Protein–RNA interactions for Protein: P11260

Lire1, LINE-1 retrotransposable element ORF1 protein, mousemouse

Predictions only

Length 357 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Lire1P11260 Trmo-201ENSMUST00000030015 1527 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
Lire1P11260 Gnas-202ENSMUST00000087871 3903 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
Lire1P11260 Ehd4-201ENSMUST00000028755 3730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
Lire1P11260 Sacs-201ENSMUST00000089394 3345 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
Lire1P11260 Hectd1-202ENSMUST00000179265 9012 ntTSL 5 BASIC14.85□□□□□ -0.03
Lire1P11260 Tfap2a-209ENSMUST00000225180 1828 ntBASIC14.85□□□□□ -0.03
Lire1P11260 Sntb2-203ENSMUST00000212524 9945 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
Lire1P11260 Zswim4-201ENSMUST00000039480 4625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
Lire1P11260 4833445I07Rik-201ENSMUST00000193193 1642 ntBASIC14.84□□□□□ -0.03
Lire1P11260 Cygb-201ENSMUST00000021166 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
Lire1P11260 Brap-201ENSMUST00000031414 3744 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
Lire1P11260 Kcnma1-228ENSMUST00000224468 3753 ntAPPRIS ALT2 BASIC14.84□□□□□ -0.03
Lire1P11260 2610301B20Rik-201ENSMUST00000080517 2116 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
Lire1P11260 Nrxn1-209ENSMUST00000161402 4953 ntTSL 5 BASIC14.84□□□□□ -0.03
Lire1P11260 Col16a1-201ENSMUST00000044565 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
Lire1P11260 Gm5414-201ENSMUST00000062879 1659 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.84□□□□□ -0.03
Lire1P11260 H2-Q10-202ENSMUST00000174525 1991 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.84□□□□□ -0.03
Lire1P11260 Cep170-205ENSMUST00000192961 2708 ntTSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
Lire1P11260 Gm10676-201ENSMUST00000098778 3221 ntBASIC14.84□□□□□ -0.03
Lire1P11260 Arid5a-208ENSMUST00000137906 5504 ntTSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
Lire1P11260 Pdia3-201ENSMUST00000028683 2770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
Lire1P11260 Tgfbr3-201ENSMUST00000031224 6087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
Lire1P11260 March3-202ENSMUST00000102912 1754 ntTSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
Lire1P11260 Pcdha7-201ENSMUST00000192631 5337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
Lire1P11260 Sfrp4-201ENSMUST00000002883 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
Lire1P11260 Acot7-206ENSMUST00000167926 1505 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
Lire1P11260 Pemt-203ENSMUST00000102693 961 ntTSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
Lire1P11260 Prkcz-203ENSMUST00000105624 694 ntTSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
Lire1P11260 2310009B15Rik-201ENSMUST00000112025 565 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.84□□□□□ -0.03
Lire1P11260 Pyy-201ENSMUST00000017455 555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
Lire1P11260 Tmem178b-203ENSMUST00000180886 712 ntTSL 5 BASIC14.84□□□□□ -0.03
Lire1P11260 Gm29103-201ENSMUST00000191034 598 ntTSL 5 BASIC14.84□□□□□ -0.03
Lire1P11260 Snrnp35-201ENSMUST00000031349 1115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
Lire1P11260 Spr-ps1-201ENSMUST00000089584 605 ntBASIC14.84□□□□□ -0.03
Lire1P11260 Slc4a5-203ENSMUST00000113900 3630 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.84□□□□□ -0.03
Lire1P11260 Osbpl8-201ENSMUST00000095310 3622 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
Lire1P11260 Opn4-202ENSMUST00000168444 2075 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
Lire1P11260 Dtnbp1-203ENSMUST00000220555 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.84□□□□□ -0.03
Lire1P11260 Klhl40-201ENSMUST00000098272 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
Lire1P11260 Ngrn-201ENSMUST00000117989 1317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
Lire1P11260 Fam84b-201ENSMUST00000100635 5565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
Lire1P11260 AC164107.1-201ENSMUST00000227730 2161 ntBASIC14.84□□□□□ -0.03
Lire1P11260 Gm26578-201ENSMUST00000181702 4611 ntTSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
Lire1P11260 St6galnac2-201ENSMUST00000079545 3643 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
Lire1P11260 Bfsp2-201ENSMUST00000124310 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
Lire1P11260 Ppan-201ENSMUST00000004203 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
Lire1P11260 Calb2-201ENSMUST00000003754 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.03
Lire1P11260 Pbk-201ENSMUST00000022612 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.03
Lire1P11260 Tomm70a-201ENSMUST00000166897 3778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.03
