Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Ifnar1-202ENSMUST00000117748 2771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp865-203ENSMUST00000085427 2751 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 Arid3c-201ENSMUST00000084698 1417 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 Gm45723-201ENSMUST00000212135 1783 ntTSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 Map6-207ENSMUST00000208924 2906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 Agap2-201ENSMUST00000039259 5633 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 Scin-201ENSMUST00000002640 2995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 Plekhm2-202ENSMUST00000084203 4136 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp446-202ENSMUST00000108535 2594 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 Parp16-205ENSMUST00000216702 1643 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 Polr2i-202ENSMUST00000108192 508 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 Gm11788-201ENSMUST00000142520 562 ntTSL 3 BASIC25.44■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 H2-Bl-209ENSMUST00000194244 862 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 Lce3e-201ENSMUST00000098886 607 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.44■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 Dlx4os-201ENSMUST00000156477 1664 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 Pik3r2-201ENSMUST00000034296 3165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 Myef2-201ENSMUST00000067780 2999 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 Fbxl21-203ENSMUST00000121871 1963 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 E230025N22Rik-201ENSMUST00000115682 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 Pld5-202ENSMUST00000111166 1370 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 Hsd3b2-201ENSMUST00000107021 1788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 Vldlr-202ENSMUST00000047645 3260 ntTSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 Gm44872-201ENSMUST00000207864 420 ntBASIC25.43■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 Olfr370-201ENSMUST00000058609 1096 ntAPPRIS P1 BASIC25.43■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 Atp6v0c-202ENSMUST00000098862 796 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 Med7-209ENSMUST00000170928 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 Ikbke-204ENSMUST00000161764 2867 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 Fam69c-201ENSMUST00000052501 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 Ifna12-201ENSMUST00000102806 797 ntAPPRIS P1 BASIC25.42■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 4933436I20Rik-201ENSMUST00000189405 1434 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 Gm34397-203ENSMUST00000214991 630 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 Gm5628-201ENSMUST00000222318 1049 ntBASIC25.42■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 Dad1-201ENSMUST00000022781 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 Cdv3-201ENSMUST00000035484 3387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 Gpr137b-201ENSMUST00000021738 2971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 Gpr3-202ENSMUST00000105911 2518 ntAPPRIS P1 BASIC25.42■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 Hsd17b12-201ENSMUST00000028619 1902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 Epor-201ENSMUST00000006397 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 Gm20628-201ENSMUST00000177363 3215 ntBASIC25.42■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 Gm19430-201ENSMUST00000193847 2137 ntBASIC25.42■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 Gfm2-211ENSMUST00000161913 1829 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 Slc16a10-201ENSMUST00000092566 5397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 Lsp1-203ENSMUST00000105966 1503 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 Gm7901-201ENSMUST00000120430 1597 ntBASIC25.42■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 Gm13616-201ENSMUST00000120600 222 ntBASIC25.41■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 2410006H16Rik-201ENSMUST00000131787 462 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 Nup188-205ENSMUST00000138666 534 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 Haghl-206ENSMUST00000138759 1074 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 1700108N11Rik-201ENSMUST00000153051 917 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 Orc6-201ENSMUST00000034132 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 R74862-202ENSMUST00000133630 2482 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 C230012O17Rik-201ENSMUST00000130085 2999 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 Tap1-201ENSMUST00000041633 2614 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 Zmynd19-201ENSMUST00000028350 3903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 Acp5-201ENSMUST00000069330 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 Eva1c-203ENSMUST00000099548 1948 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 Nfe2l3-201ENSMUST00000005103 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 Trp73-204ENSMUST00000105644 5042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 1700003M07Rik-202ENSMUST00000147634 564 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 Zfyve21-206ENSMUST00000222843 705 ntTSL 3 BASIC25.4■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 Smdt1-201ENSMUST00000023086 705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 Cacna2d2-205ENSMUST00000168532 5807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 Phf7-201ENSMUST00000022459 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 Hs3st2-201ENSMUST00000084628 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 Gm37166-201ENSMUST00000195473 2474 ntBASIC25.4■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 Alox12-202ENSMUST00000108574 2314 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 Gstm7-201ENSMUST00000004137 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 P4ha2-201ENSMUST00000019050 2230 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 Kank3-202ENSMUST00000172649 2652 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 Crebzf-201ENSMUST00000061767 3376 ntAPPRIS P1 BASIC25.4■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 Dctd-203ENSMUST00000170263 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 Lin9-203ENSMUST00000192561 3160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 Hsd17b7-202ENSMUST00000111353 1446 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 Akap7-203ENSMUST00000100012 2321 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 Dtwd2-203ENSMUST00000163590 2857 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 Il15ra-206ENSMUST00000114834 784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 Gm10244-202ENSMUST00000156905 474 ntTSL 3 BASIC25.4■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 Mir6990-201ENSMUST00000183724 91 ntBASIC25.4■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 Nckipsd-206ENSMUST00000195323 467 ntTSL 3 BASIC25.4■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 3110079O15Rik-201ENSMUST00000027476 478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 Dnajb11-204ENSMUST00000166487 2534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 Pde8b-202ENSMUST00000067082 2598 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 Ubap1l-201ENSMUST00000147185 1380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 Akt2-202ENSMUST00000085917 1392 ntTSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 Lhx3-202ENSMUST00000054099 2184 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 Pdhb-201ENSMUST00000022268 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 Nudt1-204ENSMUST00000110826 606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 Gm43474-201ENSMUST00000196415 774 ntBASIC25.39■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 CT025555.1-201ENSMUST00000225901 1217 ntBASIC25.39■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 Pold4-201ENSMUST00000025773 910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 Mrpl20-201ENSMUST00000030942 764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 Tssk3-201ENSMUST00000000421 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 Acat3-201ENSMUST00000043923 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 Gnpda2-202ENSMUST00000120789 1594 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 Scarf2-201ENSMUST00000012161 3302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 Irf7-201ENSMUST00000026571 1916 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 A830073O21Rik-202ENSMUST00000205693 3096 ntBASIC25.38■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 Simc1-201ENSMUST00000118072 2116 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 Sigirr-201ENSMUST00000097958 1990 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 Tpi1-205ENSMUST00000172132 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 28.3 ms