Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE5

USP40, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 40, humanhuman

Predictions only

Length 1,235 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP40Q9NVE5 AC068587.7-201ENST00000641602 218 ntBASIC26.33■■□□□ 1.81
USP40Q9NVE5 DTNB-206ENST00000404103 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.33■■□□□ 1.81
USP40Q9NVE5 ANKRD11-217ENST00000613312 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.33■■□□□ 1.8
USP40Q9NVE5 MIR222HG-201ENST00000602461 1379 ntTSL 5 BASIC26.33■■□□□ 1.8
USP40Q9NVE5 ENTPD5-206ENST00000556242 1437 ntTSL 5 BASIC26.32■■□□□ 1.8
USP40Q9NVE5 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.32■■□□□ 1.8
USP40Q9NVE5 PREB-202ENST00000406567 1910 ntTSL 5 BASIC26.32■■□□□ 1.8
USP40Q9NVE5 CKMT1B-207ENST00000441322 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
USP40Q9NVE5 PHLDA3-201ENST00000367309 896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.32■■□□□ 1.8
USP40Q9NVE5 ORMDL1-202ENST00000392349 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
USP40Q9NVE5 C17orf49-202ENST00000546495 996 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.32■■□□□ 1.8
USP40Q9NVE5 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
USP40Q9NVE5 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.32■■□□□ 1.8
USP40Q9NVE5 MIS18A-201ENST00000290130 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
USP40Q9NVE5 CORO1A-201ENST00000219150 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
USP40Q9NVE5 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.32■■□□□ 1.8
USP40Q9NVE5 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
USP40Q9NVE5 ARRDC1-AS1-201ENST00000371417 1409 ntTSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
USP40Q9NVE5 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.31■■□□□ 1.8
USP40Q9NVE5 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
USP40Q9NVE5 AC096677.1-201ENST00000454651 1516 ntTSL 2 BASIC26.31■■□□□ 1.8
USP40Q9NVE5 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
USP40Q9NVE5 GZMM-201ENST00000264553 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
USP40Q9NVE5 DISC1-224ENST00000639374 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
USP40Q9NVE5 UBE3C-209ENST00000611269 1866 ntTSL 2 BASIC26.31■■□□□ 1.8
USP40Q9NVE5 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
USP40Q9NVE5 FAM120B-204ENST00000625626 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.3■■□□□ 1.8
USP40Q9NVE5 PHPT1-201ENST00000247665 890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
USP40Q9NVE5 C1QL1-201ENST00000253407 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
USP40Q9NVE5 NXT1-201ENST00000254998 1123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
USP40Q9NVE5 PPCS-202ENST00000372560 793 ntTSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
USP40Q9NVE5 NUDT14-202ENST00000392568 845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
USP40Q9NVE5 SDHAP3-201ENST00000436493 736 ntTSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
USP40Q9NVE5 TPRG1LP1-201ENST00000598702 760 ntBASIC26.3■■□□□ 1.8
USP40Q9NVE5 ZNRF1-201ENST00000320619 2479 ntTSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
USP40Q9NVE5 GPR35-204ENST00000430267 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.3■■□□□ 1.8
USP40Q9NVE5 AC009506.1-201ENST00000418474 1494 ntTSL 2 BASIC26.3■■□□□ 1.8
USP40Q9NVE5 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
USP40Q9NVE5 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
USP40Q9NVE5 AZIN2-204ENST00000373443 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
USP40Q9NVE5 HTATIP2-204ENST00000451739 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
USP40Q9NVE5 PTP4A3-204ENST00000521578 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.29■■□□□ 1.8
USP40Q9NVE5 PGAP3-204ENST00000429199 970 ntTSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
USP40Q9NVE5 DLX3-202ENST00000512495 834 ntTSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
USP40Q9NVE5 ZNF696-205ENST00000521537 705 ntTSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
USP40Q9NVE5 AC011825.4-201ENST00000582233 473 ntTSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
