Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE5

USP40, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 40, humanhuman

Predictions only

Length 1,235 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP40Q9NVE5 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
USP40Q9NVE5 ATP6V0B-205ENST00000472174 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
USP40Q9NVE5 KLK9-202ENST00000594211 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
USP40Q9NVE5 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
USP40Q9NVE5 NPY4R-201ENST00000374312 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
USP40Q9NVE5 VSX1-205ENST00000429762 1977 ntTSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
USP40Q9NVE5 NPY4R2-201ENST00000576178 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
USP40Q9NVE5 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
USP40Q9NVE5 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
USP40Q9NVE5 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
USP40Q9NVE5 HBM-201ENST00000356815 506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
USP40Q9NVE5 NXNL2-201ENST00000375854 805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.9■■□□□ 1.74
USP40Q9NVE5 LTB-211ENST00000446745 853 ntTSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
USP40Q9NVE5 POLE4-205ENST00000483063 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
USP40Q9NVE5 SFTPC-205ENST00000521315 1046 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
USP40Q9NVE5 AC079089.2-201ENST00000531211 1277 ntBASIC25.9■■□□□ 1.74
USP40Q9NVE5 IGFALS-203ENST00000568221 730 ntTSL 4 BASIC25.9■■□□□ 1.74
USP40Q9NVE5 AC091138.1-202ENST00000578967 457 ntTSL 2 BASIC25.9■■□□□ 1.74
USP40Q9NVE5 AC011767.1-201ENST00000617410 1153 ntBASIC25.9■■□□□ 1.74
USP40Q9NVE5 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
USP40Q9NVE5 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
USP40Q9NVE5 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
USP40Q9NVE5 MPV17L-202ENST00000396385 1037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
USP40Q9NVE5 ANKRD63-201ENST00000434396 1143 ntAPPRIS P1 BASIC25.89■■□□□ 1.74
USP40Q9NVE5 C11orf24-209ENST00000533310 980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.89■■□□□ 1.74
USP40Q9NVE5 LINC01976-201ENST00000565120 434 ntTSL 2 BASIC25.89■■□□□ 1.74
USP40Q9NVE5 NDUFA6-AS1-207ENST00000595777 833 ntTSL 5 BASIC25.89■■□□□ 1.74
USP40Q9NVE5 AC104187.1-201ENST00000607510 612 ntBASIC25.89■■□□□ 1.74
USP40Q9NVE5 GNB2-209ENST00000436220 1479 ntTSL 5 BASIC25.89■■□□□ 1.73
USP40Q9NVE5 SMAD1-201ENST00000302085 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.73
USP40Q9NVE5 RAB1A-202ENST00000409751 1333 ntTSL 5 BASIC25.88■■□□□ 1.73
USP40Q9NVE5 AC025164.2-201ENST00000501008 1898 ntTSL 5 BASIC25.88■■□□□ 1.73
USP40Q9NVE5 RAMP1-203ENST00000404910 857 ntTSL 2 BASIC25.88■■□□□ 1.73
USP40Q9NVE5 DENND3-207ENST00000518347 850 ntTSL 2 BASIC25.88■■□□□ 1.73
USP40Q9NVE5 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
USP40Q9NVE5 MFSD7-201ENST00000322224 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
USP40Q9NVE5 MFSD7-203ENST00000404286 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
USP40Q9NVE5 RAB3A-201ENST00000222256 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
USP40Q9NVE5 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC25.88■■□□□ 1.73
USP40Q9NVE5 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
USP40Q9NVE5 KRT87P-202ENST00000534226 1464 ntBASIC25.87■■□□□ 1.73
USP40Q9NVE5 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
USP40Q9NVE5 MLLT10-204ENST00000377091 905 ntTSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
USP40Q9NVE5 RORB-AS1-201ENST00000417576 1178 ntTSL 5 BASIC25.87■■□□□ 1.73
USP40Q9NVE5 KRT18P11-201ENST00000435214 1283 ntBASIC25.87■■□□□ 1.73
USP40Q9NVE5 CDKN3-204ENST00000442975 727 ntTSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
USP40Q9NVE5 ELOA3B-201ENST00000611323 1641 ntAPPRIS P1 BASIC25.87■■□□□ 1.73
USP40Q9NVE5 ELOA3D-201ENST00000620881 1641 ntAPPRIS P1 BASIC25.87■■□□□ 1.73
USP40Q9NVE5 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
USP40Q9NVE5 GSTM3-202ENST00000361066 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
