Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE5

USP40, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 40, humanhuman

Predictions only

Length 1,235 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP40Q9NVE5 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.11■■□□□ 1.77
USP40Q9NVE5 ASL-203ENST00000380839 1765 ntTSL 5 BASIC26.11■■□□□ 1.77
USP40Q9NVE5 NEDD8-201ENST00000250495 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
USP40Q9NVE5 STX7-201ENST00000367937 1090 ntTSL 5 BASIC26.11■■□□□ 1.77
USP40Q9NVE5 AC016769.1-201ENST00000409132 1010 ntBASIC26.11■■□□□ 1.77
USP40Q9NVE5 AL590128.2-201ENST00000442889 415 ntTSL 3 BASIC26.11■■□□□ 1.77
USP40Q9NVE5 SEC11A-208ENST00000559729 1256 ntTSL 2 BASIC26.11■■□□□ 1.77
USP40Q9NVE5 AP003071.3-201ENST00000562506 366 ntTSL 3 BASIC26.11■■□□□ 1.77
USP40Q9NVE5 RNASEH2B-206ENST00000611510 1257 ntTSL 5 BASIC26.11■■□□□ 1.77
USP40Q9NVE5 DIXDC1-205ENST00000529225 1945 ntTSL 5 BASIC26.11■■□□□ 1.77
USP40Q9NVE5 ILKAP-211ENST00000612675 1335 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
USP40Q9NVE5 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
USP40Q9NVE5 GATA1-202ENST00000376670 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
USP40Q9NVE5 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
USP40Q9NVE5 BCKDHB-203ENST00000369760 743 ntTSL 3 BASIC26.1■■□□□ 1.77
USP40Q9NVE5 SMIM12-202ENST00000423898 897 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
USP40Q9NVE5 AP001363.2-201ENST00000538101 391 ntTSL 3 BASIC26.1■■□□□ 1.77
USP40Q9NVE5 DBI-210ENST00000542275 757 ntTSL 5 BASIC26.1■■□□□ 1.77
USP40Q9NVE5 AC092368.3-201ENST00000562549 1107 ntTSL 5 BASIC26.1■■□□□ 1.77
USP40Q9NVE5 AC080038.1-201ENST00000611274 1154 ntBASIC26.1■■□□□ 1.77
USP40Q9NVE5 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
USP40Q9NVE5 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
USP40Q9NVE5 AC138649.1-201ENST00000619611 1449 ntTSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
USP40Q9NVE5 STYXL1-204ENST00000360591 1127 ntTSL 5 BASIC26.09■■□□□ 1.77
USP40Q9NVE5 LRRC3C-201ENST00000377924 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.09■■□□□ 1.77
USP40Q9NVE5 FAM66D-201ENST00000434078 918 ntTSL 5 BASIC26.09■■□□□ 1.77
USP40Q9NVE5 HNF4A-205ENST00000443598 1603 ntTSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
USP40Q9NVE5 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
USP40Q9NVE5 MRPL38-201ENST00000309352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
USP40Q9NVE5 RAD21L1-202ENST00000402452 1707 ntTSL 5 BASIC26.08■■□□□ 1.77
USP40Q9NVE5 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
USP40Q9NVE5 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC26.08■■□□□ 1.77
USP40Q9NVE5 RASGRP2-209ENST00000394429 453 ntTSL 3 BASIC26.08■■□□□ 1.77
USP40Q9NVE5 AC127029.2-201ENST00000577329 502 ntTSL 3 BASIC26.08■■□□□ 1.77
USP40Q9NVE5 RPS15-210ENST00000592623 873 ntTSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
USP40Q9NVE5 CERS4-205ENST00000558331 1803 ntTSL 5 BASIC26.08■■□□□ 1.77
USP40Q9NVE5 MPND-202ENST00000359935 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.08■■□□□ 1.77
USP40Q9NVE5 TMCC2-209ENST00000637895 1455 ntTSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
USP40Q9NVE5 FOSL1-201ENST00000312562 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
USP40Q9NVE5 SPRED3-202ENST00000586301 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.07■■□□□ 1.76
USP40Q9NVE5 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
USP40Q9NVE5 DONSON-204ENST00000432378 1618 ntTSL 5 BASIC26.07■■□□□ 1.76
USP40Q9NVE5 TMEM41B-207ENST00000611268 1440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
USP40Q9NVE5 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC26.07■■□□□ 1.76
USP40Q9NVE5 TAF9-201ENST00000217893 1283 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
USP40Q9NVE5 PLAC9-202ENST00000372267 472 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.07■■□□□ 1.76
USP40Q9NVE5 ID1-201ENST00000376105 1233 ntBASIC26.07■■□□□ 1.76
USP40Q9NVE5 AL021707.1-201ENST00000416406 500 ntTSL 3 BASIC26.07■■□□□ 1.76
USP40Q9NVE5 IDH2-203ENST00000559482 1278 ntTSL 5 BASIC26.07■■□□□ 1.76
