Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE5

USP40, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 40, humanhuman

Predictions only

Length 1,235 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP40Q9NVE5 CYB561D2-205ENST00000425346 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
USP40Q9NVE5 SPI1-202ENST00000378538 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
USP40Q9NVE5 AL591684.2-201ENST00000605970 1594 ntTSL 5 BASIC26.53■■□□□ 1.84
USP40Q9NVE5 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC26.53■■□□□ 1.84
USP40Q9NVE5 NDUFAF1-201ENST00000260361 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
USP40Q9NVE5 STK19-202ENST00000375333 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
USP40Q9NVE5 CDKN2AIPNL-201ENST00000395009 800 ntTSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
USP40Q9NVE5 KRTAP5-2-201ENST00000412090 1118 ntAPPRIS P1 BASIC26.52■■□□□ 1.84
USP40Q9NVE5 ZC3H14-219ENST00000556945 2075 ntTSL 5 BASIC26.52■■□□□ 1.84
USP40Q9NVE5 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
USP40Q9NVE5 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
USP40Q9NVE5 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
USP40Q9NVE5 BBC3-202ENST00000341983 1538 ntTSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
USP40Q9NVE5 GP9-201ENST00000307395 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
USP40Q9NVE5 YJEFN3-203ENST00000514277 995 ntTSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
USP40Q9NVE5 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
USP40Q9NVE5 CDX1-201ENST00000231656 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
USP40Q9NVE5 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
USP40Q9NVE5 UCHL5-201ENST00000367448 1534 ntTSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
USP40Q9NVE5 GALK1-201ENST00000225614 1445 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.5■■□□□ 1.83
USP40Q9NVE5 UBALD1-208ENST00000591401 1305 ntTSL 5 BASIC26.5■■□□□ 1.83
USP40Q9NVE5 ITGA9-AS1-210ENST00000457661 738 ntTSL 4 BASIC26.5■■□□□ 1.83
USP40Q9NVE5 AP001005.4-202ENST00000575325 560 ntTSL 4 BASIC26.5■■□□□ 1.83
USP40Q9NVE5 UBE2Q2P2-204ENST00000618775 648 ntTSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
USP40Q9NVE5 AC105233.4-201ENST00000642045 216 ntBASIC26.5■■□□□ 1.83
USP40Q9NVE5 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC26.5■■□□□ 1.83
USP40Q9NVE5 ADIPOR1-201ENST00000340990 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
USP40Q9NVE5 FAM167A-204ENST00000528897 1620 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.5■■□□□ 1.83
USP40Q9NVE5 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
USP40Q9NVE5 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.5■■□□□ 1.83
USP40Q9NVE5 MTX2-201ENST00000249442 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
USP40Q9NVE5 H2AFB3-201ENST00000615853 591 ntAPPRIS P1 BASIC26.49■■□□□ 1.83
USP40Q9NVE5 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.49■■□□□ 1.83
USP40Q9NVE5 OAZ2-201ENST00000326005 1934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.49■■□□□ 1.83
USP40Q9NVE5 PDIA2-201ENST00000219406 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
USP40Q9NVE5 ZNF517-207ENST00000531720 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
USP40Q9NVE5 CTNNAL1-202ENST00000374593 761 ntTSL 3 BASIC26.48■■□□□ 1.83
USP40Q9NVE5 NT5C3AP1-201ENST00000394500 1012 ntBASIC26.48■■□□□ 1.83
USP40Q9NVE5 AC019068.1-201ENST00000415226 552 ntTSL 4 BASIC26.48■■□□□ 1.83
USP40Q9NVE5 GLI4-210ENST00000523522 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
USP40Q9NVE5 TSEN15-207ENST00000533373 618 ntTSL 2 BASIC26.48■■□□□ 1.83
USP40Q9NVE5 PTGDR-202ENST00000553372 1216 ntTSL 3 BASIC26.48■■□□□ 1.83
USP40Q9NVE5 MIF4GD-211ENST00000580571 952 ntTSL 2 BASIC26.48■■□□□ 1.83
USP40Q9NVE5 MRM1-203ENST00000612760 1284 ntTSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
USP40Q9NVE5 TRIM14-202ENST00000342043 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
USP40Q9NVE5 TBR1-202ENST00000410035 1454 ntTSL 2 BASIC26.48■■□□□ 1.83
USP40Q9NVE5 DCAF8-211ENST00000475733 1426 ntTSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
USP40Q9NVE5 LINC02228-203ENST00000641970 1355 ntBASIC26.47■■□□□ 1.83
USP40Q9NVE5 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
