Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE5

USP40, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 40, humanhuman

Predictions only

Length 1,235 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP40Q9NVE5 RNF208-202ENST00000392827 1135 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.43■■□□□ 1.82
USP40Q9NVE5 POLR2F-203ENST00000407936 582 ntTSL 3 BASIC26.43■■□□□ 1.82
USP40Q9NVE5 ATE1-AS1-201ENST00000437593 951 ntTSL 2 BASIC26.43■■□□□ 1.82
USP40Q9NVE5 POLR2F-207ENST00000460648 518 ntTSL 4 BASIC26.43■■□□□ 1.82
USP40Q9NVE5 AC061979.1-201ENST00000532061 434 ntTSL 5 BASIC26.43■■□□□ 1.82
USP40Q9NVE5 IMPA2-212ENST00000625802 500 ntTSL 2 BASIC26.43■■□□□ 1.82
USP40Q9NVE5 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
USP40Q9NVE5 H1FX-201ENST00000333762 1507 ntAPPRIS P1 BASIC26.43■■□□□ 1.82
USP40Q9NVE5 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
USP40Q9NVE5 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
USP40Q9NVE5 FLOT1-201ENST00000376389 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
USP40Q9NVE5 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
USP40Q9NVE5 AC084116.4-201ENST00000524320 484 ntTSL 2 BASIC26.42■■□□□ 1.82
USP40Q9NVE5 LINC02136-201ENST00000567469 530 ntTSL 4 BASIC26.42■■□□□ 1.82
USP40Q9NVE5 PDCD5-204ENST00000586035 601 ntTSL 3 BASIC26.42■■□□□ 1.82
USP40Q9NVE5 ELANE-202ENST00000590230 1028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.42■■□□□ 1.82
USP40Q9NVE5 RARRES2P11-201ENST00000635158 484 ntBASIC26.42■■□□□ 1.82
USP40Q9NVE5 UBA5-208ENST00000473651 1513 ntTSL 5 BASIC26.42■■□□□ 1.82
USP40Q9NVE5 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
USP40Q9NVE5 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
USP40Q9NVE5 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
USP40Q9NVE5 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
USP40Q9NVE5 CFP-202ENST00000377005 1435 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
USP40Q9NVE5 FAM185A-201ENST00000409231 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.41■■□□□ 1.82
USP40Q9NVE5 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
USP40Q9NVE5 HSD17B14-201ENST00000263278 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
USP40Q9NVE5 POLR3GL-201ENST00000369313 818 ntTSL 2 BASIC26.41■■□□□ 1.82
USP40Q9NVE5 GXYLT1P2-201ENST00000433312 1230 ntBASIC26.41■■□□□ 1.82
USP40Q9NVE5 AC080013.1-202ENST00000465477 674 ntTSL 5 BASIC26.41■■□□□ 1.82
USP40Q9NVE5 ACYP1-205ENST00000555463 789 ntTSL 2 BASIC26.41■■□□□ 1.82
USP40Q9NVE5 FIZ1-205ENST00000592585 489 ntTSL 5 BASIC26.41■■□□□ 1.82
USP40Q9NVE5 AC096541.1-201ENST00000445070 1807 ntTSL 2 BASIC26.41■■□□□ 1.82
USP40Q9NVE5 H19-210ENST00000439725 1929 ntTSL 2 BASIC26.41■■□□□ 1.82
USP40Q9NVE5 GSR-204ENST00000537535 1323 ntTSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
USP40Q9NVE5 MRPS2-202ENST00000371785 1640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.4■■□□□ 1.82
USP40Q9NVE5 TPSG1-201ENST00000234798 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
USP40Q9NVE5 NDUFS3-201ENST00000263774 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
USP40Q9NVE5 ZNF302-209ENST00000507959 854 ntTSL 2 BASIC26.4■■□□□ 1.82
USP40Q9NVE5 AC090192.1-201ENST00000517740 490 ntBASIC26.4■■□□□ 1.82
USP40Q9NVE5 SUZ12P1-202ENST00000578070 929 ntTSL 5 BASIC26.4■■□□□ 1.82
USP40Q9NVE5 AC024267.6-201ENST00000580603 583 ntTSL 3 BASIC26.4■■□□□ 1.82
USP40Q9NVE5 TMEM230-205ENST00000379279 1636 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.39■■□□□ 1.82
USP40Q9NVE5 ITM2C-203ENST00000335005 1889 ntTSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
USP40Q9NVE5 PLEKHF1-204ENST00000592810 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
USP40Q9NVE5 HIST2H2AC-201ENST00000331380 390 ntAPPRIS P1 BASIC26.39■■□□□ 1.82
USP40Q9NVE5 UBE2J2-203ENST00000360466 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.39■■□□□ 1.82
USP40Q9NVE5 RASGRP2-203ENST00000377486 667 ntTSL 3 BASIC26.39■■□□□ 1.82
USP40Q9NVE5 BRD2-214ENST00000496118 735 ntTSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
USP40Q9NVE5 LGI4-206ENST00000591633 1113 ntTSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
USP40Q9NVE5 SLC25A39-201ENST00000225308 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.81
