Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

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Length 1,001 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
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Rnf40Q3U319 Zfp13-202ENSMUST00000115516 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
Rnf40Q3U319 Atp11b-201ENSMUST00000029257 4868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
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Rnf40Q3U319 Dnm1-217ENSMUST00000202578 2820 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
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Rnf40Q3U319 Tfdp2-201ENSMUST00000034982 7354 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
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Rnf40Q3U319 Exosc3-201ENSMUST00000030003 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
Rnf40Q3U319 Slc43a1-203ENSMUST00000111625 2487 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
Rnf40Q3U319 Coq6-201ENSMUST00000021661 1602 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
Rnf40Q3U319 Mbtd1-202ENSMUST00000063718 3785 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
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Rnf40Q3U319 Fam219a-201ENSMUST00000108049 3296 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
Rnf40Q3U319 Anks1b-205ENSMUST00000179694 2663 ntTSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
Rnf40Q3U319 Rhpn1-202ENSMUST00000121137 2283 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
Rnf40Q3U319 Atg7-215ENSMUST00000183165 2012 ntTSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
Rnf40Q3U319 Wdfy3-206ENSMUST00000174698 3858 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
Rnf40Q3U319 Map3k7cl-201ENSMUST00000026700 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
Rnf40Q3U319 Gm5414-201ENSMUST00000062879 1659 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
Rnf40Q3U319 Rgs3-201ENSMUST00000065870 4698 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
Rnf40Q3U319 Klf15-203ENSMUST00000203039 2482 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
Rnf40Q3U319 Fam57a-201ENSMUST00000094014 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
Rnf40Q3U319 Nupl2-201ENSMUST00000049887 2914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
Rnf40Q3U319 Cdadc1-204ENSMUST00000171683 1892 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
Rnf40Q3U319 Crb2-201ENSMUST00000050372 6372 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
Rnf40Q3U319 Fam189b-203ENSMUST00000119707 2415 ntTSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
Rnf40Q3U319 Gm44291-201ENSMUST00000203102 2865 ntBASIC16.46■□□□□ 0.23
Rnf40Q3U319 Moxd1-201ENSMUST00000095784 3090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
Rnf40Q3U319 2900042K21Rik-201ENSMUST00000194444 653 ntBASIC16.46■□□□□ 0.23
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 21.9 ms