Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Hsdl2-201ENSMUST00000030078 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
Ccdc88bQ4QRL3 Rhox2h-201ENSMUST00000115162 779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
Ccdc88bQ4QRL3 Ybx1-ps2-201ENSMUST00000201305 957 ntBASIC25.71■■□□□ 1.71
Ccdc88bQ4QRL3 Pmf1-201ENSMUST00000056370 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
Ccdc88bQ4QRL3 Ifrd2-201ENSMUST00000010192 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
Ccdc88bQ4QRL3 Cbl-204ENSMUST00000205968 2809 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
Ccdc88bQ4QRL3 Vill-207ENSMUST00000141185 1645 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.71
Ccdc88bQ4QRL3 Fam133b-201ENSMUST00000115527 1491 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.71
Ccdc88bQ4QRL3 Cspg5-202ENSMUST00000196060 3790 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.71
Ccdc88bQ4QRL3 Gm5069-201ENSMUST00000050581 1328 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.71
Ccdc88bQ4QRL3 Meig1-204ENSMUST00000115083 567 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.7
Ccdc88bQ4QRL3 Pcp2-203ENSMUST00000133459 470 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
Ccdc88bQ4QRL3 Edn3-203ENSMUST00000140908 731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.7
Ccdc88bQ4QRL3 Hoxb8-203ENSMUST00000168043 1141 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.7
Ccdc88bQ4QRL3 Gm45612-201ENSMUST00000211320 160 ntBASIC25.7■■□□□ 1.7
Ccdc88bQ4QRL3 Pcp2-201ENSMUST00000004749 495 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
Ccdc88bQ4QRL3 Gm26891-201ENSMUST00000181644 2599 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
Ccdc88bQ4QRL3 Zdhhc25-201ENSMUST00000066949 1368 ntAPPRIS P1 BASIC25.7■■□□□ 1.7
Ccdc88bQ4QRL3 Rabggta-203ENSMUST00000169237 2547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
Ccdc88bQ4QRL3 Xrcc1-205ENSMUST00000205573 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
Ccdc88bQ4QRL3 Shisa2-201ENSMUST00000053949 3119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
Ccdc88bQ4QRL3 Lrch2-201ENSMUST00000112819 4892 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
Ccdc88bQ4QRL3 Ms4a6d-202ENSMUST00000125291 679 ntTSL 3 BASIC25.69■■□□□ 1.7
Ccdc88bQ4QRL3 AC155252.2-201ENSMUST00000226946 680 ntBASIC25.69■■□□□ 1.7
Ccdc88bQ4QRL3 Gm9945-201ENSMUST00000067523 932 ntAPPRIS P1 BASIC25.69■■□□□ 1.7
Ccdc88bQ4QRL3 Pias4-201ENSMUST00000005064 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
Ccdc88bQ4QRL3 Ebf1-203ENSMUST00000109268 2864 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
Ccdc88bQ4QRL3 Fbxl12os-202ENSMUST00000136376 2349 ntTSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
Ccdc88bQ4QRL3 Adam33-201ENSMUST00000052104 2795 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
Ccdc88bQ4QRL3 Agfg1-208ENSMUST00000190052 2991 ntTSL 5 BASIC25.68■■□□□ 1.7
Ccdc88bQ4QRL3 Pqlc1-203ENSMUST00000123750 2004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
Ccdc88bQ4QRL3 Dlx3-201ENSMUST00000092768 2607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
Ccdc88bQ4QRL3 Prmt7-203ENSMUST00000109297 1094 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
Ccdc88bQ4QRL3 Gm8318-201ENSMUST00000182954 872 ntBASIC25.68■■□□□ 1.7
Ccdc88bQ4QRL3 Hapln3-202ENSMUST00000205782 930 ntTSL 5 BASIC25.68■■□□□ 1.7
Ccdc88bQ4QRL3 AC159114.1-201ENSMUST00000220349 266 ntBASIC25.68■■□□□ 1.7
Ccdc88bQ4QRL3 Gm13337-201ENSMUST00000119183 1594 ntBASIC25.68■■□□□ 1.7
Ccdc88bQ4QRL3 Tfap2d-201ENSMUST00000037294 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
Ccdc88bQ4QRL3 Mybl2-201ENSMUST00000018005 3651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
Ccdc88bQ4QRL3 Mycn-201ENSMUST00000043396 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
Ccdc88bQ4QRL3 Clgn-202ENSMUST00000109831 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
Ccdc88bQ4QRL3 Ube2d2b-201ENSMUST00000072578 1678 ntAPPRIS P1 BASIC25.67■■□□□ 1.7
Ccdc88bQ4QRL3 Dnaaf3-201ENSMUST00000094897 2224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
Ccdc88bQ4QRL3 Gm11508-201ENSMUST00000129337 440 ntTSL 2 BASIC25.67■■□□□ 1.7
Ccdc88bQ4QRL3 A930006K02Rik-201ENSMUST00000149172 776 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
Ccdc88bQ4QRL3 Crxos-201ENSMUST00000098801 934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
Ccdc88bQ4QRL3 Gna11-201ENSMUST00000043604 3414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
Ccdc88bQ4QRL3 Plscr3-202ENSMUST00000108632 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
Ccdc88bQ4QRL3 Fbxo9-202ENSMUST00000085311 2155 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
Ccdc88bQ4QRL3 Gm26675-201ENSMUST00000181068 1525 ntTSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
