Protein–RNA interactions for Protein: Q8BY87

Usp47, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 47, mousemouse

Predictions only

Length 1,376 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp47Q8BY87 Tmem254c-202ENSMUST00000100819 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Usp47Q8BY87 Gm20680-201ENSMUST00000176881 789 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
Usp47Q8BY87 Gm32050-201ENSMUST00000209793 638 ntTSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
Usp47Q8BY87 Gm40977-203ENSMUST00000222324 886 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
Usp47Q8BY87 AC159093.1-201ENSMUST00000227779 380 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
Usp47Q8BY87 Pfn3-201ENSMUST00000054146 545 ntAPPRIS P1 BASIC22.26■■□□□ 1.15
Usp47Q8BY87 Rhox6-201ENSMUST00000006362 1010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Usp47Q8BY87 Rnf7-202ENSMUST00000071301 334 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
Usp47Q8BY87 Txnrd2-215ENSMUST00000206151 2874 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
Usp47Q8BY87 March2-201ENSMUST00000066121 3400 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Usp47Q8BY87 Dera-201ENSMUST00000087675 1729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Usp47Q8BY87 Mycl-201ENSMUST00000030407 3501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Usp47Q8BY87 Dmkn-203ENSMUST00000085688 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Usp47Q8BY87 Zfp36l3-201ENSMUST00000071711 2347 ntAPPRIS P1 BASIC22.26■■□□□ 1.15
Usp47Q8BY87 Asap2-201ENSMUST00000050990 3345 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
Usp47Q8BY87 Timm9-202ENSMUST00000166120 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Usp47Q8BY87 Gm18489-201ENSMUST00000172565 551 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
Usp47Q8BY87 1600014C10Rik-209ENSMUST00000179992 568 ntTSL 3 BASIC22.25■■□□□ 1.15
Usp47Q8BY87 Timm9-207ENSMUST00000221559 718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Usp47Q8BY87 Timm9-209ENSMUST00000221815 1193 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Usp47Q8BY87 Rps6ka3-201ENSMUST00000033671 7244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Usp47Q8BY87 Ndufb7-201ENSMUST00000036996 623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Usp47Q8BY87 Mdk-202ENSMUST00000069423 773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Usp47Q8BY87 Dars-201ENSMUST00000027602 2175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Usp47Q8BY87 Galnt6os-201ENSMUST00000160960 1389 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Usp47Q8BY87 Tlk2-204ENSMUST00000106941 3699 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Usp47Q8BY87 Tes-202ENSMUST00000115467 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Usp47Q8BY87 Ppfia1-201ENSMUST00000168134 5181 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Usp47Q8BY87 Sphk1-201ENSMUST00000063396 2659 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
Usp47Q8BY87 6030419C18Rik-202ENSMUST00000216294 1601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Usp47Q8BY87 Sgcd-201ENSMUST00000077221 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Usp47Q8BY87 Ggn-204ENSMUST00000208330 2205 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
Usp47Q8BY87 Samm50-201ENSMUST00000023071 1673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Usp47Q8BY87 Cdh24-201ENSMUST00000067784 3489 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
Usp47Q8BY87 Akap7-203ENSMUST00000100012 2321 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Usp47Q8BY87 Col13a1-203ENSMUST00000105452 3037 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
Usp47Q8BY87 Luc7l2-213ENSMUST00000163047 3141 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Usp47Q8BY87 Gm7286-201ENSMUST00000182691 1007 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
Usp47Q8BY87 Gsdmcl2-204ENSMUST00000186026 736 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
Usp47Q8BY87 Gsdmcl1-202ENSMUST00000190937 735 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
Usp47Q8BY87 Sbf2-213ENSMUST00000171218 1476 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
Usp47Q8BY87 Trmu-201ENSMUST00000023019 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
Usp47Q8BY87 Tnip2-203ENSMUST00000114359 1642 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
Usp47Q8BY87 BC024978-204ENSMUST00000179391 1748 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
Usp47Q8BY87 Tex261-201ENSMUST00000014892 2984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
Usp47Q8BY87 Pacsin2-203ENSMUST00000171436 3693 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
Usp47Q8BY87 0610025J13Rik-201ENSMUST00000131324 652 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
