Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE5

USP40, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 40, humanhuman

Predictions only

Length 1,235 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP40Q9NVE5 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
USP40Q9NVE5 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
USP40Q9NVE5 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
USP40Q9NVE5 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC26.02■■□□□ 1.76
USP40Q9NVE5 NRL-201ENST00000396995 810 ntTSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
USP40Q9NVE5 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
USP40Q9NVE5 CDCA4P2-201ENST00000441182 718 ntBASIC26.01■■□□□ 1.75
USP40Q9NVE5 YIF1A-205ENST00000471387 854 ntTSL 5 BASIC26.01■■□□□ 1.75
USP40Q9NVE5 CHTF8-210ENST00000523421 766 ntTSL 3 BASIC26.01■■□□□ 1.75
USP40Q9NVE5 GOLGA6L9-202ENST00000618348 1710 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.01■■□□□ 1.75
USP40Q9NVE5 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26■■□□□ 1.75
USP40Q9NVE5 MT1M-201ENST00000379818 829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
USP40Q9NVE5 VIM-AS1-202ENST00000605833 918 ntTSL 3 BASIC26■■□□□ 1.75
USP40Q9NVE5 AC073111.5-205ENST00000641717 521 ntBASIC26■■□□□ 1.75
USP40Q9NVE5 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26■■□□□ 1.75
USP40Q9NVE5 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
USP40Q9NVE5 ABHD12B-201ENST00000337334 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
USP40Q9NVE5 HOXA4-201ENST00000360046 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
USP40Q9NVE5 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
USP40Q9NVE5 GAS2L1P2-201ENST00000436355 1356 ntBASIC25.99■■□□□ 1.75
USP40Q9NVE5 HCFC1R1-201ENST00000248089 965 ntTSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
USP40Q9NVE5 HCFC1R1-207ENST00000574980 845 ntTSL 5 BASIC25.99■■□□□ 1.75
USP40Q9NVE5 RAP2CP1-201ENST00000605103 478 ntBASIC25.99■■□□□ 1.75
USP40Q9NVE5 HMCES-203ENST00000417226 1490 ntTSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
USP40Q9NVE5 UTS2R-201ENST00000313135 1357 ntAPPRIS P1 BASIC25.98■■□□□ 1.75
USP40Q9NVE5 SAXO1-201ENST00000380530 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.98■■□□□ 1.75
USP40Q9NVE5 RAP1B-202ENST00000341355 714 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.98■■□□□ 1.75
USP40Q9NVE5 AC093627.4-202ENST00000479592 591 ntTSL 4 BASIC25.98■■□□□ 1.75
USP40Q9NVE5 AL512625.3-202ENST00000591993 1091 ntTSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
USP40Q9NVE5 WDR86-201ENST00000334493 2023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.98■■□□□ 1.75
USP40Q9NVE5 VGLL2-201ENST00000326274 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
USP40Q9NVE5 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
USP40Q9NVE5 PICK1-202ENST00000404072 2164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.97■■□□□ 1.75
USP40Q9NVE5 MEIOB-202ENST00000397344 1792 ntTSL 5 BASIC25.97■■□□□ 1.75
USP40Q9NVE5 SDR39U1-208ENST00000554698 1364 ntTSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
USP40Q9NVE5 ORAI3-204ENST00000566237 1393 ntTSL 5 BASIC25.97■■□□□ 1.75
USP40Q9NVE5 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
USP40Q9NVE5 AC005224.4-201ENST00000583262 1652 ntBASIC25.97■■□□□ 1.75
USP40Q9NVE5 UHRF2-202ENST00000381373 802 ntTSL 3 BASIC25.97■■□□□ 1.75
USP40Q9NVE5 ABHD14A-202ENST00000458031 1113 ntTSL 5 BASIC25.97■■□□□ 1.75
USP40Q9NVE5 AP006621.1-202ENST00000528982 464 ntTSL 2 BASIC25.97■■□□□ 1.75
USP40Q9NVE5 TK2-208ENST00000545043 1120 ntTSL 2 BASIC25.97■■□□□ 1.75
USP40Q9NVE5 BID-214ENST00000617586 542 ntTSL 5 BASIC25.97■■□□□ 1.75
USP40Q9NVE5 WWOX-218ENST00000627394 894 ntTSL 5 BASIC25.97■■□□□ 1.75
USP40Q9NVE5 SLC35A2-211ENST00000634461 533 ntTSL 4 BASIC25.97■■□□□ 1.75
USP40Q9NVE5 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC25.97■■□□□ 1.75
USP40Q9NVE5 STAP2-206ENST00000600324 1508 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.97■■□□□ 1.75
USP40Q9NVE5 CCNE1-201ENST00000262643 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
USP40Q9NVE5 INPP1-201ENST00000322522 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
USP40Q9NVE5 VDAC1-203ENST00000395047 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