Ccdc88bQ4QRL3 Psmb10-201ENSMUST00000034369 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
Ccdc88bQ4QRL3 Bnip2-201ENSMUST00000034754 2464 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
Ccdc88bQ4QRL3 Marveld1-201ENSMUST00000061111 3066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
Ccdc88bQ4QRL3 Slain1-201ENSMUST00000069443 2863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
Ccdc88bQ4QRL3 Cap1-203ENSMUST00000106257 2768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
Ccdc88bQ4QRL3 Lyrm1-203ENSMUST00000106517 1279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
Ccdc88bQ4QRL3 Trem2-202ENSMUST00000113237 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
Ccdc88bQ4QRL3 Psmg3-202ENSMUST00000182602 733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
Ccdc88bQ4QRL3 Gm20553-201ENSMUST00000204205 844 ntBASIC25.66■■□□□ 1.7
Ccdc88bQ4QRL3 2010107E04Rik-203ENSMUST00000222874 612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
Ccdc88bQ4QRL3 AC160980.1-201ENSMUST00000224136 970 ntBASIC25.66■■□□□ 1.7
Ccdc88bQ4QRL3 Lce1f-201ENSMUST00000047153 728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp358-203ENSMUST00000208423 2200 ntAPPRIS P1 BASIC25.66■■□□□ 1.7
Ccdc88bQ4QRL3 Fam241b-204ENSMUST00000125704 1769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
Ccdc88bQ4QRL3 Rps6kb2-202ENSMUST00000118483 1409 ntTSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
Ccdc88bQ4QRL3 Ube2l6-201ENSMUST00000102642 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
Ccdc88bQ4QRL3 Mrps2-201ENSMUST00000038600 2080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
Ccdc88bQ4QRL3 Asic2-201ENSMUST00000021045 3436 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
Ccdc88bQ4QRL3 Atxn2-201ENSMUST00000051950 4472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
Ccdc88bQ4QRL3 Eml2-203ENSMUST00000120595 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
Ccdc88bQ4QRL3 0610010K14Rik-204ENSMUST00000102569 778 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
Ccdc88bQ4QRL3 Slc31a2-203ENSMUST00000107468 743 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
Ccdc88bQ4QRL3 Rps19-201ENSMUST00000108428 1284 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp706-201ENSMUST00000078976 4417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
Ccdc88bQ4QRL3 Tmub1-201ENSMUST00000030799 1333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
Ccdc88bQ4QRL3 Ing4-201ENSMUST00000032480 1629 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
Ccdc88bQ4QRL3 Pax8-201ENSMUST00000028355 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
Ccdc88bQ4QRL3 4933415F23Rik-201ENSMUST00000073179 1781 ntAPPRIS P1 BASIC25.65■■□□□ 1.7
Ccdc88bQ4QRL3 Mapk8ip1-201ENSMUST00000050312 2930 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
Ccdc88bQ4QRL3 Ociad2-202ENSMUST00000200776 2359 ntTSL 3 BASIC25.65■■□□□ 1.7
Ccdc88bQ4QRL3 Prmt6-203ENSMUST00000190378 3051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
Ccdc88bQ4QRL3 Lrrc3c-201ENSMUST00000142268 902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.65■■□□□ 1.7
Ccdc88bQ4QRL3 Gm19710-202ENSMUST00000200320 493 ntTSL 3 BASIC25.65■■□□□ 1.7
Ccdc88bQ4QRL3 1700030N18Rik-201ENSMUST00000202497 966 ntBASIC25.65■■□□□ 1.7
Ccdc88bQ4QRL3 4930593A02Rik-202ENSMUST00000203879 938 ntTSL 5 BASIC25.65■■□□□ 1.7
Ccdc88bQ4QRL3 Thap2-203ENSMUST00000218989 527 ntBASIC25.65■■□□□ 1.7
Ccdc88bQ4QRL3 Gm40977-203ENSMUST00000222324 886 ntTSL 2 BASIC25.65■■□□□ 1.7
Ccdc88bQ4QRL3 Sgsm1-204ENSMUST00000112325 2274 ntTSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
Ccdc88bQ4QRL3 Mcl1-201ENSMUST00000037947 3418 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
Ccdc88bQ4QRL3 Pde4b-208ENSMUST00000106911 3020 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.65■■□□□ 1.7
Ccdc88bQ4QRL3 Mark3-201ENSMUST00000075281 3321 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
Ccdc88bQ4QRL3 Glis1-201ENSMUST00000046005 2906 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
Ccdc88bQ4QRL3 Ager-209ENSMUST00000174496 1347 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
Ccdc88bQ4QRL3 Loxl4-205ENSMUST00000171432 2274 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem237-201ENSMUST00000087475 1823 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
Ccdc88bQ4QRL3 Stard7-201ENSMUST00000110374 1530 ntTSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
Ccdc88bQ4QRL3 Lmna-202ENSMUST00000036252 1536 ntTSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
Ccdc88bQ4QRL3 Slc6a1-204ENSMUST00000204074 1740 ntTSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Gm10073-201ENSMUST00000073722 496 ntAPPRIS P1 BASIC25.64■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Rplp1-201ENSMUST00000008036 499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 21.6 ms