Protein–RNA interactions for Protein: Q62226

Shh, Sonic hedgehog protein, mousemouse

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Length 437 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ShhQ62226 Gm14057-201ENSMUST00000120631 482 ntBASIC14.64□□□□□ -0.07
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ShhQ62226 Cabp2-205ENSMUST00000162908 911 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Csrp3-202ENSMUST00000167786 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Chst10-206ENSMUST00000194361 2996 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Ap2s1-204ENSMUST00000205607 372 ntTSL 3 BASIC14.64□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Rpl18-204ENSMUST00000209693 535 ntTSL 5 BASIC14.64□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Lrr1-203ENSMUST00000222520 767 ntTSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Dcps-201ENSMUST00000034539 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Lce1l-201ENSMUST00000054426 670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Psma5-201ENSMUST00000090569 1239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Dok3-201ENSMUST00000047877 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Mir22hg-202ENSMUST00000149940 1752 ntTSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Snx2-201ENSMUST00000037850 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Etnk2-203ENSMUST00000135222 2297 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Tmtc2-201ENSMUST00000061506 5629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
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ShhQ62226 Axin1-202ENSMUST00000118904 2833 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
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ShhQ62226 Runx2-203ENSMUST00000113572 6463 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Baz1b-201ENSMUST00000002825 6492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Serpine2-201ENSMUST00000027467 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Lhfpl3-202ENSMUST00000197992 3115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Naprt-201ENSMUST00000023237 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
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ShhQ62226 Dok3-202ENSMUST00000223563 1644 ntAPPRIS P1 BASIC14.63□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Ankrd44-210ENSMUST00000179030 6140 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Dmc1-201ENSMUST00000023065 2192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Cnih1-201ENSMUST00000015903 1538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Ggnbp1-201ENSMUST00000053683 1525 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
ShhQ62226 9130019P16Rik-202ENSMUST00000145111 4486 ntTSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Slc38a10-203ENSMUST00000076697 1672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
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ShhQ62226 Gm14641-201ENSMUST00000136486 452 ntTSL 3 BASIC14.63□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Gm16191-201ENSMUST00000141445 520 ntTSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
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ShhQ62226 Gm5617-201ENSMUST00000048824 531 ntAPPRIS P1 BASIC14.63□□□□□ -0.07
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ShhQ62226 Prdm5-203ENSMUST00000081219 984 ntTSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
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ShhQ62226 Dnajb14-201ENSMUST00000090178 9477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Rnf121-202ENSMUST00000096639 2249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
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ShhQ62226 Pgap2-203ENSMUST00000120119 1979 ntTSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Syngr3-201ENSMUST00000007236 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
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ShhQ62226 Vangl2-202ENSMUST00000111263 6528 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.62□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Cnih3-201ENSMUST00000027795 2668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
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ShhQ62226 Inhba-202ENSMUST00000164993 1529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
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ShhQ62226 Rerg-202ENSMUST00000117919 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
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ShhQ62226 Ptprcap-201ENSMUST00000061086 927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Neu1-201ENSMUST00000007253 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Hist1h2ak-201ENSMUST00000074752 393 ntAPPRIS P1 BASIC14.62□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Olfr615-201ENSMUST00000098198 942 ntAPPRIS P1 BASIC14.62□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Nkx1-2-201ENSMUST00000054562 3264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Tnfaip2-201ENSMUST00000102745 3762 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Hsd3b2-201ENSMUST00000107021 1788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Prr14-201ENSMUST00000033095 2402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Tuba8-201ENSMUST00000032233 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
ShhQ62226 9530085L11Rik-201ENSMUST00000203963 2115 ntBASIC14.62□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Fars2-201ENSMUST00000021857 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Adgrb2-205ENSMUST00000106017 5104 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Prmt6-203ENSMUST00000190378 3051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Ero1lb-203ENSMUST00000221560 1964 ntTSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Gm40773-201ENSMUST00000218113 1502 ntTSL 5 BASIC14.61□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Ccdc106-201ENSMUST00000045543 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Ahsa1-201ENSMUST00000021425 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Paqr9-201ENSMUST00000079597 8367 ntAPPRIS P1 BASIC14.61□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Mbd6-201ENSMUST00000026476 4165 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14.61□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Phf7-201ENSMUST00000022459 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Ttc13-202ENSMUST00000117624 3096 ntTSL 5 BASIC14.61□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Usp32-202ENSMUST00000108075 7053 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.61□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Ogfr-201ENSMUST00000029087 2449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Tmem5-205ENSMUST00000140299 4793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
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