Protein–RNA interactions for Protein: Q62226

Shh, Sonic hedgehog protein, mousemouse

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Length 437 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ShhQ62226 Ap1s1-201ENSMUST00000111080 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Galnt13-203ENSMUST00000112635 7531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Gm17200-201ENSMUST00000170214 2022 ntTSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Cbx8-201ENSMUST00000026663 3580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Tmem56-203ENSMUST00000128909 6696 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Kif7-201ENSMUST00000059836 4521 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Vegfa-201ENSMUST00000024747 2765 ntTSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Evx1-202ENSMUST00000129243 1034 ntTSL 3 BASIC14.73□□□□□ -0.05
ShhQ62226 H2-Bl-201ENSMUST00000173080 1138 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Mir5126-201ENSMUST00000175513 77 ntBASIC14.73□□□□□ -0.05
ShhQ62226 H2-Bl-204ENSMUST00000184502 862 ntTSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Gm32050-201ENSMUST00000209793 638 ntTSL 3 BASIC14.73□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Psmb5-202ENSMUST00000227257 622 ntBASIC14.73□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Fcnb-201ENSMUST00000028179 1170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Izumo1r-201ENSMUST00000034409 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Tsfm-201ENSMUST00000040560 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Epc1-202ENSMUST00000050542 565 ntTSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Rad51d-203ENSMUST00000092844 1228 ntTSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Agbl5-208ENSMUST00000201168 3199 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.73□□□□□ -0.05
ShhQ62226 B3gat2-203ENSMUST00000144602 1488 ntTSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Tlnrd1-201ENSMUST00000094216 4433 ntAPPRIS P1 BASIC14.73□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Zfx-204ENSMUST00000113927 6933 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.73□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Hnrnpll-201ENSMUST00000061331 3116 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.73□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Phtf1-202ENSMUST00000063717 3327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Mff-212ENSMUST00000162003 2087 ntTSL 5 BASIC14.73□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Tapt1-201ENSMUST00000055128 3513 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.73□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Syt3-202ENSMUST00000118962 2494 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.73□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Cdon-202ENSMUST00000119129 7503 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.73□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Fip1l1-203ENSMUST00000113535 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Cobl-203ENSMUST00000109651 5541 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Olah-203ENSMUST00000194918 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Rab22a-201ENSMUST00000029024 7155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Usp27x-201ENSMUST00000115744 3240 ntAPPRIS P1 BASIC14.72□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Slc35f1-201ENSMUST00000105473 4941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Parg-204ENSMUST00000164137 3013 ntTSL 5 BASIC14.72□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Cend1-201ENSMUST00000084436 1672 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.72□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Cap1-203ENSMUST00000106257 2768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Dnajc2-202ENSMUST00000115192 1132 ntTSL 2 BASIC14.72□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Gm12216-201ENSMUST00000117316 1152 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Gm12260-201ENSMUST00000122447 411 ntBASIC14.72□□□□□ -0.05
ShhQ62226 1700039E22Rik-201ENSMUST00000174082 770 ntTSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
ShhQ62226 AV026068-207ENSMUST00000187718 400 ntTSL 5 BASIC14.72□□□□□ -0.05
ShhQ62226 D030044L04Rik-201ENSMUST00000204220 1291 ntTSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Gm44123-201ENSMUST00000204662 577 ntTSL 5 BASIC14.72□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Timm13-203ENSMUST00000218481 471 ntTSL 3 BASIC14.72□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Chgb-201ENSMUST00000028826 2740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Rock1-201ENSMUST00000067947 6187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.72□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Dvl2-207ENSMUST00000190940 5037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Jph4-202ENSMUST00000124493 3200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Tbrg4-212ENSMUST00000189268 2347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Gm8909-203ENSMUST00000173353 1428 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.72□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Prkar2b-202ENSMUST00000036497 3378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Rgl1-201ENSMUST00000027760 4572 ntTSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Whrn-207ENSMUST00000107393 4028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
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ShhQ62226 Galnt13-202ENSMUST00000112634 7639 ntTSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Kdf1-201ENSMUST00000042919 1708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Dmpk-203ENSMUST00000108474 2591 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Hey2-201ENSMUST00000019924 2550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Gclc-201ENSMUST00000034905 3423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Slc5a10-203ENSMUST00000148584 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Degs1-201ENSMUST00000035295 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
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ShhQ62226 Tjap1-214ENSMUST00000225413 2189 ntAPPRIS ALT2 BASIC14.71□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Chst5-201ENSMUST00000034430 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Spg21-201ENSMUST00000034955 2680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Wasf2-201ENSMUST00000084241 5642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Hnrnpa1-202ENSMUST00000087351 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Ap1g1-202ENSMUST00000093157 6899 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14.71□□□□□ -0.05
ShhQ62226 March8-201ENSMUST00000079012 4450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Gm10435-202ENSMUST00000162526 2878 ntTSL 5 BASIC14.71□□□□□ -0.05
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ShhQ62226 Gm19345-201ENSMUST00000172815 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Gm20675-201ENSMUST00000175861 338 ntTSL 3 BASIC14.71□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Gm44357-201ENSMUST00000195897 142 ntBASIC14.71□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Sox2ot-202ENSMUST00000196058 753 ntTSL 3 BASIC14.71□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Gm19658-201ENSMUST00000196231 138 ntBASIC14.71□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Gm44367-201ENSMUST00000196836 138 ntBASIC14.71□□□□□ -0.05
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ShhQ62226 Gm44390-201ENSMUST00000197533 144 ntBASIC14.71□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Gm44313-201ENSMUST00000198018 138 ntBASIC14.71□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Gm44486-201ENSMUST00000198508 138 ntBASIC14.71□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Gm44454-201ENSMUST00000198541 138 ntBASIC14.71□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Gm44314-201ENSMUST00000199263 138 ntBASIC14.71□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Gm44394-201ENSMUST00000199558 138 ntBASIC14.71□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Gm44484-201ENSMUST00000199873 138 ntBASIC14.71□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Gm44466-201ENSMUST00000200264 138 ntBASIC14.71□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Gm44359-201ENSMUST00000200671 138 ntBASIC14.71□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Gm44107-201ENSMUST00000203242 573 ntTSL 2 BASIC14.71□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Ppp1r27-201ENSMUST00000026121 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Mrpl17-201ENSMUST00000033170 1028 ntTSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Myl12b-201ENSMUST00000038446 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Soga3-201ENSMUST00000092629 4105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.71□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Ppm1e-201ENSMUST00000055438 6344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Nr3c2-203ENSMUST00000109912 5675 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
ShhQ62226 C2cd2-201ENSMUST00000170757 6555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Serinc2-203ENSMUST00000122374 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Hhatl-201ENSMUST00000035110 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
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