Usp47Q8BY87 Ankrd65-202ENSMUST00000165000 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
Usp47Q8BY87 Gm5253-201ENSMUST00000187104 1025 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
Usp47Q8BY87 Cdh4-201ENSMUST00000000314 6388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
Usp47Q8BY87 Gm11873-201ENSMUST00000117877 1304 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
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Usp47Q8BY87 Dlgap4-205ENSMUST00000109567 4840 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
Usp47Q8BY87 Cnot10-206ENSMUST00000216785 1723 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
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Usp47Q8BY87 Arf2-202ENSMUST00000063347 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Usp47Q8BY87 Dusp4-201ENSMUST00000033930 2740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Usp47Q8BY87 Gm21586-201ENSMUST00000107988 264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Usp47Q8BY87 Gm21953-201ENSMUST00000108002 264 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
Usp47Q8BY87 R3hcc1-201ENSMUST00000118374 1726 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Usp47Q8BY87 Gm11611-201ENSMUST00000134289 1326 ntTSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
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Usp47Q8BY87 Chchd2-201ENSMUST00000094280 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
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Usp47Q8BY87 Lrriq3-201ENSMUST00000029833 2652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Usp47Q8BY87 Letm1-201ENSMUST00000005431 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Usp47Q8BY87 Alpl-201ENSMUST00000030551 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Usp47Q8BY87 Man1c1-202ENSMUST00000054096 4715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
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Usp47Q8BY87 Zcchc17-202ENSMUST00000134159 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Usp47Q8BY87 Plcl2-201ENSMUST00000043938 4050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Usp47Q8BY87 Gm38318-201ENSMUST00000195769 1706 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
Usp47Q8BY87 Gm10044-203ENSMUST00000166813 1471 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Usp47Q8BY87 Best4-ps-201ENSMUST00000129783 1380 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
Usp47Q8BY87 Tpt1-205ENSMUST00000142061 996 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
Usp47Q8BY87 Cox6c-205ENSMUST00000156915 606 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
Usp47Q8BY87 Psma6-204ENSMUST00000163070 787 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
Usp47Q8BY87 Pmm1-202ENSMUST00000071462 1059 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Usp47Q8BY87 Cnbd2-201ENSMUST00000037096 2277 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Usp47Q8BY87 AC069562.2-201ENSMUST00000224644 2146 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
Usp47Q8BY87 Fam219b-202ENSMUST00000114200 3017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Usp47Q8BY87 Cdkl3-209ENSMUST00000120374 2770 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
Usp47Q8BY87 Slc33a1-203ENSMUST00000161659 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Usp47Q8BY87 Gpr160-207ENSMUST00000166278 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Usp47Q8BY87 Lrig3-201ENSMUST00000074807 4016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Usp47Q8BY87 Mef2b-203ENSMUST00000110143 1312 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Usp47Q8BY87 Nudt3-209ENSMUST00000176876 465 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
Usp47Q8BY87 Gm32031-203ENSMUST00000208993 649 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
Usp47Q8BY87 AC160980.1-201ENSMUST00000224136 970 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
Usp47Q8BY87 Tbcc-201ENSMUST00000040434 1164 ntAPPRIS P1 BASIC22.21■■□□□ 1.15
Usp47Q8BY87 Rpl8-201ENSMUST00000004072 862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Usp47Q8BY87 Nudt3-202ENSMUST00000062397 558 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
Usp47Q8BY87 Cobll1-205ENSMUST00000112431 5024 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Usp47Q8BY87 BC030336-201ENSMUST00000060175 4831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Usp47Q8BY87 Ppp1r3f-205ENSMUST00000150787 4760 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Usp47Q8BY87 Zc3h14-204ENSMUST00000110105 3514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Usp47Q8BY87 Ngly1-201ENSMUST00000022310 2935 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 24.2 ms