Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE5

USP40, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 40, humanhuman

Predictions only

Length 1,235 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP40Q9NVE5 METTL26-203ENST00000397664 604 ntTSL 2 BASIC25.82■■□□□ 1.72
USP40Q9NVE5 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC25.82■■□□□ 1.72
USP40Q9NVE5 AC055733.4-201ENST00000638462 1354 ntBASIC25.82■■□□□ 1.72
USP40Q9NVE5 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.81■■□□□ 1.72
USP40Q9NVE5 MRPL37-201ENST00000336230 1179 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
USP40Q9NVE5 AL645608.9-201ENST00000442292 829 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
USP40Q9NVE5 AC006970.2-201ENST00000450065 779 ntBASIC25.81■■□□□ 1.72
USP40Q9NVE5 AC092171.1-201ENST00000455866 753 ntTSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
USP40Q9NVE5 AC106820.5-201ENST00000566085 789 ntTSL 3 BASIC25.81■■□□□ 1.72
USP40Q9NVE5 SNAP23-214ENST00000567094 834 ntTSL 3 BASIC25.81■■□□□ 1.72
USP40Q9NVE5 AC012313.6-201ENST00000599889 790 ntTSL 3 BASIC25.81■■□□□ 1.72
USP40Q9NVE5 TRAPPC3-208ENST00000616074 1114 ntTSL 5 BASIC25.81■■□□□ 1.72
USP40Q9NVE5 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
USP40Q9NVE5 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
USP40Q9NVE5 PHLDB3-207ENST00000599242 2286 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
USP40Q9NVE5 NOXO1-201ENST00000354249 1618 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
USP40Q9NVE5 DOC2A-218ENST00000616445 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
USP40Q9NVE5 RHOD-201ENST00000308831 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
USP40Q9NVE5 ZSWIM7-205ENST00000472495 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
USP40Q9NVE5 MFSD11-216ENST00000590393 1141 ntBASIC25.8■■□□□ 1.72
USP40Q9NVE5 C5AR2-202ENST00000600626 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
USP40Q9NVE5 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
USP40Q9NVE5 FAIM-201ENST00000338446 1622 ntTSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
USP40Q9NVE5 AP004607.7-201ENST00000527152 1677 ntBASIC25.8■■□□□ 1.72
USP40Q9NVE5 CNIH2-201ENST00000311445 1356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
USP40Q9NVE5 LINC01184-201ENST00000499346 1380 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
USP40Q9NVE5 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
USP40Q9NVE5 TBXA2R-202ENST00000411851 1494 ntTSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
USP40Q9NVE5 MFF-207ENST00000409565 1548 ntTSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
USP40Q9NVE5 ZNF451-202ENST00000370702 458 ntTSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
USP40Q9NVE5 ABHD14A-204ENST00000491470 674 ntTSL 3 BASIC25.79■■□□□ 1.72
USP40Q9NVE5 ZNF696-204ENST00000520333 605 ntTSL 5 BASIC25.79■■□□□ 1.72
USP40Q9NVE5 C19orf84-201ENST00000570516 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
USP40Q9NVE5 WDR86-203ENST00000469830 1691 ntTSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
USP40Q9NVE5 RCN2-201ENST00000320963 1750 ntTSL 5 BASIC25.79■■□□□ 1.72
USP40Q9NVE5 SSUH2-217ENST00000544814 1636 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
USP40Q9NVE5 AC037459.4-201ENST00000517384 585 ntTSL 4 BASIC25.78■■□□□ 1.72
USP40Q9NVE5 DM1-AS-203ENST00000590076 730 ntTSL 4 BASIC25.78■■□□□ 1.72
USP40Q9NVE5 TSPAN4-206ENST00000397408 1430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
USP40Q9NVE5 ADA-201ENST00000372874 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
USP40Q9NVE5 SPAG7-205ENST00000573366 1668 ntTSL 3 BASIC25.77■■□□□ 1.72
USP40Q9NVE5 TRIQK-221ENST00000524107 737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.77■■□□□ 1.72
USP40Q9NVE5 ZNF561-AS1-205ENST00000588765 579 ntTSL 4 BASIC25.77■■□□□ 1.72
USP40Q9NVE5 AC104771.1-201ENST00000603335 964 ntBASIC25.77■■□□□ 1.72
USP40Q9NVE5 MDK-213ENST00000617138 635 ntTSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
USP40Q9NVE5 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
USP40Q9NVE5 RAB28-203ENST00000338176 1787 ntTSL 3 BASIC25.77■■□□□ 1.72
USP40Q9NVE5 NT5C-201ENST00000245552 954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
USP40Q9NVE5 SLC25A29-212ENST00000555927 960 ntTSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