USP40Q9NVE5 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
USP40Q9NVE5 RAB24-201ENST00000303251 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
USP40Q9NVE5 AP1S1-201ENST00000337619 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
USP40Q9NVE5 MPST-204ENST00000404393 1329 ntTSL 5 BASIC26.47■■□□□ 1.83
USP40Q9NVE5 SLC35A2-205ENST00000376529 865 ntTSL 3 BASIC26.47■■□□□ 1.83
USP40Q9NVE5 PRKCQ-AS1-202ENST00000445427 1133 ntTSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
USP40Q9NVE5 KRT18P14-201ENST00000534205 1250 ntBASIC26.47■■□□□ 1.83
USP40Q9NVE5 AP2S1-203ENST00000593442 636 ntTSL 2 BASIC26.47■■□□□ 1.83
USP40Q9NVE5 CYP2A13-201ENST00000330436 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
USP40Q9NVE5 MAPK8IP1P2-201ENST00000580257 1472 ntBASIC26.47■■□□□ 1.83
USP40Q9NVE5 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC26.47■■□□□ 1.83
USP40Q9NVE5 AC004687.1-201ENST00000579003 1625 ntBASIC26.47■■□□□ 1.83
USP40Q9NVE5 YIF1B-202ENST00000337679 1257 ntTSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
USP40Q9NVE5 ZFAS1-206ENST00000450535 1075 ntTSL 3 BASIC26.46■■□□□ 1.83
USP40Q9NVE5 TERF1P2-201ENST00000583350 1212 ntBASIC26.46■■□□□ 1.83
USP40Q9NVE5 AC007326.4-201ENST00000638240 1669 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.46■■□□□ 1.83
USP40Q9NVE5 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
USP40Q9NVE5 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
USP40Q9NVE5 SPATA22-214ENST00000575375 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
USP40Q9NVE5 IMPA2-201ENST00000269159 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.83
USP40Q9NVE5 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC26.45■■□□□ 1.83
USP40Q9NVE5 GATA3-AS1-204ENST00000438755 675 ntTSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
USP40Q9NVE5 AC104986.2-201ENST00000521696 380 ntTSL 2 BASIC26.45■■□□□ 1.82
USP40Q9NVE5 ZFPL1-203ENST00000525509 478 ntTSL 2 BASIC26.45■■□□□ 1.82
USP40Q9NVE5 NTF6G-201ENST00000591094 616 ntBASIC26.45■■□□□ 1.82
USP40Q9NVE5 POU2F3-206ENST00000543440 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
USP40Q9NVE5 CLN3-207ENST00000395653 1430 ntTSL 5 BASIC26.45■■□□□ 1.82
USP40Q9NVE5 CBWD5-207ENST00000382405 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
USP40Q9NVE5 FBXL22-201ENST00000360587 1526 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
USP40Q9NVE5 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC26.44■■□□□ 1.82
USP40Q9NVE5 AVPR2-203ENST00000370049 1307 ntTSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
USP40Q9NVE5 BCL2L12-201ENST00000246784 990 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
USP40Q9NVE5 PRKCZ-AS1-201ENST00000333854 1253 ntTSL 2 BASIC26.44■■□□□ 1.82
USP40Q9NVE5 C5orf38-201ENST00000334000 890 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
USP40Q9NVE5 GADD45G-202ENST00000375769 977 ntTSL 2 BASIC26.44■■□□□ 1.82
USP40Q9NVE5 LRRC75A-AS1-202ENST00000470491 1057 ntTSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
USP40Q9NVE5 AL137784.2-201ENST00000607332 1000 ntBASIC26.44■■□□□ 1.82
USP40Q9NVE5 AC092437.1-201ENST00000624794 1048 ntBASIC26.44■■□□□ 1.82
USP40Q9NVE5 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
USP40Q9NVE5 RELL2-205ENST00000518856 1419 ntTSL 5 BASIC26.44■■□□□ 1.82
USP40Q9NVE5 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
USP40Q9NVE5 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
USP40Q9NVE5 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
USP40Q9NVE5 AL353803.4-201ENST00000565882 1934 ntBASIC26.43■■□□□ 1.82
USP40Q9NVE5 C7orf26-202ENST00000359073 1762 ntTSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
USP40Q9NVE5 BLOC1S4-201ENST00000320776 1617 ntAPPRIS P1 BASIC26.43■■□□□ 1.82
USP40Q9NVE5 ZDHHC16-203ENST00000353979 1647 ntTSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
USP40Q9NVE5 WT1-210ENST00000639563 1494 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
USP40Q9NVE5 MIR31HG-201ENST00000304425 745 ntTSL 2 BASIC26.43■■□□□ 1.82
USP40Q9NVE5 MOSPD3-202ENST00000379527 1016 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.43■■□□□ 1.82
USP40Q9NVE5 RNF208-201ENST00000391553 1077 ntAPPRIS P1 BASIC26.43■■□□□ 1.82
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 81.1 ms