Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE5

USP40, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 40, humanhuman

Predictions only

Length 1,235 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP40Q9NVE5 SMUG1-215ENST00000508394 1697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.23■■□□□ 1.79
USP40Q9NVE5 VGLL4-208ENST00000424529 1025 ntTSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
USP40Q9NVE5 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
USP40Q9NVE5 AC073343.2-201ENST00000413182 548 ntTSL 4 BASIC26.22■■□□□ 1.79
USP40Q9NVE5 ARHGAP24-206ENST00000503995 1273 ntTSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
USP40Q9NVE5 AC012414.4-201ENST00000560839 1074 ntTSL 5 BASIC26.22■■□□□ 1.79
USP40Q9NVE5 GABARAPL2-205ENST00000568455 646 ntTSL 3 BASIC26.22■■□□□ 1.79
USP40Q9NVE5 VPS53-216ENST00000574029 585 ntTSL 4 BASIC26.22■■□□□ 1.79
USP40Q9NVE5 AC060814.5-201ENST00000630916 1074 ntTSL 2 BASIC26.22■■□□□ 1.79
USP40Q9NVE5 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC26.22■■□□□ 1.79
USP40Q9NVE5 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC26.21■■□□□ 1.79
USP40Q9NVE5 ASPSCR1-208ENST00000580534 1776 ntTSL 2 BASIC26.21■■□□□ 1.79
USP40Q9NVE5 ZNF511-202ENST00000361518 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
USP40Q9NVE5 TMEM121-201ENST00000392519 1532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
USP40Q9NVE5 FNDC3B-204ENST00000421757 946 ntTSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
USP40Q9NVE5 TUSC3-209ENST00000509380 1266 ntTSL 5 BASIC26.21■■□□□ 1.79
USP40Q9NVE5 TRIM2-212ENST00000632856 656 ntTSL 3 BASIC26.21■■□□□ 1.79
USP40Q9NVE5 STX4-201ENST00000313843 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
USP40Q9NVE5 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
USP40Q9NVE5 USP45-205ENST00000472914 1617 ntTSL 5 BASIC26.21■■□□□ 1.79
USP40Q9NVE5 GLT8D2-205ENST00000548660 1835 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.21■■□□□ 1.79
USP40Q9NVE5 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
USP40Q9NVE5 UQCR11-203ENST00000591899 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.79
USP40Q9NVE5 ACYP2-201ENST00000303536 789 ntTSL 2 BASIC26.2■■□□□ 1.78
USP40Q9NVE5 UBE2D3-201ENST00000321805 1087 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.2■■□□□ 1.78
USP40Q9NVE5 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
USP40Q9NVE5 OXCT2P1-201ENST00000447263 1535 ntBASIC26.19■■□□□ 1.78
USP40Q9NVE5 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC26.19■■□□□ 1.78
USP40Q9NVE5 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
USP40Q9NVE5 GPR161-203ENST00000367836 1983 ntTSL 2 BASIC26.19■■□□□ 1.78
USP40Q9NVE5 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.19■■□□□ 1.78
USP40Q9NVE5 SOCS1-201ENST00000332029 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
USP40Q9NVE5 TESC-201ENST00000335209 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
USP40Q9NVE5 AC140479.5-201ENST00000568189 735 ntTSL 3 BASIC26.19■■□□□ 1.78
USP40Q9NVE5 GALNS-213ENST00000569433 723 ntTSL 3 BASIC26.19■■□□□ 1.78
USP40Q9NVE5 IMPDH1-210ENST00000480861 1765 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.19■■□□□ 1.78
USP40Q9NVE5 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
USP40Q9NVE5 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC26.19■■□□□ 1.78
USP40Q9NVE5 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
USP40Q9NVE5 PLEKHJ1-206ENST00000587962 1311 ntTSL 2 BASIC26.18■■□□□ 1.78
USP40Q9NVE5 COX20-201ENST00000366528 568 ntTSL 2 BASIC26.18■■□□□ 1.78
USP40Q9NVE5 DENND2D-202ENST00000369752 1894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.18■■□□□ 1.78
USP40Q9NVE5 FGF12-AS2-201ENST00000443165 580 ntTSL 4 BASIC26.18■■□□□ 1.78
USP40Q9NVE5 CASP9-203ENST00000375890 1351 ntTSL 2 BASIC26.18■■□□□ 1.78
USP40Q9NVE5 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
USP40Q9NVE5 TUBG1-201ENST00000251413 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
USP40Q9NVE5 AP004607.4-201ENST00000530158 1459 ntBASIC26.17■■□□□ 1.78
USP40Q9NVE5 PIKFYVE-203ENST00000392202 2039 ntTSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
USP40Q9NVE5 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC26.17■■□□□ 1.78