USP40Q9NVE5 HSD17B14-204ENST00000599157 991 ntTSL 3 BASIC26.07■■□□□ 1.76
USP40Q9NVE5 ZPBP2-201ENST00000348931 1543 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
USP40Q9NVE5 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
USP40Q9NVE5 NOXA1-202ENST00000392815 1464 ntTSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
USP40Q9NVE5 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
USP40Q9NVE5 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.06■■□□□ 1.76
USP40Q9NVE5 AC090377.1-201ENST00000585691 1762 ntTSL 3 BASIC26.06■■□□□ 1.76
USP40Q9NVE5 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC26.06■■□□□ 1.76
USP40Q9NVE5 VSX1-201ENST00000376707 943 ntTSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
USP40Q9NVE5 HSCB-202ENST00000398941 955 ntTSL 2 BASIC26.06■■□□□ 1.76
USP40Q9NVE5 VSX1-206ENST00000444511 1197 ntTSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
USP40Q9NVE5 EXD3-208ENST00000479452 962 ntTSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
USP40Q9NVE5 AP002748.1-201ENST00000504911 580 ntTSL 3 BASIC26.06■■□□□ 1.76
USP40Q9NVE5 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
USP40Q9NVE5 CNTD2-202ENST00000430325 1817 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.06■■□□□ 1.76
USP40Q9NVE5 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC26.06■■□□□ 1.76
USP40Q9NVE5 CERKL-204ENST00000374970 1392 ntTSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
USP40Q9NVE5 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
USP40Q9NVE5 AC092068.2-201ENST00000590491 1708 ntBASIC26.05■■□□□ 1.76
USP40Q9NVE5 ADAP2-204ENST00000580525 1598 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
USP40Q9NVE5 IZUMO4-203ENST00000395307 944 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
USP40Q9NVE5 GNAO1-211ENST00000570235 568 ntTSL 2 BASIC26.05■■□□□ 1.76
USP40Q9NVE5 ANAPC11-219ENST00000583839 499 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.05■■□□□ 1.76
USP40Q9NVE5 CPT2-209ENST00000636935 803 ntTSL 5 BASIC26.05■■□□□ 1.76
USP40Q9NVE5 BASP1-203ENST00000616743 1711 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.05■■□□□ 1.76
USP40Q9NVE5 CACNB1-203ENST00000394310 1753 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
USP40Q9NVE5 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
USP40Q9NVE5 DECR2-201ENST00000219481 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
USP40Q9NVE5 LTC4S-202ENST00000401985 486 ntTSL 3 BASIC26.04■■□□□ 1.76
USP40Q9NVE5 FAXDC2-211ENST00000520968 558 ntTSL 4 BASIC26.04■■□□□ 1.76
USP40Q9NVE5 TNFRSF10B-202ENST00000347739 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
USP40Q9NVE5 PITX1-205ENST00000506438 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
USP40Q9NVE5 ZDHHC7-203ENST00000564466 1488 ntTSL 5 BASIC26.04■■□□□ 1.76
USP40Q9NVE5 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
USP40Q9NVE5 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
USP40Q9NVE5 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
USP40Q9NVE5 TNFRSF18-203ENST00000379268 1179 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
USP40Q9NVE5 KRT19P1-201ENST00000405746 1186 ntBASIC26.03■■□□□ 1.76
USP40Q9NVE5 AC079140.4-201ENST00000507448 529 ntBASIC26.03■■□□□ 1.76
USP40Q9NVE5 TESC-206ENST00000541210 936 ntTSL 3 BASIC26.03■■□□□ 1.76
USP40Q9NVE5 AL355102.2-201ENST00000553811 600 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
USP40Q9NVE5 TRAPPC2L-213ENST00000567895 854 ntTSL 3 BASIC26.03■■□□□ 1.76
USP40Q9NVE5 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC26.03■■□□□ 1.76
USP40Q9NVE5 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
USP40Q9NVE5 EEF1D-256ENST00000618139 2238 ntTSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
USP40Q9NVE5 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
USP40Q9NVE5 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
USP40Q9NVE5 DDN-AS1-202ENST00000547866 2114 ntTSL 3 BASIC26.02■■□□□ 1.76
USP40Q9NVE5 EMC7-201ENST00000256545 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
USP40Q9NVE5 TMEM54-202ENST00000373463 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
USP40Q9NVE5 ZFAND6-224ENST00000618205 1659 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 8.4 ms