USP40Q9NVE5 CIRBP-222ENST00000589235 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
USP40Q9NVE5 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.29■■□□□ 1.8
USP40Q9NVE5 SEC22C-207ENST00000423701 1458 ntTSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
USP40Q9NVE5 ZNF419-203ENST00000354197 1569 ntTSL 5 BASIC26.29■■□□□ 1.8
USP40Q9NVE5 NFKBIB-201ENST00000313582 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
USP40Q9NVE5 URAD-201ENST00000332715 931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.28■■□□□ 1.8
USP40Q9NVE5 AC062017.1-203ENST00000413029 455 ntTSL 2 BASIC26.28■■□□□ 1.8
USP40Q9NVE5 AC010141.3-201ENST00000456659 717 ntBASIC26.28■■□□□ 1.8
USP40Q9NVE5 AL137779.2-201ENST00000554859 448 ntTSL 2 BASIC26.28■■□□□ 1.8
USP40Q9NVE5 MME-202ENST00000382989 1319 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
USP40Q9NVE5 AC135048.1-201ENST00000566056 1318 ntTSL 2 BASIC26.28■■□□□ 1.8
USP40Q9NVE5 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
USP40Q9NVE5 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.28■■□□□ 1.8
USP40Q9NVE5 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
USP40Q9NVE5 MLNR-201ENST00000218721 1239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
USP40Q9NVE5 AC007773.1-201ENST00000592680 972 ntTSL 2 BASIC26.27■■□□□ 1.8
USP40Q9NVE5 AC243773.2-201ENST00000616341 490 ntTSL 2 BASIC26.27■■□□□ 1.8
USP40Q9NVE5 TMEM182-210ENST00000639249 1025 ntTSL 5 BASIC26.27■■□□□ 1.8
USP40Q9NVE5 MPST-205ENST00000404802 1453 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.27■■□□□ 1.8
USP40Q9NVE5 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
USP40Q9NVE5 SLC35B2-201ENST00000393810 1898 ntTSL 2 BASIC26.26■■□□□ 1.79
USP40Q9NVE5 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
USP40Q9NVE5 MAP2K5-204ENST00000395476 1689 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
USP40Q9NVE5 BX005040.4-201ENST00000637145 1518 ntBASIC26.26■■□□□ 1.79
USP40Q9NVE5 PPA1-202ENST00000373232 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
USP40Q9NVE5 KRT18P61-201ENST00000585825 1298 ntBASIC26.26■■□□□ 1.79
USP40Q9NVE5 AC011511.3-201ENST00000587088 355 ntTSL 2 BASIC26.26■■□□□ 1.79
USP40Q9NVE5 AC087239.1-201ENST00000622671 572 ntBASIC26.26■■□□□ 1.79
USP40Q9NVE5 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
USP40Q9NVE5 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
USP40Q9NVE5 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
USP40Q9NVE5 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
USP40Q9NVE5 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
USP40Q9NVE5 PCSK1N-201ENST00000218230 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
USP40Q9NVE5 ME3-201ENST00000323418 1068 ntTSL 5 BASIC26.25■■□□□ 1.79
USP40Q9NVE5 AIDA-202ENST00000355727 1072 ntTSL 5 BASIC26.25■■□□□ 1.79
USP40Q9NVE5 CAMKMT-202ENST00000402247 665 ntTSL 2 BASIC26.25■■□□□ 1.79
USP40Q9NVE5 NDUFB2-207ENST00000465506 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
USP40Q9NVE5 SMUG1P1-201ENST00000590640 811 ntBASIC26.25■■□□□ 1.79
USP40Q9NVE5 AC012313.1-203ENST00000597980 570 ntTSL 4 BASIC26.25■■□□□ 1.79
USP40Q9NVE5 AP001160.5-201ENST00000636508 485 ntAPPRIS P1 BASIC26.25■■□□□ 1.79
USP40Q9NVE5 RAB28-208ENST00000630951 1679 ntTSL 5 BASIC26.25■■□□□ 1.79
USP40Q9NVE5 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
USP40Q9NVE5 IL15RA-204ENST00000379977 1626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
USP40Q9NVE5 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
USP40Q9NVE5 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC26.24■■□□□ 1.79
USP40Q9NVE5 CYHR1-201ENST00000306145 1409 ntTSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
USP40Q9NVE5 MPRIP-203ENST00000395806 527 ntTSL 3 BASIC26.24■■□□□ 1.79
USP40Q9NVE5 IDNK-204ENST00000454393 1210 ntTSL 3 BASIC26.24■■□□□ 1.79
USP40Q9NVE5 AC068385.1-201ENST00000533218 409 ntTSL 3 BASIC26.24■■□□□ 1.79
USP40Q9NVE5 RNF114-202ENST00000622920 1284 ntTSL 5 BASIC26.24■■□□□ 1.79
USP40Q9NVE5 HSF1-201ENST00000400780 2105 ntTSL 5 BASIC26.24■■□□□ 1.79
USP40Q9NVE5 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
USP40Q9NVE5 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC26.23■■□□□ 1.79
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 55.5 ms