USP40Q9NVE5 AP001160.3-201ENST00000601484 763 ntBASIC25.76■■□□□ 1.71
USP40Q9NVE5 OR7E47P-201ENST00000546390 1422 ntBASIC25.76■■□□□ 1.71
USP40Q9NVE5 NKX2-5-201ENST00000329198 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
USP40Q9NVE5 LINC00526-201ENST00000581067 1875 ntBASIC25.76■■□□□ 1.71
USP40Q9NVE5 HADH-201ENST00000309522 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
USP40Q9NVE5 WDR86-208ENST00000628331 1905 ntTSL 5 BASIC25.76■■□□□ 1.71
USP40Q9NVE5 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
USP40Q9NVE5 BARX2-201ENST00000281437 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
USP40Q9NVE5 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
USP40Q9NVE5 SLC2A11-202ENST00000316185 1555 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
USP40Q9NVE5 CITED1-201ENST00000246139 1231 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
USP40Q9NVE5 HRASLS-201ENST00000264735 1066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
USP40Q9NVE5 SNRNP25-202ENST00000383018 1085 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
USP40Q9NVE5 PIGP-203ENST00000399098 972 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
USP40Q9NVE5 SERP1-208ENST00000491660 830 ntTSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
USP40Q9NVE5 LOXL1-AS1-208ENST00000565756 885 ntTSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
USP40Q9NVE5 AC005410.1-201ENST00000579522 462 ntTSL 3 BASIC25.75■■□□□ 1.71
USP40Q9NVE5 HAS1-203ENST00000594621 760 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
USP40Q9NVE5 UBE2DNL-204ENST00000602536 740 ntBASIC25.75■■□□□ 1.71
USP40Q9NVE5 PRMT1-221ENST00000610806 1192 ntTSL 3 BASIC25.75■■□□□ 1.71
USP40Q9NVE5 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
USP40Q9NVE5 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
USP40Q9NVE5 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
USP40Q9NVE5 CD58-203ENST00000457047 1328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
USP40Q9NVE5 EFNA2-201ENST00000215368 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
USP40Q9NVE5 MIR663A-201ENST00000385250 93 ntBASIC25.74■■□□□ 1.71
USP40Q9NVE5 NCF1B-203ENST00000435988 1254 ntBASIC25.74■■□□□ 1.71
USP40Q9NVE5 AL731577.2-201ENST00000508096 555 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
USP40Q9NVE5 AC044860.1-203ENST00000560811 844 ntTSL 3 BASIC25.74■■□□□ 1.71
USP40Q9NVE5 AL109923.1-201ENST00000618799 583 ntBASIC25.74■■□□□ 1.71
USP40Q9NVE5 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
USP40Q9NVE5 ALDH6A1-201ENST00000350259 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
USP40Q9NVE5 CLDN5-203ENST00000413119 1760 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
USP40Q9NVE5 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
USP40Q9NVE5 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
USP40Q9NVE5 CERKL-203ENST00000374969 1330 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
USP40Q9NVE5 CFD-201ENST00000327726 1201 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
USP40Q9NVE5 PARP1-202ENST00000366792 553 ntTSL 3 BASIC25.73■■□□□ 1.71
USP40Q9NVE5 TPT1-AS1-211ENST00000520622 604 ntTSL 4 BASIC25.73■■□□□ 1.71
USP40Q9NVE5 C12orf75-205ENST00000549893 719 ntTSL 3 BASIC25.73■■□□□ 1.71
USP40Q9NVE5 MCRIP1-204ENST00000570507 765 ntTSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
USP40Q9NVE5 MCRIP1-208ENST00000575061 618 ntTSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
USP40Q9NVE5 WT1-AS_3.1-201ENST00000613262 234 ntBASIC25.73■■□□□ 1.71
USP40Q9NVE5 CBWD6-201ENST00000377391 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
USP40Q9NVE5 LYRM9-201ENST00000379102 501 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
USP40Q9NVE5 AC093833.1-201ENST00000442821 553 ntTSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
USP40Q9NVE5 LYRM9-206ENST00000508862 807 ntTSL 3 BASIC25.72■■□□□ 1.71
USP40Q9NVE5 EMC9-206ENST00000560403 872 ntTSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
USP40Q9NVE5 FNDC5-207ENST00000640867 639 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
USP40Q9NVE5 SLC22A17-201ENST00000206544 2284 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
USP40Q9NVE5 C22orf34-203ENST00000405854 1593 ntTSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.6 ms