSMUST00000048274 1804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 Tbc1d13-201ENSMUST00000044556 3595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 Rab3a-202ENSMUST00000110090 1375 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.11■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 Sulf2-201ENSMUST00000088086 3927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 Chchd7-208ENSMUST00000121651 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 Gm11505-201ENSMUST00000130442 737 ntTSL 3 BASIC25.11■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 2310061I04Rik-204ENSMUST00000148721 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 Gm28277-201ENSMUST00000187450 885 ntTSL 3 BASIC25.11■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 Gm42560-201ENSMUST00000201216 1023 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 Slc12a5-208ENSMUST00000202479 1202 ntTSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 Ndufs6-203ENSMUST00000222930 512 ntTSL 3 BASIC25.11■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 Eef1akmt2-201ENSMUST00000033257 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 Chchd7-201ENSMUST00000041122 672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 4930429H19Rik-201ENSMUST00000205260 1818 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 Aaed1-202ENSMUST00000220895 2858 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 Ntng1-205ENSMUST00000106575 1620 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 Ntng1-202ENSMUST00000072596 1620 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 Ptpn5-201ENSMUST00000033142 3145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 Gm25287-201ENSMUST00000103846 110 ntBASIC25.1■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 Gm22918-201ENSMUST00000103855 110 ntBASIC25.1■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 Gm20509-201ENSMUST00000174203 1016 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 Cmtm1-202ENSMUST00000160596 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 Map3k21-201ENSMUST00000034316 5693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 Shd-202ENSMUST00000223629 1430 ntAPPRIS P2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 Hoxb1-201ENSMUST00000019117 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 Cep19-202ENSMUST00000115168 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 Sh3bgr-201ENSMUST00000048770 1321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 Trappc2-203ENSMUST00000116495 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 Rpl37rt-201ENSMUST00000100847 682 ntTSL 3 BASIC25.09■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 Tnnc2-201ENSMUST00000103095 700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 Ube2v2-202ENSMUST00000115776 1236 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 Cystm1-205ENSMUST00000152804 445 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC25.09■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 Ociad1-210ENSMUST00000202250 800 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 5830408C22Rik-201ENSMUST00000210072 1115 ntTSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 AC140397.2-201ENSMUST00000224213 834 ntBASIC25.09■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 AC140375.2-201ENSMUST00000225283 584 ntBASIC25.09■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 Ccdc172-201ENSMUST00000069419 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 Srpx-203ENSMUST00000115544 1865 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem117-201ENSMUST00000080141 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 Serf2-204ENSMUST00000139253 3056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 Map7-201ENSMUST00000020173 4252 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 Hnrnpll-205ENSMUST00000184635 3009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 Txnrd2-215ENSMUST00000206151 2874 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 Zbtb9-201ENSMUST00000120016 2798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 Ttpa-202ENSMUST00000117632 3123 ntTSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 Hsf4-207ENSMUST00000174837 1251 ntTSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 Mterf4-202ENSMUST00000112942 1525 ntTSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 Exo5-204ENSMUST00000177880 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 Exo5-201ENSMUST00000030375 1996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 Dancr-204ENSMUST00000132389 2347 ntBASIC25.08■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 Gch1-201ENSMUST00000089959 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 Smurf2-201ENSMUST00000092517 3125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 BC037032-204ENSMUST00000155191 3291 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 Sept4-201ENSMUST00000018544 1726 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 Gm13306-202ENSMUST00000108018 542 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 Ropn1l-201ENSMUST00000110408 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 Gm16026-204ENSMUST00000162652 683 ntBASIC25.08■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 Tgfb1i1-203ENSMUST00000163609 1053 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 AC069562.2-201ENSMUST00000224644 2146 ntBASIC25.08■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 Keap1-201ENSMUST00000049567 3172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 Ranbp9-201ENSMUST00000144326 3371 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 Asap2-201ENSMUST00000050990 3345 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 Fam172a-203ENSMUST00000163257 1436 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 Thap6-204ENSMUST00000193925 1337 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 Gls-202ENSMUST00000114510 5596 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 Zc3h14-204ENSMUST00000110105 3514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 Tex22-202ENSMUST00000109729 735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 Crybb3-202ENSMUST00000117143 749 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.07■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 1700021F05Rik-202ENSMUST00000147196 860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 Ube2i-208ENSMUST00000173084 1286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 353.1 ms