USP40Q9NVE5 ASCC1-204ENST00000394915 1510 ntTSL 5 BASIC26.39■■□□□ 1.81
USP40Q9NVE5 EIF3J-202ENST00000424492 1550 ntTSL 4 BASIC26.38■■□□□ 1.81
USP40Q9NVE5 EDA-209ENST00000525810 843 ntTSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
USP40Q9NVE5 SLC35A3-213ENST00000638988 1286 ntTSL 5 BASIC26.38■■□□□ 1.81
USP40Q9NVE5 TNFRSF11A-207ENST00000639222 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.38■■□□□ 1.81
USP40Q9NVE5 GLI4-201ENST00000340042 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
USP40Q9NVE5 TNFRSF18-202ENST00000379265 705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
USP40Q9NVE5 PRELID2-204ENST00000505416 738 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC26.37■■□□□ 1.81
USP40Q9NVE5 EI24-211ENST00000534546 1544 ntTSL 2 BASIC26.37■■□□□ 1.81
USP40Q9NVE5 XPA-201ENST00000375128 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
USP40Q9NVE5 RASD1-202ENST00000579152 1404 ntTSL 2 BASIC26.37■■□□□ 1.81
USP40Q9NVE5 CTU2-201ENST00000312060 1672 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.37■■□□□ 1.81
USP40Q9NVE5 TALDO1-201ENST00000319006 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
USP40Q9NVE5 BX088645.1-201ENST00000636699 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.36■■□□□ 1.81
USP40Q9NVE5 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC26.36■■□□□ 1.81
USP40Q9NVE5 CCDC157-202ENST00000399824 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
USP40Q9NVE5 MFF-208ENST00000409616 1247 ntTSL 5 BASIC26.36■■□□□ 1.81
USP40Q9NVE5 AC004911.1-201ENST00000416316 871 ntBASIC26.36■■□□□ 1.81
USP40Q9NVE5 AC145207.2-202ENST00000576554 565 ntTSL 5 BASIC26.36■■□□□ 1.81
USP40Q9NVE5 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
USP40Q9NVE5 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
USP40Q9NVE5 B4GAT1-201ENST00000311181 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
USP40Q9NVE5 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
USP40Q9NVE5 UCN-201ENST00000296099 795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
USP40Q9NVE5 IL15RA-201ENST00000379971 588 ntTSL 3 BASIC26.35■■□□□ 1.81
USP40Q9NVE5 PYCR3-203ENST00000433751 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.35■■□□□ 1.81
USP40Q9NVE5 AC004528.2-201ENST00000610701 440 ntTSL 5 BASIC26.35■■□□□ 1.81
USP40Q9NVE5 SPON2-222ENST00000617421 2156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.35■■□□□ 1.81
USP40Q9NVE5 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC26.35■■□□□ 1.81
USP40Q9NVE5 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
USP40Q9NVE5 SPOCK3-222ENST00000512681 1457 ntTSL 2 BASIC26.35■■□□□ 1.81
USP40Q9NVE5 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
USP40Q9NVE5 CD47-202ENST00000361309 1285 ntTSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
USP40Q9NVE5 ASMT-202ENST00000381233 989 ntTSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
USP40Q9NVE5 TMEM218-207ENST00000528724 1117 ntTSL 5 BASIC26.34■■□□□ 1.81
USP40Q9NVE5 TMEM218-214ENST00000532156 954 ntTSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
USP40Q9NVE5 AL391650.1-201ENST00000448923 1468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.34■■□□□ 1.81
USP40Q9NVE5 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.34■■□□□ 1.81
USP40Q9NVE5 JAGN1-201ENST00000307768 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
USP40Q9NVE5 WT1-AS-205ENST00000494911 1320 ntTSL 4 BASIC26.34■■□□□ 1.81
USP40Q9NVE5 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
USP40Q9NVE5 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.33■■□□□ 1.81
USP40Q9NVE5 LINC00969-219ENST00000453324 1439 ntTSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
USP40Q9NVE5 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
USP40Q9NVE5 RPIA-201ENST00000283646 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
USP40Q9NVE5 TCTEX1D4-201ENST00000339355 763 ntAPPRIS P1 BASIC26.33■■□□□ 1.81
USP40Q9NVE5 AC092675.2-201ENST00000413274 541 ntTSL 4 BASIC26.33■■□□□ 1.81
USP40Q9NVE5 MELTF-AS1-202ENST00000415244 951 ntTSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
USP40Q9NVE5 GRPEL2-202ENST00000416916 1006 ntTSL 2 BASIC26.33■■□□□ 1.81
USP40Q9NVE5 ASRGL1-210ENST00000534571 639 ntTSL 2 BASIC26.33■■□□□ 1.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.1 ms