USP40Q9NVE5 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
USP40Q9NVE5 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC25.86■■□□□ 1.73
USP40Q9NVE5 DCTN3-202ENST00000341694 899 ntTSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
USP40Q9NVE5 SLC22A15-201ENST00000369502 1230 ntTSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
USP40Q9NVE5 DCTN3-205ENST00000378916 773 ntTSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
USP40Q9NVE5 IL15RA-207ENST00000397250 584 ntTSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
USP40Q9NVE5 ZNF717-203ENST00000477374 1169 ntTSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
USP40Q9NVE5 PPP1R14BP3-201ENST00000509033 445 ntBASIC25.86■■□□□ 1.73
USP40Q9NVE5 IL15RA-215ENST00000528354 1037 ntTSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
USP40Q9NVE5 AC092143.4-201ENST00000570217 559 ntTSL 4 BASIC25.86■■□□□ 1.73
USP40Q9NVE5 LINC01901-201ENST00000585822 1115 ntTSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
USP40Q9NVE5 TRAPPC6A-205ENST00000592647 514 ntTSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
USP40Q9NVE5 IL15RA-220ENST00000620345 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
USP40Q9NVE5 POU5F1-209ENST00000638788 369 ntTSL 5 BASIC25.86■■□□□ 1.73
USP40Q9NVE5 HMBS-201ENST00000278715 1501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
USP40Q9NVE5 DUSP8P5-201ENST00000422884 1815 ntBASIC25.86■■□□□ 1.73
USP40Q9NVE5 ALKBH7-201ENST00000245812 1332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
USP40Q9NVE5 DACT2-203ENST00000607983 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
USP40Q9NVE5 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
USP40Q9NVE5 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
USP40Q9NVE5 DCXR-201ENST00000306869 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
USP40Q9NVE5 CROCCP5-201ENST00000436658 830 ntBASIC25.85■■□□□ 1.73
USP40Q9NVE5 OXCT2-201ENST00000327582 1826 ntAPPRIS P1 BASIC25.85■■□□□ 1.73
USP40Q9NVE5 FAHD1-201ENST00000382666 1964 ntTSL 2 BASIC25.85■■□□□ 1.73
USP40Q9NVE5 PACRGL-208ENST00000503585 1582 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.85■■□□□ 1.73
USP40Q9NVE5 MFSD7-209ENST00000515118 1556 ntTSL 5 BASIC25.85■■□□□ 1.73
USP40Q9NVE5 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
USP40Q9NVE5 HSD11B1L-217ENST00000581521 1884 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.85■■□□□ 1.73
USP40Q9NVE5 DBP-201ENST00000222122 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
USP40Q9NVE5 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
USP40Q9NVE5 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC25.84■■□□□ 1.73
USP40Q9NVE5 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
USP40Q9NVE5 CACNB1-201ENST00000344140 1889 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
USP40Q9NVE5 MAP2K4P1-201ENST00000438453 1195 ntBASIC25.84■■□□□ 1.73
USP40Q9NVE5 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
USP40Q9NVE5 C19orf67-203ENST00000548523 1427 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
USP40Q9NVE5 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
USP40Q9NVE5 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
USP40Q9NVE5 FMR1-AS1-202ENST00000596112 1845 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
USP40Q9NVE5 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
USP40Q9NVE5 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
USP40Q9NVE5 IGF2-AS-201ENST00000381361 2063 ntTSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.73
USP40Q9NVE5 XBP1-202ENST00000344347 1131 ntTSL 5 BASIC25.83■■□□□ 1.73
USP40Q9NVE5 HSPB2-201ENST00000304298 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
USP40Q9NVE5 TMEM44-211ENST00000473092 1508 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.72
USP40Q9NVE5 SYT6-209ENST00000610222 1707 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.83■■□□□ 1.72
USP40Q9NVE5 CACTIN-AS1-201ENST00000592274 1913 ntTSL 2 BASIC25.82■■□□□ 1.72
USP40Q9NVE5 MAP6D1-201ENST00000318631 2111 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
USP40Q9NVE5 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
USP40Q9NVE5 EPHA8-202ENST00000374644 1802 ntTSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.6 ms