USP40Q9NVE5 AC233992.2-201ENST00000531225 1596 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.96■■□□□ 1.75
USP40Q9NVE5 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
USP40Q9NVE5 KLC3-204ENST00000585434 1764 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
USP40Q9NVE5 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.96■■□□□ 1.75
USP40Q9NVE5 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC25.96■■□□□ 1.75
USP40Q9NVE5 SERBP1-202ENST00000370990 1621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
USP40Q9NVE5 C7orf25-203ENST00000431882 1645 ntTSL 2 BASIC25.96■■□□□ 1.75
USP40Q9NVE5 GMPPA-201ENST00000313597 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
USP40Q9NVE5 CBR1-201ENST00000290349 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
USP40Q9NVE5 C19orf12-205ENST00000392278 895 ntTSL 2 BASIC25.95■■□□□ 1.74
USP40Q9NVE5 HLA-L-209ENST00000420110 1011 ntBASIC25.95■■□□□ 1.74
USP40Q9NVE5 TMEM41B-205ENST00000533723 723 ntTSL 2 BASIC25.95■■□□□ 1.74
USP40Q9NVE5 LINC02091-201ENST00000576171 1185 ntTSL 5 BASIC25.95■■□□□ 1.74
USP40Q9NVE5 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC25.95■■□□□ 1.74
USP40Q9NVE5 AC009237.3-201ENST00000393279 1427 ntBASIC25.95■■□□□ 1.74
USP40Q9NVE5 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
USP40Q9NVE5 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC25.94■■□□□ 1.74
USP40Q9NVE5 MAIP1-201ENST00000295079 1495 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.94■■□□□ 1.74
USP40Q9NVE5 SPINT2-201ENST00000301244 1802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
USP40Q9NVE5 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
USP40Q9NVE5 UTF1-201ENST00000304477 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
USP40Q9NVE5 PTRH1-201ENST00000335223 759 ntTSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
USP40Q9NVE5 ZNF292-204ENST00000392985 1096 ntTSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
USP40Q9NVE5 CCDC74B-205ENST00000409943 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
USP40Q9NVE5 AC093762.3-201ENST00000641918 318 ntAPPRIS P1 BASIC25.94■■□□□ 1.74
USP40Q9NVE5 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
USP40Q9NVE5 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
USP40Q9NVE5 FAM86JP-203ENST00000485843 2012 ntTSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
USP40Q9NVE5 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
USP40Q9NVE5 MTMR14-202ENST00000351233 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
USP40Q9NVE5 PXK-203ENST00000383715 1756 ntTSL 5 BASIC25.93■■□□□ 1.74
USP40Q9NVE5 IGSF21-201ENST00000251296 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
USP40Q9NVE5 C19orf24-201ENST00000409293 983 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.93■■□□□ 1.74
USP40Q9NVE5 ATPIF1-204ENST00000497986 599 ntTSL 2 BASIC25.93■■□□□ 1.74
USP40Q9NVE5 SEPT4-215ENST00000580809 952 ntTSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
USP40Q9NVE5 AP004608.1-201ENST00000531319 1402 ntTSL 2 BASIC25.93■■□□□ 1.74
USP40Q9NVE5 UCK2-201ENST00000367879 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
USP40Q9NVE5 FNTA-208ENST00000529687 1950 ntTSL 2 BASIC25.93■■□□□ 1.74
USP40Q9NVE5 CDC16-203ENST00000356221 2203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
USP40Q9NVE5 LIN7B-201ENST00000221459 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
USP40Q9NVE5 LARP6-202ENST00000344870 527 ntTSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
USP40Q9NVE5 AC026185.1-201ENST00000445748 174 ntBASIC25.92■■□□□ 1.74
USP40Q9NVE5 SPI1-203ENST00000533030 661 ntTSL 2 BASIC25.92■■□□□ 1.74
USP40Q9NVE5 Z97986.1-201ENST00000565879 476 ntTSL 5 BASIC25.92■■□□□ 1.74
USP40Q9NVE5 TMEM191B-201ENST00000612978 1220 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.92■■□□□ 1.74
USP40Q9NVE5 GXYLT1P5-201ENST00000614548 1189 ntBASIC25.92■■□□□ 1.74
USP40Q9NVE5 C3orf18-205ENST00000441239 1490 ntTSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
USP40Q9NVE5 LINC01960-201ENST00000563759 1884 ntBASIC25.91■■□□□ 1.74
USP40Q9NVE5 ANTXR2-202ENST00000346652 1343 ntTSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
USP40Q9NVE5 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.2 ms