USP40Q9NVE5 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
USP40Q9NVE5 CCR10-203ENST00000591765 1942 ntTSL 3 BASIC26.17■■□□□ 1.78
USP40Q9NVE5 RBM42-203ENST00000588161 1609 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
USP40Q9NVE5 PRR7-201ENST00000323249 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
USP40Q9NVE5 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
USP40Q9NVE5 EPCAM-202ENST00000405271 1530 ntTSL 5 BASIC26.16■■□□□ 1.78
USP40Q9NVE5 KRTAP17-1-201ENST00000334202 779 ntAPPRIS P1 BASIC26.16■■□□□ 1.78
USP40Q9NVE5 ADAMTS13-204ENST00000371911 1155 ntTSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
USP40Q9NVE5 CTAG1A-201ENST00000593606 993 ntTSL 5 BASIC26.16■■□□□ 1.78
USP40Q9NVE5 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
USP40Q9NVE5 PPP1R12B-202ENST00000356764 1687 ntTSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
USP40Q9NVE5 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
USP40Q9NVE5 AC004854.2-201ENST00000608450 1441 ntBASIC26.15■■□□□ 1.78
USP40Q9NVE5 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
USP40Q9NVE5 RAMP2-201ENST00000253796 780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
USP40Q9NVE5 AC099681.3-201ENST00000421500 939 ntTSL 4 BASIC26.15■■□□□ 1.78
USP40Q9NVE5 AC092468.1-201ENST00000491321 562 ntTSL 4 BASIC26.15■■□□□ 1.78
USP40Q9NVE5 RPS6-203ENST00000380384 1355 ntTSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
USP40Q9NVE5 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC26.15■■□□□ 1.78
USP40Q9NVE5 DUSP8P3-201ENST00000399571 1760 ntBASIC26.15■■□□□ 1.78
USP40Q9NVE5 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
USP40Q9NVE5 RASSF5-202ENST00000579436 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
USP40Q9NVE5 ST3GAL4-202ENST00000356132 1745 ntTSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.78
USP40Q9NVE5 ANOS2P-203ENST00000472227 1816 ntBASIC26.14■■□□□ 1.78
USP40Q9NVE5 SLC19A1-212ENST00000567670 2029 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
USP40Q9NVE5 JSRP1-201ENST00000300961 1138 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.14■■□□□ 1.78
USP40Q9NVE5 C16orf86-201ENST00000403458 1267 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
USP40Q9NVE5 AL032819.3-201ENST00000640283 925 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.78
USP40Q9NVE5 PDLIM3-203ENST00000284771 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
USP40Q9NVE5 DENND1B-204ENST00000367396 2177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
USP40Q9NVE5 LACTBL1-201ENST00000426928 1641 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.77
USP40Q9NVE5 RASL12-202ENST00000421977 1523 ntTSL 2 BASIC26.14■■□□□ 1.77
USP40Q9NVE5 EN1-201ENST00000295206 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.13■■□□□ 1.77
USP40Q9NVE5 IGFBP1-201ENST00000275525 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
USP40Q9NVE5 UCHL1-201ENST00000284440 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
USP40Q9NVE5 OLFM1-206ENST00000371799 961 ntTSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
USP40Q9NVE5 AC006015.1-201ENST00000429970 570 ntBASIC26.13■■□□□ 1.77
USP40Q9NVE5 UCHL1-210ENST00000512788 785 ntTSL 3 BASIC26.13■■□□□ 1.77
USP40Q9NVE5 AC137761.2-201ENST00000561729 223 ntBASIC26.13■■□□□ 1.77
USP40Q9NVE5 AC145350.3-201ENST00000569033 163 ntBASIC26.13■■□□□ 1.77
USP40Q9NVE5 B3GALNT2-202ENST00000366600 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
USP40Q9NVE5 RAB24-202ENST00000303270 1385 ntTSL 2 BASIC26.12■■□□□ 1.77
USP40Q9NVE5 COX4I1-216ENST00000568794 794 ntTSL 5 BASIC26.12■■□□□ 1.77
USP40Q9NVE5 TMEM230-210ENST00000612323 1231 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
USP40Q9NVE5 MBNL3-202ENST00000370844 1643 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
USP40Q9NVE5 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
USP40Q9NVE5 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC26.12■■□□□ 1.77
USP40Q9NVE5 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
USP40Q9NVE5 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
USP40Q9NVE5 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC26.11■■□□□ 1.77
USP40Q9NVE5 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 55 ms