Lire1P11260 Hnrnpm-201ENSMUST00000087582 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.03
Lire1P11260 Ran-201ENSMUST00000031383 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.03
Lire1P11260 Dennd5b-201ENSMUST00000111557 9831 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.83□□□□□ -0.03
Lire1P11260 Pcdha11-202ENSMUST00000115657 5360 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.03
Lire1P11260 Adam23-205ENSMUST00000114107 6110 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.83□□□□□ -0.04
Lire1P11260 Ralgapb-201ENSMUST00000046274 8366 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.83□□□□□ -0.04
Lire1P11260 Tns1-222ENSMUST00000212888 5643 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.83□□□□□ -0.04
Lire1P11260 Mindy4-203ENSMUST00000204842 2211 ntTSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.04
Lire1P11260 Rnf141-201ENSMUST00000106682 1101 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.83□□□□□ -0.04
Lire1P11260 Rasl2-9-201ENSMUST00000147835 1013 ntAPPRIS P1 BASIC14.83□□□□□ -0.04
Lire1P11260 Pym1-202ENSMUST00000163377 1158 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.04
Lire1P11260 Flg-202ENSMUST00000178008 768 ntAPPRIS ALT2 BASIC14.83□□□□□ -0.04
Lire1P11260 Flg-205ENSMUST00000179250 765 ntAPPRIS ALT2 BASIC14.83□□□□□ -0.04
Lire1P11260 Flg-206ENSMUST00000179477 768 ntAPPRIS ALT2 BASIC14.83□□□□□ -0.04
Lire1P11260 Gm3272-201ENSMUST00000181181 1229 ntBASIC14.83□□□□□ -0.04
Lire1P11260 Jagn1-202ENSMUST00000204254 1147 ntTSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.04
Lire1P11260 Idnk-201ENSMUST00000051490 764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.04
Lire1P11260 Rln3-201ENSMUST00000061923 634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.04
Lire1P11260 Gm10566-201ENSMUST00000086739 996 ntBASIC14.83□□□□□ -0.04
Lire1P11260 Gm8839-201ENSMUST00000121279 1645 ntBASIC14.83□□□□□ -0.04
Lire1P11260 Grip2-205ENSMUST00000162300 5206 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.83□□□□□ -0.04
Lire1P11260 Pex3-202ENSMUST00000105539 1961 ntTSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.04
Lire1P11260 Dpep3-201ENSMUST00000034371 1698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.04
Lire1P11260 Lrp11-201ENSMUST00000019931 3386 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.04
Lire1P11260 Cnst-201ENSMUST00000040706 4709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.04
Lire1P11260 Foxi1-201ENSMUST00000060271 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.04
Lire1P11260 Kcnj6-202ENSMUST00000099508 3086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.04
Lire1P11260 Gm9917-201ENSMUST00000180865 5192 ntTSL 3 BASIC14.83□□□□□ -0.04
Lire1P11260 Kcnk4-201ENSMUST00000025908 1715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.04
Lire1P11260 Shcbp1l-201ENSMUST00000042373 2092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.04
Lire1P11260 Vps51-201ENSMUST00000025711 2489 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.04
Lire1P11260 Fa2h-201ENSMUST00000038475 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.04
Lire1P11260 Asic1-205ENSMUST00000228185 1818 ntBASIC14.82□□□□□ -0.04
Lire1P11260 Aatk-202ENSMUST00000103019 5177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
Lire1P11260 Nfkb1-206ENSMUST00000164430 3007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
Lire1P11260 Meioc-201ENSMUST00000100378 4573 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.82□□□□□ -0.04
Lire1P11260 Dnajb2-210ENSMUST00000188931 3066 ntTSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
Lire1P11260 Hnf1b-201ENSMUST00000021016 2759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
Lire1P11260 Kif21a-203ENSMUST00000100304 6439 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.82□□□□□ -0.04
Lire1P11260 Kif21a-202ENSMUST00000088614 6439 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.82□□□□□ -0.04
Lire1P11260 Dbx1-201ENSMUST00000032717 2091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
Lire1P11260 Gm24589-201ENSMUST00000116692 94 ntBASIC14.82□□□□□ -0.04
Lire1P11260 Fgf20-202ENSMUST00000118639 587 ntTSL 3 BASIC14.82□□□□□ -0.04
Lire1P11260 Psma3-204ENSMUST00000160864 859 ntTSL 5 BASIC14.82□□□□□ -0.04
Lire1P11260 AC133598.3-202ENSMUST00000224219 531 ntBASIC14.82□□□□□ -0.04
Lire1P11260 Mrps18a-201ENSMUST00000024763 884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
Lire1P11260 Birc2-201ENSMUST00000054878 378 ntBASIC14.82□□□□□ -0.04
Lire1P11260 Gm44616-201ENSMUST00000206417 1732 ntBASIC14.82□□□□□ -0.04
Lire1P11260 Mzf1-202ENSMUST00000182087 2197 ntTSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
Lire1P11260 Dtx2-202ENSMUST00000111142 2650 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
Lire1P11260 Kcnh1-202ENSMUST00000110844 7161 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 37.5 ms